相對以上幾種政治勢力，防範權臣和朋黨的難度更大。因為皇帝行政，離得開家人親戚和太監，卻離不開大臣。乾隆年間，全國約有兩萬名文官，七萬名武官。管理和操縱如此龐大的官員隊伍，對任何一個皇帝來說，都是絕大的難題。
只有親自坐到皇帝寶座上，你才會明白為什麼那麼多男人為了這個位置不惜一切。坐在世界之巔的感覺是語言無法形容的，那幾乎就是成為上帝的感覺。從父親咽氣的那一刻起，乾隆就發覺周圍所有官員面對他時的神情都變了。他們不敢正眼看他，似乎他的臉上散發出特殊的光輝，讓他們睜不開眼睛。他明白這是因為從那一刻起，他手裡握住了他們的一切：從官爵榮辱到身家性命。他成了他們的「主子」，他和他們的關係，就是主人和狗的關係。
正如戴逸先生所說的那樣：「新皇帝一旦從前一代統治者手中接過權力，他立即會發現自己置身於變幻莫測的官僚政治的旋渦中。周圍充滿著歡呼和讚美，欺騙和謠言，搖尾作態的獻媚乞恩，誠惶誠恐的畏懼戰慄。這一切往往會使一個不夠老練的統治者頭暈眼花。」（《乾隆帝及時代》）
乾隆沒有頭暈眼花。他深知，這些官員絕對不像狗那樣忠誠和簡單。這些在宦海驚濤中一路摸爬滾打上來的成功者，個個身懷絕技。在他們馴順的外表下，掩藏著無窮無盡的野心、慾望和算計。這些人既是他的政治工具，又是他的政治天敵。歷代王朝最大的敵人，不是起義者，不是異族，不是災荒，而是官僚集團。中國歷史上壽命較長的大王朝，幾乎無一例外地喪命於這些衣冠楚楚、舉止高雅的人之手。
這話聽起來駭人聽聞，事實上卻千真萬確。作為個體，再狡猾、再有實力的官員在皇帝面前也往往不是對手。但是，一旦這些官員結合成官僚集團，形勢就發生了逆轉。本來，官僚體系是皇帝親手建立起來的，但是，一旦建立和運轉起來，它就成了一個難以控制的龐然大物，有了自己的生命、性格和利益關切。就像弗蘭肯斯坦似的怪物，雖然是主人所創造，卻非主人所能控制。
皇帝關心的是天下長治久安，一家一姓的統治永遠不變；官員們的考慮卻沒有這麼長遠。歸根結底，天下是皇帝的天下，官員們只是掙份工資。他們更關心的是如何利用政策空子，占皇帝的便宜，為自己和親人朋友撈取最大好處。官僚集團運轉的規律是：在沒有利益驅動時，官員們執行皇帝的政策，總是傾向於被動應付，只求形式上能交代，由此導致敷衍塞責、形式主義，甚至弄虛作假。而當他們發現政策的空子時，通常會把個人利益偽裝於國家利益之中，刻意把經念歪。基於利益最大化的原理，官員們熱衷於編織關係網，相互通風報信，十分默契地協調行動。在他們的集體努力下，國家政治很快會陷入腐敗的泥淖，每一位官員都會成為中飽私囊的「碩鼠」，本來屬於皇帝或者說國家的「民脂民膏」被大量消耗，國家的治理成本大幅上升，最終出現「官逼民反」這個命定的結局。
作為熟讀歷史，對人情世故領會頗深的青年政治家，乾隆的「寬」並不是毫無尺度的。在軟的一手背後，他還有硬的一手。在彬彬有禮的同時，他認真觀察著官員們的每一個表現，細心諦聽著官僚機器的每一絲異常響動，一旦發現問題，他絕不放過。
乾隆四年（1739年），工部奏報，為修理太廟裡面的「慶成燈」，申請領銀三百兩，並二百串錢。區區幾百兩銀子，對於費用浩繁的皇家來說，不過是九牛一毛。並且，這件小事夾雜在工部上報的幾十件大事當中，誰也想不到會被皇帝注意。孰料乾隆精力過人，雖然每天要閱讀上萬字的奏摺，從頭到尾卻不會忽略一字。看到這個數字，皇帝感覺這筆錢用於「粘補」燈具，似乎稍多了些，其中似有弊端，遂硃批詢問，此燈不過是小小粘補修理，怎至於用銀如此之多？
工部勾結內務府，在皇家工程中濫支濫報，已經成了習慣。多支個百十兩銀子，工部自己都沒有當回事。工部官員不知年輕皇帝的厲害，只含糊其詞地回奏說這是預支銀，將來按實用金額再行報銷，餘下的銀兩自會交回。他們的如意算盤是皇帝日理萬機，此刻支吾過去，第二天皇帝就會忘了。豈料乾隆登基以來，日夜提防的就是臣下的欺騙，他說「萬幾待理，而甘受人欺，弊將百出」，更何況工部欺騙得如此明目張胆。他下旨說，凡有工程，都是先估後領，並不交還，查遍工部檔案，歷來也沒有交還余錢的記錄。「該堂官等竟以朕為不諳事務，任意飾詞朦混，甚屬乖謬。」
一番話說得工部官員啞口無言，就為太廟一燈幾百兩銀子的小事，乾隆小題大做，殺一儆百，整個工部衙門全堂都被降罪。尚書來保、趙殿最，侍郎阿克敦、韓光基等或遭降級，或被調用，最輕的也受到罰俸處理。此事一出，滿朝大臣都震悚一時，對年輕皇帝刮目相看。（《清高宗實錄》）
乾隆登基不久，因為他人舉報，以「因循不振，不求進取」的罪名罷黜了一名叫魏廷珍的大臣。這事過去幾年之後，皇帝因事召見大理寺卿陶正靖，談完正事，又問他最近朝政有沒有什麼不當之處，陶正靖就以一副仗義執言的表情說，幾年前被罷黜的魏廷珍其實為人清正，沒有大過，丟官罷職，處理不當。陶氏所舉數條理由都十分光明正大，皇帝當即首肯，表揚了陶正靖的直言精神。
然而回過頭來，皇帝就開始琢磨陶正靖的動機是否像他表現出的那麼純正。他開始暗暗調查陶正靖與魏廷珍是不是科舉同年，或者同鄉。一番摸底，皇帝發現魏廷珍與禮部尚書任蘭枝同年（同一年考中進士），而陶正靖正是任蘭枝的門生。皇帝由此認定，一定是任蘭枝為了袒護同年，指使門生代為奏請。於是任蘭枝被革職，陶正靖被降級。（《清史稿·魏廷珍、任蘭枝傳》）。
一旦心存警惕，官僚們欺騙的種種伎倆，就逃不過乾隆的法眼。有一次在閱讀一份奏摺時，一個大臣奏道，他發現了地方上的一件壞事，要報告皇上：「正在繕疏間，據兩司道府揭報前來，與臣所訪無異。」也就是說，正在寫報告，布政使和按察使也恰好向他彙報了此事，與他所了解的情況一樣。
乾隆會心一笑。這就是地方大臣的「會做人」之處，也是他們「取巧欺君」之處。如果單單報告這件壞事，這位官員固然是立了功了，不過同為大吏的同省布政使和按察使卻有了失職失察的嫌疑。為什麼人家發現了這件壞事，而你們沒有發現？所以，這位大員筆頭一轉，這樣一提，既保住了自己首先發現的「頭功」，又為布政使和按察使推卸了失察的責任，何其工巧，又何其隱蔽！乾隆不覺輕輕嘆息，揮筆在奏摺上批道：這種事，千百件中或者有一二次，怎麼會次次那麼巧？（《叫魂——1768年中國妖術大恐慌》）
乾隆皇帝的智商、情商都是尋常帝王所難及。那些讓其他統治者看起來頭暈眼花的官場詭計，根本逃不過他的法眼，更何況他越來越心存警惕。幾次交鋒之後，皇帝的精明就給官員們留下了深刻的印象，以至於有的官員對他做出了「自古人主患不明，惟皇上患明之太過。自古人主患不斷，惟皇上患斷之太速」的評價。
人們因為不同的利益和見解而分成不同的團體，是政治生活中的正常現象。從這一點來說，中國的朋黨之爭與西方的政黨政治有著相同的起源。但是，西方政黨政治的前提是君權的虛化或者消亡，運作方式是競爭雙方按明確的規則光明正大地較量。而在專制制度之下，大臣們分裂成不同的派別則意味著統治效能的下降。因為政黨政治是公開的、合法的、專心致志的，而朋黨政治則是隱蔽的、非法的、別有用心的。一旦形成不同的朋黨，大臣們的政治行為就處處摻雜進黨同伐異的動機。薦舉人才，推行政策，表面上一出大公，實際上無不會首先從小集團的利益出發。這種窩裡斗的起源是因為利益，最終卻幾乎演變成了一種生存方式和生活樂趣，他們斗得如此津津有味，斗到了最後，他們簡直就是為斗而斗。在這種毒化的政治環境之中，每一個人都必須依附某一門派才能在官場中立足，個別想有所作為的精英人物在這種情況下也無可奈何：「群小挈手絆足，其任事之勞，不勝救過之念，出嗟於朝，入嘆於室。」
還是在未登基之前，乾隆就已經通過史書，對朋黨政治的歷史和危害有了深入了解。他說：「明季科目，官官相護，甚至分門植黨，僨事誤公，惡習牢不可破，乃朕所深惡而痛斥者。」然而，他深惡痛絕的這一政治危害又實在是中國政治中最難根除的痼疾之一。
乾隆執政的六十多年中，如何處理朋黨一直是他苦心思考的問題。
雍正皇帝留給乾隆最重要的政治遺產就是兩位重量級政治人物：鄂爾泰和張廷玉。這兩位大臣，都是位高權重，才幹出群。鄂爾泰，滿洲鑲藍旗人，雍正後期的內閣首輔，是雍正最信任的滿族大臣。雍正皇帝甚至曾經說過：「朕有時自信不如信鄂爾泰之專。」張廷玉則是雍正帝最倚重的漢族大臣，任文淵大學士，軍國大事，多與參決，被雍正稱為「第一宣力大