第二天再審，劉錫彤逼問姦情和毒藥，小白菜還想訴冤，將自己和楊乃武都洗脫了。劉錫彤哪裡肯聽，立刻就叫動刑。一連三拶，頓時十指的皮肉綻開，鮮血崩出，小白菜一個柔弱女子哪裡熬得過去，只好照何春芳所教的話供了，說楊乃武十月初五日曾到她家裡，給她一包葯，說是治流火的，葛品連吃下就死了。
說畢之後，小白菜心中總覺得有些對不住楊乃武，不禁哀哀痛哭起來。葛喻氏等人已被劉錫彤有意帶到堂下，當下聽得明明白，都信以為真，把楊乃武恨之入骨。這時堂上早錄下口供，命小白菜划了供，錫彤即吩咐把小白菜收監，俟提到了楊乃武，再行審問，又命堂下人等不許多言，暫且收監，以防走露風聲。然後立刻回到後堂，寫下了名貼，命一個伶俐家人，送到杭州楊乃武寓所。
餘杭到杭州不過五十多里，上午騎了馬去，下午就到了。這天已是十月十二，楊乃武自中了第一百零四名舉人，便沒有閑的時候。當下在杭州拜老師、會同年，聚親友。又有一般湊趣趨承的人，同楊乃武設宴賀禧，直鬧了一個多月，仍是意猶未盡。因為小白菜是在十月十一被捉入獄中的，楊乃武接到劉錫彤的請貼是十月十二，此時尚未知道小白菜的事，所以並未起疑心。本來大考之後，拜會當地父母官是極平常的事。所以即回覆了來人，準時前來。下貼人又趕回餘杭，回覆了劉錫彤。劉錫彤急忙將何春芳請來，二人一同商議，設下了天羅地網，只待楊乃武到來。
十月十三日，楊乃武穿了雲龍紋綢箭衣，黑素緞的馬褂，又戴了舉人的銀座冠頂，上銜素金頂，一副春風得意的模樣。出了杭州，逕直到了餘杭縣衙中。劉錫彤一聽楊乃武來了，親自迎出來，滿臉帶笑，一直將楊乃武迎到裡面，在書房內分賓主坐下。
楊乃武向四周一瞧，只見兩旁差人排得齊齊整整，十分嚴肅，不像是個請客的樣子。回頭再看劉錫彤，須臾之間已換了顏色。滿面含著一股肅殺之氣，好似罩了一層嚴霜，方才的一臉笑容早丟的無影無蹤。楊乃武心中愈發不解，正待說話，卻見一個瘦臉師爺走了進來，對楊乃武拱拱手道：「兄弟何春芳，是這裡的刑名師爺，因有一事不明，要向您請教高見。所以央我家老爺把您請來了，不知可能見教否？」
楊乃武不知是什麼事情，忙道：「先生有什麼問題，晚生自當領教。」
何春芳即在身旁取出了一張東西，交給楊乃武道：「楊兄且瞧這一紙訴狀如何？」
楊乃武接過一看，卻是葛文卿告小白菜因奸謀命，毒死小大的狀子。他見是有關小白菜的案子，心中有些發慌，也不知道劉錫彤的目的何在，便沉吟道：「這般謀死親夫，自得真憑實證，方能有效呀。」
劉錫彤冷笑一聲道：「正是正是，本縣已下鄉驗明，確是服毒身亡咧。」
楊乃武聽了此話，不禁愕然，疑道：「這般說來，葛畢氏實有可疑了。可是因奸謀命，有了淫婦，必有姦夫，公祖可曾問出口供，姦夫是誰呢？」
劉錫彤冷冷道：「兄弟說的不差吶，姦夫倒也供出來了。」
楊乃武聽得小白菜已供出了姦夫，不覺面色一變。沒想到他與小白菜分手三年，小白菜熬守不住，竟然有了姦夫，還干出這般害命謀夫的大事，過去倒未曾瞧出她，竟如此狠辣，不由得暗暗痛恨小白菜。即正色道：「老公祖，這般大事，自應按法嚴辦。既供出了姦夫，即可將姦夫拿到，使他對口，供出實情，方能替死者伸冤哩。」
劉錫彤聽得楊乃武這幾句言語，將雙目一瞪道：「好，既是如此，楊乃武，你猜猜姦夫是誰？」
楊乃武道：「我怎能猜出？」
這時劉錫彤已經立起身來，向何春芳道：「何先生，你把小白菜的口供，高聲念上一遍。」
何春芳從袖中取出小白菜的口供，高聲念道：「小女子同楊乃武自前年四月起首通姦，那時候小婦就住在楊家。」接下來說的是葛品連後來險些撞破姦情，便起下疑心，立即搬出了楊家，住到太平街內。等等所說一般不差，件件真實。但再往後的供詞便開始捏造起來，說楊乃武色心不死，仍常來行動。此前一月光景，又被葛品連險些撞著。自此之後，葛品連每晚住在家中，楊乃武遂無隙可乘，不能到來，心中十分懷恨。十月初五的時候，葛品連到店中去了，楊乃武悄悄來到葛家，把一包藥粉交給自己，說是可治流火之症。恰巧葛品連在十月初九犯了急症，要小白菜買了桂圓熬桂圓湯治病。小白自稱是一時糊塗，便把藥粉下在葯中，小大服下，即刻便死了。
楊乃武聽畢，又驚又氣，他想不到小白菜竟這般忘恩負義，把自己咬了上去。但想道此事無憑無據，憑著一個婦人的話，劉錫彤也不能便把自己怎樣。方欲分辨，劉錫彤先喝道：「楊乃武，本縣一向以為你是讀書君子，誰知你卻是人面獸心，竟干這般醜事，皇子犯法，與庶民同罪，今天可由不得你咧。」說畢，向兩旁差人道：「快把楊乃武押將起來，本縣即刻升堂審問，替死者伸冤。」兩旁衙役，早把楊乃武一把在座上扯起，喝著快走。
楊乃武見這般情形，終於明白劉錫彤是為了過去自己曾經弄了他兩次，這回他是要公報私仇，可是自己究竟是個地方紳士，名聲在外，又是新中舉人，僅憑小白菜所言，劉錫彤終究不能把自己怎樣，哈哈大笑道：「好個劉錫彤，原來今天你請我赴的是鴻門筵。好在我楊乃武並未犯下這般歹事，看你能將我怎樣？將來水落石出之時，我不要瞧你的好看？」
劉錫彤並不答言，一抖衣服，竟自出去。何春芳急忙命差人將楊乃武押將下去。過了半個時辰，劉錫彤吩咐升堂。一剎時鼓聲響亮，兩旁差人立得齊齊整整。劉錫彤在大堂正中坐定，一邊坐著刑名師爺何春芳，另一邊是錄供幕府李禁。這時，原來到倉前鎮要提的聽審人，都已經提到。
劉錫彤坐定之後，便命人把楊乃武帶上堂來，卻先不審問。又讓把葛喻氏帶上來。不一時，葛喻氏當堂跪下。劉錫彤問了她年歲籍貫，又問葛品連死的情形，小白菜與楊乃武是否有姦情。葛喻氏前日聽了小白菜的招供，愈發認定楊乃武是害死葛品連的仇人，自然又說出懷疑楊乃武的情由來。又說早就知道二人姦情，只是拿不住憑據，楊乃武又有勢力，只好忍辱不宣，沒想到葛品連還是死在楊乃武的手中。
劉錫彤聽畢，便命她跪在一邊。又將馮許氏等人一一帶上，這些人都親耳聽過小白菜的口供，楊乃武與小白菜以前也的確有過不軋之事，所以個個都指認楊乃武。劉錫彤暗暗得意，當下即把小白菜帶上堂來，又假意喝問了一回。小白菜依舊咬定是楊乃武交的毒藥。劉錫彤把眾人問過，方開始審問楊乃武。
楊乃武此時已是新中舉人，照例不跪，立在下面。劉錫彤把驚堂木拍得山響，喝道：「楊乃武，你尚有何說，快些從實說來，怎地起意，因奸謀斃葛品連的性命。」
楊乃武聽罷，哈哈笑道；「老公祖，我毒死葛品連，可是你親眼看見的嗎？既然沒有憑據，為何要憑空誣我？」
劉錫彤聽楊乃武仍是桀驁不馴，想起來前仇舊恨，早就忿火中燒，喝道：「楊乃武，葛畢氏已招得明明白白，是你親手授給她的砒葯，四鄰、干證也都說你與葛畢氏暗有往來，你還想刁賴不成？若是好好招出，本縣還能為你存些體面。」
楊乃武道：「晚生又沒有做過這事，說些什麼出來。」
劉錫彤見楊乃武不肯招，又不能動刑，一指小白菜道：「葛畢氏，你把楊乃武怎樣命你毒死丈夫，同楊乃武對來。」
小白菜見了楊乃武，又羞又愧，但她聽了何春芳的恐嚇，要救自己的性命，免受千刀萬剮之刑，又怕劉錫彤再給自己上刑，不得不把天良泯絕，向楊乃武道：「二少爺，事已至此，便說了吧。」
楊乃武聽得小白菜果然攀咬自己，牙齒咬的咯咯響，忍不住向小白菜罵道：「好一個沒良心的淫婦，我當初怎樣看顧於你？你我又定了什麼約定？怎麼都忘得一乾二淨。今天不思報答，反將這般事情攀供於我，你的良心何在？」
小白菜被楊乃武說的慚愧，再不敢說話，低了頭不再言語。劉錫彤見了，暗叫聲不好，害怕小白菜良心發現，當堂翻供，再將何春芳賣出來，那還了得，忙把驚堂木一拍道：「好個楊乃武，竟敢仗著科舉威勢，咆哮公堂。我也知道你是個新科舉人，不把我小小縣令放在眼中。但你如今犯下重法，皇子犯法，與庶民同罪，本縣也顧不得體面。」說著，即命人將楊乃武與小白菜各自收監，其他人證回家聽侯傳訊。又命何春芳寫下一角文書到學府中，呈請浙江學政將楊乃武的舉人功名革掉。
浙江省學政胡瑞瀾，是個道貌岸然，張口閉口不離尊禮守教的老學究。一聽本省出了這麼大一件有傷風化的事，立刻大怒，馬上批准斥革。批罷迴文之後，余怒未盡，又寫下「正身潔己，不以財色經懷；敦品勵行，當以作人為先。」二十個字，命通令全省學子要以楊乃武為鑒。
十月十五，劉錫彤接到學台回批，立刻