根據《史記·秦始皇本紀》的記載，公元前221年即新王朝建立那年，秦政權的最高領導層主要研究了兩個問題，一是定名號，二是定製度。這兩個問題，一個關乎"名"，一個關乎"實"，但都關乎國體和政體。事實上，嬴政之所以要徵求意見，就因為剛剛兼并了天下的秦國統治集團，正面臨著一個重大的選擇:是延續周人建立的舊制度，還是堅持自己的新制度，甚至創建一個更新的制度?這對於新生的帝國來說，真可謂"生死抉擇"。第一個問題很順利地就得到了解決。秦王嬴政以其成功為"上古以來未嘗有，五帝所不及"，便從"三皇五帝"中各取一字，號曰皇帝。同時廢除了謚號，自稱"始皇帝"。謚(shì)號，就是一個有身份的人死了以後蓋棺論定的稱號，帶有總體評價和歷史結論的意思。這是古禮，嬴政卻宣布廢除，理由是不能"子議父，臣議君"。不過這一變革後來又被改了回來，自漢代起仍恢複謚號。始皇帝，則是"開始的皇帝"、"第一個皇帝"的意思。這個稱號，倒是保留了，因為嬴政確實是中國歷史上"第一個皇帝"，所以也叫"秦始皇"。秦始皇還規定，皇帝頒布任命叫做"制"（命曰制），發號施令叫做"詔"（令曰詔），自稱則為"朕"。朕，原本是"自身"的意思，以前誰都可以這麼自稱的。現在不行了。皇帝要"唯我獨尊"，天下人便只好"身不由己"。
這些都是秦王嬴政的標新立異。比如命令，三代（夏商周）"同稱為命"，七國（秦齊楚燕趙魏韓）"並稱為令"，秦始皇卻偏要把命和令分開來。後來漢帝國弄得更複雜，分為策、制、詔、敕四種，即"敕戒州部，詔誥百官，制施赦命，策封王侯"（劉勰《文心雕龍·詔策》）。這也毫不奇怪。新王朝開國時，總是要搞些"新桃換舊符"之類的事情。否則，"名號不更"，何以"稱成功，傳後世"?何況這種更改，也自有它的意義（詳本書第二章）。因此並無爭議。
更名不難改制難。爭論的焦點集中在一個問題:郡縣，還是封建?
什麼叫"郡縣"?什麼叫"封建"?所謂"封建"，即"封國土，建諸侯"，又叫"封土建國"，簡稱"封建"，也叫"分封"。這是西周初年所作的一種政治妥協和政治安排。我們知道，武王伐紂，是聯合了當時所謂"各路諸侯"（實為各部落和部落國家）的。伐紂成功以後，為了犒勞聯軍、酬謝功臣和鞏固政權，便"裂土田而瓜分之"，按大小等級分給諸侯。這就叫"西周封建"。封，就是瓜分土地，並劃定疆域（封國土）。具體地做法，是在國境線上挖溝，再在溝上種樹，叫做"封"。建，就是指派國君，並釐定等級（建諸侯）。具體地說，則有公、侯、伯、子、男五等。封有實惠（土地），建定名分（爵位），於是各得其所，天下太平。當年，周人在奪取了天下後就是這麼做的。殷商在奪取了天下後，據說也是這麼做的。現在，秦人也奪取了天下，丞相王綰等人認為，當然也應該這麼做。
王綰等人說，各國初滅，齊、楚、燕、趙又地方遙遠，鞭長莫及。如不封土建國，只怕彈壓不住（諸侯初破，燕、齊、荊地遠，不為置王，毋以填之，請立諸子）。秦始皇交由群臣討論，上下一片贊同（群臣皆以為便）。這倒也正常。習慣的力量總是大於創新。封建制（即分封制）畢竟有著幾百上千年的歷史，帝國卻剛剛創立。再說，又有多少人能意識到他們是在肩負著歷史的重任，要開創一種前所未有的事業呢?總之，在大秦王朝建立之初，最高決策層的意見，幾乎一邊倒地主張延續有著悠久歷史的封建制。
持不同意見的，是高瞻遠矚的政治家李斯和雄才大略的始皇帝嬴政。李斯時任"廷尉"（司法官），屬於"九卿"（部長級）。他是楚國上蔡人，曾師從荀子學"帝王之術"。學成之後，敏銳地意識到六國皆不足恃，便棄楚投秦，因投靠呂不韋而成為秦王的座上客，算是客卿。而且，正因為是客卿，還差一點被驅逐。李斯以如此身份，若非深謀遠慮，絕不會堅持不同政見，與秦國的同僚們唱對台戲。李斯說，當年周王所封子弟、同姓甚多，原以為可以和衷共濟，同心同德，輔佐周室的。然而怎麼樣呢?他們自己倒先打起來了，而且打得不可開交，結下深仇大恨（相攻擊如仇讎），周天子並不能制止。現在天下歸於一統，海內皆為郡縣，豈能重蹈覆轍?不如以重賞代分封，來犒勞諸子功臣。
對此，秦始皇表示同意。秦始皇說，天下之所以苦於戰爭，就因為有諸侯（天下共苦戰鬥不休，以有侯王）。如果現在又恢複諸侯制度，豈非重新製造戰爭（是樹兵也）!於是採納李斯建議，分天下為三十六郡，以後又增至四十二郡。郡下又設了縣，並按照全國統一的制度和標準進行司法和徵收賦稅。這就是"郡縣制"。
秦始皇的這一決策意義深遠。從此，"封建制"退出歷史，"郡縣制"登上舞台。它的特點，是"天下一統，四海一家，中央集權，分級管理"，上面有中央政府，下面有各級政權。這種國家制度，一直延續至今。這就是秦始皇的歷史貢獻，所以說"百代都行秦政治"。然而，秦始皇雖然斬斷了爭論，問題卻沒有真正得到解決，新興的帝國制度仍然面臨嚴峻的考驗。畢竟，新制度的建立不是一蹴而就的事情，舊制度的復辟則往往在所難免。何況西周創立的封建制，也並非當真就一無是處。它也有它的道理。實際上就連一些有頭腦的人，也認為秦王朝二世而亡的原因之一，是未能"裂地分民以封功臣之後，建國立君以禮天下"。這話是賈誼說的，而司馬遷以為然。《史記·秦始皇本紀》在引述《過秦論》時，就說"善哉乎賈生推言之也"。我們知道，賈誼和司馬遷都是漢人。此二人在世時，郡縣制幾乎已成定論，他們還這麼說。不難想像，秦末漢初之際恢複封建制的呼聲有多高。事實上，大秦王朝剛剛滅亡，封建制就在項羽手中復辟。項羽定都彭城之後，一口氣封了十八個諸侯王（其中就有後來滅了他自己的漢王劉邦），天下從此戰鬥不休，憂慮重開戰端的李斯不幸而言中。西漢初年，劉邦迫於習慣的壓力，不得不調和折中，在天子直轄的"畿輔"設郡縣，畿輔之外封王侯，這就是郡縣與封國並行的"郡國制"。顯然，這是新舊兩種制度討價還價和政治妥協的結果。
這種不倫不類的制度給西漢統治集團帶來了不小的麻煩，不是異姓王造反，就是同姓王叛亂。柳宗元在他的《封建論》中列舉了這些事實:公元前201年，韓王信反，漢高祖前往平叛，被困七天。這就是"困平城"。公元前196年，淮南王英布反，高祖又前往平叛，被流矢所中，一命嗚呼。這是"病流矢"。此後，惠帝劉盈、文帝劉恆、景帝劉啟，居然"陵遲不救者三代"。朝廷不得不殫精竭慮，軟硬兼施，又是"削藩"（削減藩國支郡），又是"推恩"（分封藩王子弟），直到漢武帝元封五年（公元前106年），才算解除了帝國的心腹之患。柳宗元認為，這就是封建制的弊病。
相反，中央集權的郡縣制卻很快就體現出它的優越性。柳宗元說，秦末天下大亂，有叛逆的民眾，沒有叛逆的官員（有叛人而無叛吏）。漢初天下大亂，有叛逆的封國，沒有叛逆的郡縣（有叛國而無叛郡）。中唐天下大亂，有叛逆的將領，沒有叛逆的州府（有叛將而無叛州）。柳宗元認為，這就是郡縣制的好處。因此，封建制不可恢複，郡縣制不可廢除——"州縣之設，固不可革也"（《封建論》）。
始皇和李斯的立論，主要著眼點於當時的政治需要（休兵）;柳宗元的立論，則主要著眼點於政權的鞏固和社會的安定。然而郡縣制的意義卻遠不止於此。西漢武帝之後，各封國名存實亡，郡縣與封國並存的"郡國制"退出歷史舞台，以州領郡、以郡領縣的"三級地方制度"開始浮出水面（漢初只有郡縣二級，州也有一個由武帝所設之監察區變成行政區的過程，此處不細論）。州有刺史（後為州牧），郡有郡守，縣有縣令，中央政府直接任命的地方官，完全取代了分封的諸侯。皇帝冊封的藩王，不再有獨立主權。此後，這一制度一直為歷朝歷代所採用。粗略地說，唐，是道、府、縣三級;宋，是路、府、縣三級;元明清，是省、府、縣三級（中國古代地方行政建制多變，郡取消，州降格，層次也未必就是三級，此處也不細論）。郡縣制，貫穿了帝國的始終。從這個意義上可以說，無郡縣制，即無帝國制。
那麼，帝國又是一種什麼樣的制度?
帝國制度是從邦國制度過渡而來的。所謂"邦國"，是指西周封建到春秋戰國時期所實行的一種特殊的國家制度，是我們民族國家形態的初級階段。當時，中華大地上遍布著許多大大小小的諸侯國（封國）。它們各自獨立，相互交往（通婚、通商、結盟、戰爭），又共同擁戴其中一個（具體地說就是周），作為名義上的"天下共主"（天子），組成號稱"天下"的鬆散的聯邦或邦聯。這就是"邦國制度"。它的建立，如前所述，就是"封建"（封土建國）;它的特點，則是"一個天下，許多國家"。天下只有一