隔了一日，大約申未光景（下午三點鐘），又有差人下來，把楊乃武提上堂去。到了堂上，見劉錫彤高坐大堂，小白菜、葛喻氏等眾人，都跪在下面。乃武也只得跪下。劉錫彤將小白菜、葛喻氏等人重新問過，口供與上一堂一般無二，最後才問楊乃武道：「楊乃武，我勸你還是把毒死葛品連的情由，從實招認，本縣答應替你筆下超生，也免得再受大刑之苦。」
楊乃武道：「我從九月初五便去了杭州應試，十六日交卷出場。此後便在杭州居住等待消息。自得了舉人之後，又一直在杭州與朋友、老師互拜，一日也不得閑。直到十月十三日才得了你的請貼從杭州趕回赴宴。哪裡有時間交給畢秀姑毒藥？」
「九月十六鄉試便已結束，待考完之後，你悄悄潛回餘杭縣，將毒藥交與葛畢氏，也未嘗不能。」
「從杭州到餘杭，即便是騎了快馬，打個來回也需一天時間。我在杭州日日都有人相陪，每日都有人可以作證。老爺不信，盡可差人去查。再說投毒害人之事，人命關天，必是謀定而後發。若我真有此心，為何不早不晚，偏要在鄉試時作出此事，難道功名之事卻不如一個女人么？」
「本縣知道你不肯招認。你說莫須有之事，怎地葛畢氏不供了旁人，定要供了你楊乃武呢？何以原告等見證，都不說葛畢氏同別人通姦，偏說是你楊乃武呢？看來人是賤蟲，不打不招。今個兒叫你吃個厲害的。把天平架抬上來。」
差人聽得，立即把楊乃武架上天平架，下了踏杠。天平架，是和現代單杠一樣的東西，行刑時將犯人的兩隻大拇指吊起，來回一晃，兩拇指欲脫未脫，十指連心，痛徹心肺；或是只將髮辮吊於其上，時間久了，頭皮神經個個發痛，如萬蟻咬嚙脫。楊乃武雖然身體強壯，但畢竟是個書生，哪裡能吃的起，髮辮被吊了不多時便昏死過去。
劉錫彤吩咐鬆了刑具，差人又取過一碗冷水，將楊乃武噴醒。
楊乃武悠悠醒轉，只覺一張頭皮如萬點針刺一般。聽得劉錫彤又在上邊大聲喝道：「快些招來。」
楊乃武到此地步，知道招也是個死，不招也是個死。如今落在劉錫彤的手裡，決沒有活路。不如招了，將來解到省內，或者尚有清官，可以平反冤獄，倒強似在餘杭縣衙內受這般非刑，便咬緊牙關，忍著疼痛叫道：
「好，我就招了吧。」
劉錫彤聽得楊乃武願招，大喜過望，忙又問道：「楊乃武，你是怎樣毒死葛品連呢？」
楊乃武信口道，他因貪了小白菜的美貌，同她通姦，後來險些兒被葛品連撞見，心中懷恨。便起下毒心買了砒霜，交給小白菜，要把葛品連毒死。後來小白菜聽信了自己，便將葛品連毒死了。這都是自己一時見色起意，因奸謀命，才犯下了這般大罪。
劉錫彤又問：「本縣已驗出，葛品連中毒而亡。中的是什麼毒？你是從哪裡買來的呢？」
楊乃武聽得，想了半天，記起鎮前有一家藥鋪高掛著錢記愛仁堂的幌子，便道：「砒霜乃是在倉前鎮上的愛仁堂藥店中買的。」又恐連累了錢寶生，說自己當時託詞為毒鼠而買，買了十四文的砒霜，交給了小白菜，叮囑她一定要給葛品連吃。
劉錫彤聽罷，即命楊乃武畫了供。楊乃武執筆在手，猶豫了一會兒，心想自己乃是屈打成招，一旦劃供之後，將來昭雪便添了一難。想了一會兒，聽劉錫彤在上面催促：「既已招了，還想什麼？」
楊乃武點點頭，卻抬筆用寫成一個看似「楊乃武」三字，實為「屈打成招」四個字的蝌蚪文。劉錫彤見了，哪裡識得，以為是楊乃武押的花字，興匆匆的收過，仍將楊乃武釘鐐收禁。又把葛文卿、葛喻氏、馮許氏等眾人釋放回家，等候音信。（花押，就是「用名字稍花之」的意思，它是將個人姓名或字型大小經過草寫，改變成類似於圖案的符號。其最初的形態是南北朝時期的鳳尾書，又名「花書」。這種印除具有一般印章的功能外，還有使局外人不易識別和難以摹仿的作用。這種花押到明清之際，便漸漸少了。只有一些文人墨客偶然用之。）