馬新貽被剌案傳到京師，猶如一顆炸彈在紫禁城內炸開。十五歲的同治帝看完奏報，大驚道：「謀刺重臣的事情，此是千年第一案。最近的一件也只在唐朝元和十年的時候（公元815年），丞相武元衡在早朝時為盜所害。到現在已經一千多年了，今朝身邊又出此事，實在讓朕深為駭異。」當即下旨：魁玉督同司道各官趕緊嚴訊，務得確情，盡法懲辦。
慈禧更是先一步得到消息，她當天下午即將曾國藩與李鴻章召到儀鸞殿商量。慈禧太后坐在鸞座之上問道：「這事豈不甚奇？」
因為事涉自己原任的兩江之地，曾國藩急忙誠惶誠恐地回答：「這事很奇。」卻不敢再說什麼。
李鴻章若有所思：「谷山那地方，近來屢有奇絕之事，過去從來沒有這些事的。」
曾國藩聽了一驚，明明是說南京的事，怎麼扯到自己的家鄉湖南去了（谷山是湖南長沙一處地名）。是李鴻章無意說錯，還是有意為之，以暗示慈禧此案與湘軍有關？馬新貽的案子自己也悄悄派人打聽了，好象的確牽扯到湘軍的事情。雖然他認為這事最多不過是湘軍中下級軍官的謀劃，但身處是非之時，他也不得不小心行事。
但慈禧並未深究此話，只是說：「馬新貽是國家重臣，這個案子必須一二品大員、督撫要職才有資格查辦。這樣才能顯出朝廷的決心來。張之萬辦事很好，他做漕運總督，對兩江的事與人都比較熟悉。我看派他去辦此案不錯。」
曾國藩又不疼不癢的回道：「張之萬是個精細人，定能辦好此案。」
李鴻章道：「張之萬是個中庸的人，不會有偏袒，他去也可安定一下那裡的人心。」
慈禧太后以五百里加緊的上諭，指派漕運總督張之萬，「馳赴江寧，會同魁玉，督飭司道各員，將該犯設法熬審，務將其中情節，確切研訊，奏明辦理」。此諭剛發，接著又發密旨，說「此事案情重大，斷不準存化大為小之心，希圖草率了事。」
張之萬是道光丁未科狀元，其弟是後來支持新法、操練新軍、在兩廣大敗法軍、建造中國第一個兵工廠大名鼎鼎的張之洞。張之洞是同治二年的探花，時任湖北學政。張之萬與其弟張之洞雖是同胞，但脾氣大不相同。張之萬做事沉穩，學問精深，在官場之中上下通融也頗有幾分能耐。但此人膽子極小，非常怕事，特別不願意沾惹有關軍務的事。這一回得了慈禧的懿旨，雖是不敢怠慢，但也十分膽顫。對同僚道：「江寧乃是非之地，我此去凶多吉少。若步馬新貽之後塵，也說不定。家裡有什麼事，還請各位照顧。」又將漕標的數十號官船，上千名兵丁都調來，護著自己順運河南下，他自己一直躲在艙里不露面。
其時正值深秋，紅蓼白蘋，運河兩岸的風光頗為不惡，這天由河入江，到了瓜州地方，張之萬在船里悶了好多天，想上岸走走透透氣。
剛下船走了一陣，忽然內急，看看四周，蒿草高過人頭，遠遠延開去，隨風起伏，如大浪一般，四周里除了自己的人寂寂無音。只在遠處有些農人正在田野勞作。本來隨便找個地方如廁是不難的，但張之萬深怕這裡藏著刺客，轉臉對漕標參將說：「你親自帶領兩百親兵，將這裡圍住。」
不一會兒，只見兩百威風凜凜的綠營兵，拿槍弄刀，團團將茅廁圍住。遠處正在收割稻子的老百姓，大為驚異，不知道那裡出了什麼事，以為是在拿賊，有膽大好事的跑來瞧熱鬧，才知道是「漕帥張大人」上茅廁。於是張之萬人還未到，他的笑話先到了江寧。魁玉一見了面便拿他打趣，「天下總督，漕帥最闊，拉個野屎都得派兩百小隊守衛。」
張之萬苦笑道：「玉公，不知江寧城裡還有多少綠營軍，這湘軍都是六親不認的敢死之士，我可信不過。馬新貽的案子，未必沒有湘軍的事。」
魁玉將城內形勢告知，張之萬鬆口氣道：「我是奉旨來會審的，一切都要仰仗老弟。」
「不然，不然！」魁玉搖著手說：「你是特旨派來的欽差，專為查辦此案，當然一切聽你作主。」
兩個人一見面便互相推責，誰也不想兜攬此事。按道理，張之萬是奉旨查案，且是從一品的文官，因當他作主才是。但畢竟張之萬的推功要比魁玉精深，最後定下來是彼此有關，和衷共濟。當夜魁玉為張之萬設宴接風，陪客有署理藩司孫衣言、臬司梅啟照、候補道袁保慶。
袁保慶時任營務處總辦，平日抓散兵游勇，頗為嚴厲，是馬新貽的親信之人。那孫衣言與馬新貽也處的不錯，馬新貽對其有知遇之恩。兩人對馬新貽之死耿耿於懷，在席間極力主張對張文祥用刑，不追出主使的人來，決不罷休。
張之萬隻是吃菜喝酒，並不說話。待眾人問的急了，只說「好好」，「對對」，並不明確表態。魁玉與梅啟照是目前兩江的最高長官，這兩人又是一種主意。張文祥背景深厚，要審出來，卻不能用重刑。怕的是有人在用刑之時暗中下手腳，將張文祥弄死，那可不是玩的。另外，朝延對此事逼的甚急，前次所報的「拿獲行刺之兇犯，始則一味混供，迨晝夜研鞫，據供系河南人，名張文詳，直認行刺不諱，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐」。並不能讓慈禧滿意。朝廷諭旨責備道：「情節重大，亟應嚴切根究，爾等一味搪突，原屬失職。務將行刺緣由究出，不得含混奏結，否則嚴懲不怠。」所以此時是欲進無路，欲退無門，一直在想辦法讓張之萬將此事承擔下來，也好卸責。
張之萬敷衍掉了袁、孫二人，卻最終沒有推掉魁玉和梅啟照的請求，只好答應第二天便提審張文祥。
第二天一早，孫衣言和袁保慶早早到了欽差行轅，在花廳里陪著張之萬閑談。過了一會兒督署派來當差的武巡捕來報，說張文祥已經解到，請欽差升堂。
不久，魁玉、梅啟照也到了。一行人坐上堂，張之萬坐了正首。張文祥被帶上堂，站在堂上立而不跪。衙役用踢其膝窩，張文祥紋絲不動，只是冷笑。張之萬並不計較，倒是袁保慶大怒道：「好刁惡的東西，公然蔑視朝廷命官，把國家法度放在了何處？真正十惡不赦！來人啊，先給我夾了！」
張之萬一聽此言，急忙制止道：「大刑之下，焉有實言。先不要動。」
袁保慶只好作罷。張之問讓梅啟照發問。但來言去語，都只是以前那些話。梅啟照根本無心要問案，所以是你有來言我有去語，問來問去，十分很熱鬧，卻非問在要害上面。直到日上三竿，也沒什麼進展。
到了中午一同用飯的時候，孫衣言忍不住道：「張大人，張文祥是個奸詐的小人，不用重刑，讓他吃些苦頭，難吐實言。望大人考慮。」
袁保慶也附合道：「此人十分狡猾，在堂上一派胡言，妄圖玷毀馬太保的清譽。再這樣審下去，恐怕流言傳出去，對不住新亡之人啊。」
張之萬道：「既是如此，那就不要審了。」
幾個人一聽都吃了一驚，沒想到張之萬說出這話來，正思謀著該如何對答。張之萬接著道：「張文祥不肯供，只有抓他的親屬來問，這樣就不怕他胡說了。還有，張文祥是條硬漢子，若用重刑，輕了怕他仍不招供，反倒讓人抓了內有情弊的話柄；重了，擔心刑傷人命，你我都吃不了兜著走。若是加刑於其親屬之上，就算他是一條鐵骨硬漢子，也不敢再吐狂言。」
幾個人聽了恍然大悟齊聲說高，只有魁玉暗笑，這明明是個拖時間的緩兵之計，卻說的官冕堂皇，真不愧是個老油條。
因為孫之言、袁保慶等人盡心催辦，只用了十天，就將張文祥作捻軍時生的一對兒女，從浙江湖州府找到。同時帶來的還有張文祥亡妻的嫂子以及一干鄰居。張之萬命人將他們收了監，卻又拖了十多天，不肯升堂問案。袁保慶等的急了，託了魁玉打問。那魁玉雖然知道張之萬是不願沾腥。但朝廷連連催辦，這事總要有個了結，如此下去怎麼能行？這張之萬一連數天，在南京城裡遊玩賞景，根本沒把這件事當作一回事，他葫蘆里究竟賣的是什麼葯？
魁玉打發了袁保慶，立刻換衣服乘轎去找張之萬。門前差人見了魁玉施個禮道：「魁大人，我家大人說您來不用通稟，直接帶您去書房。」
魁玉笑道：「他還以為他是諸葛呢，擺出一個料事如神的架勢來。」
魁玉進了書房，見張之萬正拿著一個稟帖在看，見了魁玉，隨手將稟帖壓在硯下，起身迎接，說道：「老弟，此番來是為了張文祥的案子吧？」
魁玉道：「張大人，我知道您是能拖則拖，靜觀其變，不願意深究下去。但朝廷是下了決心要審明白的，口氣越來越嚴厲；下面馬新貽的那幫人也不斷催問。這一案到最後如何定讞？該有個打算。打算好了我們就照這條路子去走。我想您已經胸有成竹了吧。不如點醒下官，也讓我放心一些。」
張之萬道：「這幾天我在南京城中私訪，倒是了解了不少事情。」
魁玉道：「都傳說張大人是懈怠公務，哪裡知道您有這樣的心機。」
「是么？說我懈怠公務？哈哈