曾國藩和鄭敦謹在上奏的同時，把供招抄錄分送軍機處、刑部存案。鄭、曾這一手很厲害，首先存案，造成既定事實。意思很明白，這就是最後定讞，已經入檔了，再審也不過如此，絕不能翻案。鄭、曾還在會銜復奏時，特別附了一個夾片，陳明「實無主使別情。」但又說「該犯供詞，尚屬可信。」前邊意思是沒有其他情況了，後面又說此供詞只是可信，並不一定就是事實。這一模稜兩可前後矛盾的措詞竟被慈禧通過了。其實他們上夾片的意思就是請慈禧、慈安、同治帝及軍機處多多擔待，不要再生枝節。由於鄭敦謹之前上的密折，以及慈禧通過其他渠道對案情的了解，慈禧明白此案只能是一個糊塗案，深究無益，反而會給朝廷帶來麻煩，因此她也不得不最終接受這一事實。當年三月二十六日，諭旨下達，以「漏網發逆，復通海盜，挾嫌泄憤，刺殺總督大員」定讞，肯定了鄭、曾的奏結。直到朝廷批複下達，會審官孫衣言、袁保慶仍抗旨拒不畫押。但此時這個案子已經徹底將他們排斥在外了。
說到慈禧定案，其中還有一個插曲。本來同治帝是依了兩宮皇太后的意思，對刑部的申報作了批示。但皇后阿魯特氏聽說了此案，因為這個案子甚奇，十分關心。看了刑部的申報和鄭、曾二人的摺子以及張問祥的供詞後，覺的疑點重重，對同治分析道：「表面上此案為張文祥新仇舊恨積聚成仇。但細細分析，任何一點都不能成立。首先，張文祥因為一品大員不幫他找回老婆就起謀害之心，這實在是無法理解；馬新貽查禁押當，是地方政策，並非針對其一人，利益受損的也不止張文祥一人，他不過一介草民，失去財產並不多，況大丈夫何處不可安身，難道真是被逼的走投無路了，要與馬新貽同歸於盡？此理也講不通；摺子上說張文祥開押店，勉強過活，那就說明他雖受程速台資助，但所受有限，這也不值得他去冒這麼大的風險，為程速台賣命。張文祥仇恨三年不改其志，必欲殺馬新貽而後快。即使將這三條理由都加起來，也無法讓一個常人積聚起如此大的仇恨。我看馬新貽因小節而背義，遭至殺身之禍的事，倒可能是真的。如今國家內憂未平，外患日甚，朝中官員都應當至力於治理國事，為國出力，豈能象馬新貽那樣腐敗貪歡。我看要嚴肅官紀，依事實斷案。張文祥殺馬新貽，本應算殺害『不拒捕姦夫』，依『擅殺律』，判個緩期執行的絞刑即可。」
同治帝也覺得慈禧太后建議不當，而皇后阿魯特氏的說法更有道理。他接受了皇后的見解，依著她的話批下奏章。慈禧太后知道後，氣得大罵同治帝是昏君，不聽她的話卻聽信皇后的一派胡言。逼同治重新改過批文。從此，西太后也更加嫉恨阿魯特皇后，為以後逼死同治皇后埋下伏筆。
同治十年（1871年）四月初四，曾國藩奉旨監刑，將張文祥凌遲處死，並摘心致祭。據說用的是「魚鱗剮」，一片片細割。張文祥的兒子也一併被殺。張文祥早就料到有這麼一天，對此毫不在意。但讓他吃驚的是，事實並沒有象曾國藩答應他的那樣，讓他在清史上留下一個俠義的名聲。「因妻為人誘逃，呈控未准審理，心懷忿恨，又勾結海盜乃乘閑刺殺總督大員。著將該犯比照謀反叛逆凌遲處死，並摘心致祭。」不知張文祥臨死前聽到這樣的判詞會怎樣想？曾國藩是否成為他平生最恨之人呢？
朝廷對馬新貽的恤典甚厚：入賢良祠，以總督陣亡例議恤，贈馬新貽太子太保，予謚號「端愍」，意思是為官清正，死得可惜。又賜其後代子子孫孫可世襲「騎都尉兼雲騎尉」的職位。這些恩賜總算仁至義盡。在歷史上，馬新貽還算是有一點兒政績的，在任上廢除了一些無名之費，擾民陋規，懲治湘軍游勇，打擊海盜，興修水利等。他死後，在他任職過的江寧、安慶、杭州、海塘，都有百姓為他建立專祠。
袁保慶吃了個啞馬虧，雖心懷不滿卻也沒有辦法。孫衣言卻是個極有文採的人，有筆在手，不爭一時爭千秋。他為馬新貽所撰的墓志銘，秉筆直書：「賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷用重典，使天下有所畏懼，而獄已具且奏！衣言遂不書『諾』。嗚呼！衣言之所以奮其愚戇為公力爭，亦豈獨為公一人也哉！」意思是張文祥彪悍狡猾，不用酷刑是無法得到實情的。必須查明實情，找出藏在其背後的叛臣賊子，用重典來懲治，這才能讓天下懷二心者有所畏懼。但如今我雖然沒有簽字，主審官仍然匆匆結了案。我之所以奮力為馬新貽力爭，難道僅僅是為了他一人么？我是為了大清江山啊。
孫衣言的文章一出，震驚朝野，輿論大嘩。慈禧太后雖知道其中大有隱情，可總不能為了一個死人，去動搖大清江山啊。斯人已作古，讓他去吧，無非加恩賜恤，以慰忠魂，也就夠了。
鄭敦謹極愛惜自己聲名，當年立志以夔、皋、伊尹為榜樣，銳意進取，欲要陶鑄人心，轉移世風。如今卻做下這種違背良心和本性的事，心情很糟糕。聽說孫衣言為馬新貽作的墓志銘後，更受刺激，決意離開政壇上的傾軋虞詐，不再涉足官場。未等聖旨下達，更沒等張文祥正法，他悄悄的離開了江寧。
鄭敦謹走到清江就停了下來，打發兩個郎中代他回京交旨，聲稱有病不能回京。新任漕運總督張兆棟在清江將鄭敦謹接到督府，勸他道：「老前輩聖眷優隆，老當益壯，著實還有一番桑榆晚景，何以忽有浩然歸去之志？」
鄭敦謹苦笑道：「九陌紅塵，目迷五色，我真的厭倦了。早歸早好。如今還算走的晚了，若是早歸一步，我的名聲也不會被沾上這個污點。」
欽差大臣不回京交旨，按清制是要治罪的。曾國藩覺得有點對不住這個湖南同鄉，借巡視地方為名，到清江去看他，百般安慰，勸他回京赴任。朝廷也迭下諭旨，命其回京。他以有病為託詞，請求開缺，並終生不再為官。
鄭敦謹的名聲大，慈禧雖然對他半路扔頂戴的事不高興，但不願意為這事在朝野上下惹起口舌事非。她將對鄭敦謹的怨氣撒到了兩位刑部郎中身上。鄭敦謹的兩個助手回京後悄然消失。六月，顏士璋被放到蘭州，雖是給了一個沒有實缺的知府，與充軍流放所差無幾，不久回籍賦閑。伊勒通阿於八月十九日「給全俸以養余年」，也回老家去了。
曾國藩因將張文祥刺殺總督案辦得天衣無縫，受到朝廷上諭嘉獎。曾國藩、魁玉、梅啟照等人都交部優敘。
第二年三月十二日，即同治十一年（1872年），曾國藩病逝於兩江總督任上，終年62歲。是月，清廷聞訃，輟朝三日。追贈太傅，謚文正。
賦閑在家的顏士璋後來寫了一本《南行日記》，記述了赴寧審案的全部過程。據他的曾孫顏牧皋說，日記中寫道：「刺馬案與湘軍有關。」「刺馬案背後有大人物主使。」但此日記已經失傳。