楊乃武的姊姊楊菊貞在同治十三年三月下旬離開的餘杭，由舅父姚賢瑞陪著，一路上曉行夜宿，急急趕路，到京時已經是同治十三年六月中旬了。正是浙江巡撫打算要重審楊乃武案的時候。
楊菊貞急急趕進京來，先找了族叔楊增生，把楊乃武的事情，細細說了一番。楊增生一聽著急道：「看來楊乃武是犯到了小人手裡。孔子曰：君子而不仁者有矣夫，未有小人而仁者也。劉錫彤既是個小人，就不會存仁心。好不容易將楊乃武拿住，只有往死里整的心，決沒有寬容的希望。我想此時杭州三審都已完畢，用不了半個月，就會有消息傳到刑部。如果仍是按著餘杭縣的原判，沒有為我侄楊乃武辨冤。我便設法將狀子遞到都察院的都御史那裡。我在都察院經歷廳任六品經歷官多年了，左都御史廣壽與我是極熟的，一定能幫上這個忙。」（左都御史是都察院的最高長官，相當於最高人民檢察院檢察長的級別和權力）
楊菊貞聽楊增生說能將狀子遞到左都御史手中，料想就算是這個案子在浙江定了，到京中也必會由都察院駁回。十分高興，說道：「我二弟的事情就讓您費心了。」
楊增生道：「這說的是哪裡話，楊乃武也算是我同族的侄子，又遭的是冤案。我能眼睜睜的看著我楊家人被人家欺負不成。如果是這樣，將來我還有臉回家鄉么？」
「多謝叔父。」
「你可寫了狀子？找了抱告沒有？」
「叔父，狀子已經寫成，抱告就是我的舅父姚賢瑞。」（因為當時女人是不能隨便遞呈告狀的，所以一般要有「抱告」代為呈狀。）
「我這裡後院尚有空宅，可安排你住下。只待浙江省的案卷一到，我就通知你。一路辛苦，早些安歇吧。」
楊菊貞住在楊增生家，只待浙江省的消息。到了七月初的時候，果然浙江省以「無冤無濫」的判語審結，按照杭州府（實際上是代替浙江按察使司審理）原擬罪名判定，交由刑部複審。
楊增生知道了消息，急忙讓姚賢瑞捧了狀子去找廣壽申冤。果然是有了熟人好辦事，廣壽接了狀子，立刻調了楊乃武的案卷細細審閱。也看出其中疑竇從生，矛盾之處甚多，當即奏聞朝廷。不久慈禧批下諭旨，拿將此案發回浙江重審。
都察院的複審咨文於當年九月初八到達浙江。楊昌睿見刑部沒有批准呈文，反倒由都察院發還複審，頓覺憂心忡忡，唯恐將自己收受三萬五千兩白銀的事情抖出來。為與此案撇清關係，他並未親審，而是委派湖州府知府錫光代為審理，又派紹興府知府龔同綬、富陽縣知縣許加德、黃岩縣知縣陳寶善，一同來杭會審。為了表示自己大公無私，不偏不倚，此次會審的所有差役都不用杭州府的，而是將紹興府和湖州府的部分差役調來。楊昌睿可謂是用心良苦，不親自審案，以後再有了事體也可推脫；又有幾個府縣長官撐門面，顯出他對杭州府並不信任，今後即使翻案，也不會懷疑他曾經收受賄銀，只推說是一時失察即可。這也是他長年作官的決竅，多年練就的推功。
同治十三年十月十四日，楊乃武案在杭州總捕廳開始會審。這次會審，關防十分嚴密，人犯提齊後就立刻封門，不許百姓等其他無關的人觀審。在總捕廳審過一堂後，又調換到水利廳衙門過了四次堂。
因為左都御史廣壽特別關照，不許刑逼犯人。因此小白菜也看出了與以前不同，漸漸膽大起來，她本就不想攀扯楊乃武，因為聽何春芳騙說這個案子一定不能翻案，只有攀咬了楊乃武才能不受千刀萬剮之刑，楊乃武也只是革掉舉人的功名而已，也不會受大牽累。但兩審下來才明白，自己還是給定了凌遲大罪，楊乃武卻是斬立決的死罪，還牽累了一個叫做錢寶生的人。心中又悔又恨，哪裡還願意再咬楊乃武，在大堂之上哭道：「小婦人不敢說謊，實是何春芳教我攀咬楊乃武的。小婦也並未毒殺親夫，還求大老爺明鑒。」
只這一句，把全堂的人都嚇得一跳，面面相覷，不知如何是好。蒯賀蓀急忙將一應人犯都下在監內，當日不敢再審。
第二天，又將關鍵證人錢寶生提到堂上問話。錢寶生本來是與何春芳約好不到堂對質的，但複審之時哪裡還由得他。兩名衙役如老鷹掐小雞似的將錢寶生帶到杭州。錢寶生也是後悔不迭，恨自己不該輕信何春芳的謊話，到了堂上便道：「各位老爺、大老爺在上，小的就說了實話吧。從前餘杭縣的老爺派何春芳找到我，讓我說楊乃武曾經到過小鋪買砒霜。其實並無此事，因為何春芳說，我如果不承認就要治包庇之罪，承認了反而無罪，而且不必到堂對質，所以我才寫了供狀。現在卻又把我叫過來，出爾反爾，我可不幹了。情願受偽證之罰，也不做這昧良心的事了。」
錢寶生這麼幾句話，又把全堂的人嚇了一跳，下面更是無法審了，只得又將一應人犯下到獄中，商量對策。
商量了幾天也無辦法，只好先審其他人證。葛品連的母親倒是死咬住楊乃武不放，說自己親眼見過楊乃武與小白菜在自家門前私語，葛品連剛剛暴亡，自己也從小白菜的口中追問出毒斃葛品連的話來。但這又與她當初所遞狀紙不符。狀紙上寫的是葛品連死因不明，小白菜言語支吾，情似可疑；也未提到楊乃武與小白菜私語的事。這樣矛盾的證詞，讓幾個審官哭笑不得。眼瞅的越審越亂，就要翻案，幾個知府、知縣只好暫停審理，將此事報知巡撫楊昌睿。
楊昌睿一來是收了杭州知府陳魯和餘杭知縣劉錫彤的銀子，二來也覺的最好是審定了此案，不許再翻，今後的麻煩才能少一些。所以堅令各審官，務必不能翻案。
幾個審官聽了，都覺進退兩難。紹興府知府龔同綬道：「葛畢氏已經翻口不認此案，又不能動刑，還咬出劉錫彤的師爺何春芳。這樣的變故，如何能壓得住？」
湖州府知府錫光也道：「重要人證錢寶生也當堂反口，而且也將矛頭直指何春芳，說是何春芳誘供。這更是一難。」
富陽縣知縣許加德道：「由於時隔日久，重要人證說法前後矛盾，根本無法紀錄。」
黃岩縣知縣陳寶善道：「特別是那個楊乃武，口中振振有詞，實在是很能狡辯，說的也條條在理，下官實在是無法再審。」
楊昌睿聽了才知道事態嚴重，急的直冒汗道：「你們都只長了個會吃飯的腦袋，幾個人搞不定一個楊乃武。朝廷給了三個月的期限，到明年二月還審不出來的話，就要派欽差奉旨來杭親審。若真走到了那一步，我先摘了你們幾個廢物的頂戴。」
正在楊昌睿氣急敗壞的時候，蒯賀蓀從外面一路小跑進來，一進屋來便喘著氣嚷道：「方才在西花廳門前、門前，剛剛收、收、收到的八百里……」
楊昌睿見他喘的說不上話來，一把將他手中的八百里加急文書奪在手中看了一遍，驚道：「皇上駕崩了。」