張之萬和魁玉幾次含糊的上奏，不僅讓慈禧和同治不滿意，也不能讓朝中大臣王公服氣。一時間有關馬新貽一案的議奏如雪片般紛紛落到御案上來。
給事中王書瑞奏道：「總督遇害，封疆大吏人人自危，其中必有牽掣窒疑之處，朝廷應增派親信大臣徹底根究，勿使此案稍有隱飾。」
安徽巡撫英翰也上奏道：「請皇上嚴詰主使之人，以遏制其進一步的陰謀。」
給事中劉秉厚奏劾：「派審之員去江寧日久，到目前尚無端緒，憑任該犯游供，含混擬結。」
這樣的奏摺，慈禧與同治十五日內，接了不下百封，也深感其案重大。到了九月，清廷再下諭令：「惟以兼圻重臣，督署要地，竟有不法兇徒潛入署中，白晝行刺，可以推斷，決非該犯一人挾仇逞凶。現在該犯尚無確實口供，亟須徹底根究。著刑部尚書鄭敦謹馳赴江寧，會同魁玉督飭司道各員，務將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據實奏聞，不得稍有含混。」清廷對張之萬和魁玉這兩天的所作所為也以越來越嚴厲的口氣申斥道：「現已五旬之久，尚未據將審出實情具奏，此案關係重大，豈可日久稽延！」
其時，曾國藩已經改派為兩江總督，只是他上了一道「謝調任江督恩因病請開缺摺」，固辭兩江總督。摺子上說：本年三月以來，衰病日甚，目病已深，懇請另簡賢能，畀以兩江重任，俟天津教案之事奏結之後，再請開掉臣大學士之缺。慈禧哪裡會放過他，一面給這個「中興名臣」戴了頂高帽子，一面堅決不讓他辭官。下懿旨道：「兩江事務殷繁，職任甚重，曾國藩老成宿望。以前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜。現在雖然目疾尚未痊癒，但兩江若得該督坐鎮其間，諸事自可就理，該督所請另簡賢能之處，著毋庸再議。」上諭說的再明白不過了，有病也必須去。接著上諭免去丁日昌江蘇巡撫之職，調補張之萬任江蘇巡撫，張兆棟升授漕運總督。
曾國藩在十月初的時候離開京師，向江寧而去。因為身體不太好，多走水路，即便在陸路上，也不敢顛簸，所以走的慢了。曾國藩倒也不急於趕到江寧，因為他與張之萬有同樣的顧慮，但他卻不能象張之萬那樣從容脫身。因此，他需要在路上好好謀劃一下；也趁此機會靜觀江寧刺馬案事態發展，再作定奪。
刑部尚書鄭敦謹則恰恰相反，他比曾國藩要晚幾天出京，但他在入宮向兩宮皇太后請訓之後，當日便裝束就道，快馬馳騁，以每日兩百里的速度，直向江寧而去。只走了十五六天，就到了江寧城。倒比曾國藩早到多時。
鄭敦謹，字小山，湖南長沙人。道光十五年進士，選庶吉士，散館授刑部主事。此人十分有才，但官場蹭蹬，作了二三十年的四、五品官，直到同治年，才一路布政使、巡撫、河督的升上來。因他作中下級地方官的時間長，與百姓打交道的機會也多，憑著他清廉正直，勤政愛民的性子，竟得了一個鄭青天的名聲。在山東、河南、湖南等地，說鄭敦謹三字，或者還有不知道的人。但一提鄭青天的名字，卻是婦孺皆知的。
同治六年，鄭敦謹擢升至左都御史。這是個正三品的官，但權利很大，是都察院的首領，為天子耳目，糾劾百官，同時控制言論，表達輿情，並有權參與處理重大刑事案件。這一年，捻軍渡河進入山西，巡撫趙長齡、按察使陳湜因軍紀敗壞，扣發軍餉，疏於操練，被捻軍連連挫敗。捻軍在山西攻城奪鎮，所向披靡。慈禧大怒，詔鄭敦謹前往查處。趙長齡和陳湜都被革職充軍，鄭敦謹代理山西巡撫之後，捻軍轉入河南，山西至此平靜。後來他又會同駐陝北總兵張曜，在河套將另一股捻軍擊敗，自此名聲大震。其鐵面無私，雷厲風行的名聲，立時傳於朝野。這一回鄭敦謹得了旨意，也期望能象在山西一樣，痛快漓淋的將案子拿下。於是帶著司員急急南下。身邊的謀士隨員仍是跟隨他去山西查案的現任刑部滿郎中伊勒通阿、漢郎中顏士璋。
鄭敦謹一行星夜賓士，走到冀南的時候，正值大雪封路，坐轎難以行走，鄭敦謹命令徒步涉雪而行，不得耽誤路程。因一路雨雪交加，天氣惡劣，途中多人凍傷，他自己的藍布棉衫也被樹枝多處掛破，到江寧時棉絮外露，不堪入目。
張之萬正在房中看書，聽外面有城門守軍快馬來報：鄭敦謹已到了通濟門。張之萬十分驚訝道：「好快。」急忙換官服帶了人去接，走出不遠，見鄭敦謹一行人已經遠遠的走過來。只見這一群人大多衣衫襤褸，儀仗不整，個個面帶疲憊之色，亂轟轟急匆匆的向前趕。當中一頂藍呢大轎，掛破了幾個大口子，在風中嘩啦啦的來回擺動。
大轎落下，鄭敦謹從轎中走出來。張之萬眼睛近視，見鄭敦謹穿著藍底白點的袍子，那些白點還一晃一晃的，搞不懂是怎麼回事，風一大，竟有些白點子飄了起來，更是驚訝。近了才看清，是一團團的棉絮從破衣中露出。張之萬與鄭敦謹見過禮道：「鄭大人為何如此狼狽，一路可順利？」
鄭敦謹道：「貪趕路程，天氣又不好，所以如此。不過，一路未有大事，只是辛苦了我帶的這些人了。麻煩老兄叫郎中給他們找些治凍傷的葯。」
張之萬將鄭敦謹迎到府中。稍事休息之後，魁玉、梅啟照等人也聞訊趕來。鄭敦謹道：「人既然來的齊，就在這裡將案子商討一下吧。」又讓人將江寧的司、道、府、縣長官都喚過來，一同商談案情。
張之萬道：「小山，為何如此著急，你來的匆忙，應當好好養養精神才對。」
鄭敦謹道：「若是晚了，恐有人泄出口風，就不好問案了。」
張之萬料得這個鄭青天是想搶在曾國藩前面爭功，樂得將此案交過去。當下大家聚在堂上，魁玉將前些時候審案的大致情況說明後，便不再言聲。梅啟照、張之萬隻是補充了兩句，也沒有多說。只有孫衣言侃侃而談，說指使的人倘能逍遙法外，則天下將無畏懼之心，又何事不可為？所以這一案辦得徹底不徹底，對世道人心，關係極大。袁保慶也慷慨陳詞，堅決要求用刑求供。浙江候補知縣馬新祐一再陳情，請鄭敦謹還他哥哥一個清白。馬新貽的兒子馬毓楨則跪地放聲痛哭，請求伸冤。鄭敦謹將他扶起來，道：「張文詳行刺督臣一案，斷非該犯一人憑著一時激忿而行兇，本官一定要徹底研鞫，嚴究主使，盡法懲辦。只是案情重大，不便隨意使用重刑，倘若在未正典刑之前而刑斃於大堂之上，誰能負得起這個責任？」
一直談到當晚時近二更天，鄭敦謹對此案已經了解的差不多了。隨命第二天即提審張文祥。
次日，張文祥和他的妻嫂羅王氏、女兒張寶珍，兒子張長幅以及幾個鄰居一同被帶上堂再審。這一回，鄭敦謹親自審問，問的十分審細。但張文祥還是願說時便說，不願說時便昂著頭一聲不吭。翻來覆去還是將前供重說一遍，又道：「馬新貽這隻披著人皮的畜牲，傷天害理，黑了良心。不顧人倫，殺弟占婦，我殺這樣的人還需有人主使么？」
鄭敦謹大怒，喝道：「看來不用重刑，難以撬開你這利嘴。來人！」
兩旁衙役呼喝一聲，下邊孫衣言等人心中暢快，都想道：早就該用刑了！哪知鄭敦謹接著卻說道：「將羅王氏拶起來。兩個衙役上前，將一副拶子套在張文祥妻嫂的手上，兩邊一用力，羅王氏一聲慘叫，立時昏了過去。張之萬叫人潑醒再拶，羅王氏慘叫連連，十指都滲出血來。張文祥閉目不看，但只見他額頭青筋在一根根的跳。」張之萬又道：「再將這兩個人套上刑具。」
衙役答應一聲，將跪在下面的一個十六七歲的小夥子架上來，在頭上套上箍子；又將一個小姑娘拎上來，套上手拶。鄭敦謹對張文祥道：「張文祥，你還不說么？難道要看著你的兒子和幼女遭此酷刑之後才暢快么？」
張文祥睜開眼睛，看了看自己的兒女，不知不覺已有兩行眼淚流下來，他嘆道：「為父不慈，讓無辜子女遭此大難。妻嫂照顧他們多年，自己非但沒有機會報恩，反讓您因我而身受嚴刑。我實在是對不住你們哪。」回頭又對鄭敦謹道：「狗官，你不是要知道是誰主使我么？我來告訴你，馬新貽實為回人，其父是山東菏澤回民之首，與甘肅回王素有聯繫。馬新貽與太平軍、捻軍作戰，軍火多得回民資助，故屢屢立功，升遷也快。馬對回王感恩，一直尋機報答。」
張文祥接著將一件不可思議的事情講了出來。他說道，自己原為捻軍，眼看造反事業江河日下，遂「懷反正之志」，後來投到馬新貽軍下。馬新貽有一親兵叫做徐成三，原與張文祥同在皖北為捻軍。後來降清，成為馬之親兵，一直作到巡撫標兵營材官。張文祥因為與徐成三早就認識，後來又同在馬新貽軍中，所以結為好友。一日，二人在一起暢飲敘舊，酒酣，徐成三道：「真是人心不足蛇吞象，這話一點不假。你我兄弟，自從捻軍那裡投奔清廷以來，雖屢立戰功，但仍被人小視，動輒以『重治賊黨』相威脅，十分的憋屈。看那馬制軍卻是春風得意，一直做到封疆大吏，卻還想要背叛中原，投降回部，盡佔東南之地，真是不可