六月二十四日晚，胡瑞瀾突然升起堂來，開審楊乃武案。
楊乃武早就聽說北京派了欽差下來，要特審自己一案，知道一定是姊姊楊菊貞在京中找到族叔楊增生有了作用，遞上了狀子，所以派了欽差，這一回總算可以冤獄得反，便一日日盼著升堂辯冤。
當日大堂之上，欽差胡瑞瀾在上首高坐，正中供著聖旨，寧波知府邊葆誠，設了公案在欽差下面，下首卻是知縣羅子森。羅子森兩邊，坐著顧德恆和龔世潼兩個候補知縣。兩旁差人，排得齊齊整整，高呼威武之聲，威肅森嚴。
胡瑞瀾先把楊昌睿、陳魯傳了上去，都叩見了聖旨，方立起回話。欽差把以前審理楊乃武的情形問了一遍，又傳了餘杭縣劉錫彤，也跪請聖安，問過一遍，方把沈喻氏、王心培喚上，問了一回，依舊說是楊乃武謀斃小大。錢寶生已經死了，自然不能到堂作證，但他寫的供證也被呈上看了。一應人證，都已問過，才把小白菜帶上。邊葆誠喝道：「葛畢氏，究竟姦夫是楊乃武不是？」
小白菜叩首道：「大老爺明鑒，小婦人冤枉啊。確無毒斃親夫之事，望大人明查。」
邊葆誠把堂木一拍道：「葛畢氏，此話可是真的？」
小白菜道：「小婦人不敢胡說。」
羅子森卻在一旁冷笑道：「我瞧你並非實言，不打如何肯說實話？」
即命差人，上來打了小白菜二十巴掌，這二十個嘴巴下去，打的小白菜嘴角流血，小白菜一心要翻案，仍然堅稱道：「大老爺是青天，便打死了小婦人，我也不敢說謊，的確是沒有此事。以前的招供都是嚴刑逼出來的。」
胡瑞瀾不再問話，命人先把小白菜帶下，又將楊乃武帶上。
這時楊乃武重刑之傷雖愈，但得不到調養，仍是有些不良於行，扶上堂來跪下。胡瑞瀾先喝道：「楊乃武，本官奉了皇上旨意，特來查明此案，你究竟怎樣命葛畢氏下毒，毒死葛品連的，一一供來。」
楊乃武叩頭道：「欽差大人，小人實是冤枉，是被屈打成招的呀！」
胡瑞瀾並未讓人對楊乃武用刑。這些天來，他苦心研究案卷，別的不看，只看楊乃武親筆寫的狀子，一連研究了十多日，早從中找到了不少的漏洞。再加上關鍵人證錢寶生已經除去，「無干諭帖」也已收回燒掉，所以對坐實此案胸有成竹，也根本就沒有必要動刑審訊。
胡瑞瀾語氣平靜的問道：「既然沒有此事，為什麼錢寶生與你無仇無恨，卻會承認是你在他的藥鋪中買了砒霜呢？」
「晚生願與錢寶生當面對質。」
「錢寶生已經死了，怎麼對質？」
楊乃武一聽嚇了一跳。複審之時，錢寶生當堂翻供，當時如果按著這條線查下去，雪冤並不困難。但時隔多日，錢寶生卻死了。最關鍵的證據沒有了，此案的情勢立時又變的於他十分不利。
胡瑞瀾見楊乃武驚的說不出話來，心中得意。又翻了翻楊乃武的狀子道：「早聽說你有刀筆之稱，果然是好文筆，這狀子寫得義正辭言、文字激昂，悲屈之情躍然紙上。若不是本大人我明察秋毫，細細研察，也要被你這狀子所騙了。」
楊乃武聽胡瑞瀾語氣不對，暗叫聲不好。果然聽胡瑞瀾又道：「首次抱告之人，你在狀子上說的是姚士法，但經查卻是王廷南，為何同一抱告卻有兩個名字？」
楊乃武方要回答，胡瑞瀾卻不容他置辯又接著道：「你在狀子上說，同治十二年七月時，你曾撞見劉子和與葛畢氏在家中調笑。本官已查明，劉子和與葛畢氏素不相識，街坊也從未見過此人，既是調笑，必是熟絡之人，常來常往。豈有不為人知的道理？
「你又說，葛品連十月初十暴死之後，有餘杭縣差役到葛家借口弔唁，實為私議。本官業已查明，餘杭縣的差役並沒有任何人在十月初十去過葛家。你又何解？
「你說你被葛畢氏誣陷，是原來她住在你家時，因小事成仇。但實際上你們關係不僅很好，你還教她讀書認字，可有此事？
「你說葛畢氏與鄰居王心培不清不白，也是一點憑據都沒有。你又是據何污人家清白？」
胡瑞瀾一連數問，句句都問在點子上，將楊乃武問的是手足發麻，面紅耳赤，張口結舌。
原來，楊乃武為了將自己擇的乾淨一些並引起官府重視，許多話說的過頭了，又將一些道聽途說的事情、自己也弄不清楚的事實也一古腦都寫在狀子上。
比如說，首次報告之人，狀子上說的是姚士法，其實卻是王廷南，這是楊詹氏怕拖累姚士法臨時改變的主意，卻沒有通知楊乃武。
狀子上還說，他撞見劉子和與葛畢氏在家中調笑。其實是在盂蘭會上劉子和調戲小白菜。楊乃武因恨小白菜誣攀自己，所以捏告了二人調笑的事。
還有，楊乃武狀子上稱葛品連暴死之後，有本縣差役到葛家借口弔唁，實為私議。其實是陳竹山和劉子和兩個人。楊乃武沒有搞清楚就寫到了狀子上。
這些畫蛇添足的不實之處，反而將事情變的更加複雜，讓胡瑞瀾抓住了把柄。
胡瑞瀾一共指出了狀子中的十二處不實，這個狀子也就被定性為誣狀。其他辯護內容即使是真的也就不能採信了。胡瑞瀾趁熱打鐵要楊乃武招供。楊乃武雖然不知所措，再不敢喊冤，但哪裡甘心就此招認。
胡瑞瀾知道楊乃武有一點兒背景，所以也不對他用刑。命人將他帶下，第二日開始分成兩班，對楊乃武與小白菜分別審問。
邊葆城負責審問小白菜。他對小白菜可就不像對楊乃武那麼客氣了。各種非刑遍加於身。幾天下來，小白菜的十根指頭都被拶子拶的透出白骨，又用銅絲穿入乳頭，其狀慘不忍睹。嚴刑拷打之下，小白菜只好又承認了謀夫之舉，並仍舊供認楊乃武是幕後指使的姦夫。
胡瑞瀾親自帶著羅子森、顧德恆和龔世潼輪番熬審楊乃武。雖是不用重刑，但掌嘴、打屁股的刑罰也是免不了的，更厲害的是用熬審的辦法，就是不讓楊乃武睡覺，幾個人輪著班的審問他。但有昏睡之意，就掌嘴打醒或用冷水激醒。幾天下來，就是鐵石人也吃受不住。最後在半昏半醒之間，也被在供狀上按上了手印。
胡瑞瀾到任之後，很利索的就把這個案子審結了，仍然維持原判。這樣一來，原來參與此案審理的浙江大小官員的名聲和職位都因此而得以保全。這些人如釋重負，彈冠相慶，紛紛設席宴客，恨不得放鞭炮來慶祝。都認為從此鐵案如山，不會再有反覆了。
這時，京中都察院的廣壽、楊增生等人也已經聽說了此事。因為這個案子是欽案，如不及時設法，將成終審，到時候就沒有迴轉的餘地了。於是兩個人急忙找來都察院的戶科給事中邊寶泉商量，一番計議之後，由邊寶泉出面給皇帝上了個奏摺。奏摺中稱：
浙江餘杭縣民婦葛畢氏毒斃本夫葛品連誣攀舉人楊乃武因奸同謀一案。案詳刑部後，案中主犯及要證紛紛翻供，其中必有屈抑。近來外間傳言，奉旨嚴鞠此案之浙江提學胡瑞瀾，與巡撫楊昌睿關係甚密，複查本案，外示嚴厲，中存偏袒。對案中關鍵人物錢寶生證言是否屬實，不加詳究，放令還家。此案是否屈抑，雖不敢貿然判斷，但向來各省已定之案，雖經上京控告，發回重審而能平反者百不得一，相沿成習。其中原因，蓋緣有案皆由督撫審定，複查官吏皆其下屬，此輩之升降遷謫，無不操之上司，因此辦事無不仰承上司鼻息。無人肯為辦理一案而得罪上司，自貽伊戚。故名雖複查，實為形式，縱有冤濫，在勢亦難糾正。此案如僅由刑部複核原卷，必然難以駁回。因上報案卷多半經過整理，所有漏洞都已粉飾，無從指摘。
該重案未愜眾議，請提交刑部審辦而成信讞。如此於吏治民生具有裨益。非徒為楊乃武一人昭雪也。
邊寶泉提請朝廷將此案交由刑部親審，其實是很中懇的，也揭露了當時官場一些積弊。但慈禧卻認為邊寶泉是在暗示她派胡瑞瀾去浙江欽審此案是不明之舉，所以這件案子才沒審明白，才需要由刑部再審。慈禧一向是個好勝之人，哪裡能夠承認。當下便把這個奏摺駁了，下詔曰：「此案仍著刑部詳細研求，迅速核議具奏，俾成信讞。邊寶泉奏請提交刑部審理，著毋庸議。」就是說，該案仍是只需將案卷交由刑部審核即可。基本上算是將此案終審了。