除了收拾宦官，昭宗李曄第二件亟須要做的事情，無疑就是對付藩鎮了。
李曄很清楚，要對付藩鎮，自己手中就必須有一支軍隊——一支真正忠於朝廷、不被任何勢力掌控的軍隊。
為此，他從即位之初就一直在招兵買馬。到了大順元年（公元890年），朝廷終於組建了一支十萬人的軍隊。有了這張底牌，昭宗就可以跟藩鎮叫板了。
那麼，要從哪裡開刀呢？
這些年來，天下諸藩中發展最快、勢力最強的，非河東李克用莫屬。要對付藩鎮，肯定要先從他下手。但是，李克用是光復長安、平定黃巢的功臣，朝廷要對他用兵，肯定需要一個說得過去的借口。
正當昭宗為此絞盡腦汁之際，借口忽然就有了。
大順元年正月，李克用悍然從太原出兵，一舉吞併了東昭義（治所邢州，今河北邢台市），旋即又進攻雲州（今山西大同市）。雲州防禦使赫連鐸急忙向盧龍節度使李匡威求救。李匡威深知，一旦雲州失陷，李克用的矛頭就會直指河北，於是迅速率領三萬人前往救援。李克用陷入腹背受敵之境，加之麾下兩員勇將又一死一降，只好引兵撤回太原。四月，赫連鐸、李匡威與朱全忠先後上疏朝廷，請求討伐李克用。
昭宗召集宰相和百官廷議。以宰相杜讓能、劉崇望為首的多數大臣堅決反對，而宰相張濬和孔緯卻極力主戰。尤其是張濬，這個一貫自詡有東晉謝安和前朝裴度之才的宰相斬釘截鐵地說：「只要給我兵權，少則十天，多則一個月，必定削平李克用！錯失這個良機，日後將追悔莫及！」
其實，昭宗比任何人都更想利用這個機會消滅李克用，可他自己卻不想把討伐李克用的意思說出來，而是把話留給了張濬和孔緯。
昭宗之所以這麼做，是想萬一討伐李克用失敗，自己頂多就是丟卒保車，把張濬他們犧牲掉而已，斷不至於讓李克用有反抗朝廷的口實。所以，昭宗召開此次廷議，其目的也不過是讓文武百官替他當一回證人而已。
天子既然是這個心思，那這次廷議就純屬走過場了。當主戰派和主動派各自把觀點亮出來後，昭宗忽然說了一句：「李克用有討平黃巢、復興帝國之功，今日趁其新敗而發兵討伐，天下人將如何看待朕呢？」
孔緯立即接過話茬：「陛下的思慮是一時之仁，張濬的提議卻是萬世之利。昨日，我們已經計算過了，調動士兵、運送糧餉、犒勞賞賜等等費用，一兩年內都不至於匱乏。現在，就看陛下您的決斷了！」
最後，昭宗悠悠地嘆了一口氣，用一種相當勉強的口吻說：「這件事就交給二位賢卿了，希望不要讓朕蒙羞。」
大順元年五月，昭宗下詔削除了李克用的所有官爵，並開除其宗室戶籍（當初朱邪赤心被賜皇姓時，編入了李唐宗室戶籍）；同時，任命張濬為討伐河東的主帥，京兆尹孫揆為副帥，並命朱全忠、李匡威、赫連鐸各自從本道出兵，對李克用形成圍剿之勢。
五月二十七日，張濬率五萬軍隊出征，昭宗親臨安喜樓為他餞行。張濬屏退左右，對天子說：「待臣平定外憂，再為陛下剷除內患！」
這個內患，當然就是指楊復恭了。
此刻，楊復恭正躲在屏風後面，把這句話一字不漏地聽了去。
軍隊開到長安城東面的長樂坂，輪到左、右神策中尉餞行。楊復恭向張濬敬酒，張濬不喝，推說醉了。楊復恭鼻子一哼：「宰相大人既然已經大權在握、專主征伐，又何必如此扭捏作態呢？」張濬盯著他的眼睛，一字一頓地說：「等我平定叛賊回來，你就知道我為何扭捏作態了！」
楊復恭悚然一驚。
張濬得意地躍上馬背，頭也不回地揚長而去。
從張濬率領大軍出征的那一刻起，昭宗就陷入了無比的焦灼和緊張之中。
因為，這個災難深重、岌岌可危的帝國，太需要一場勝利來提振元氣、鼓舞人心了。
他強烈地希望，張濬能夠像前朝宰相裴度那樣，一舉討平跋扈藩鎮，讓他這個躊躇滿志的天子在「匡扶社稷、中興李唐」的道路上邁出堅實的第一步。
然而，希望從來是美好的，而現實卻終究是殘酷的。
這個眼高手低、志大才疏的張濬，非但沒有像他自己說的那樣，只用一個月就討平李克用，反而在將近半年的時間裡損兵折將，一再敗北，最終全線崩潰。
回顧這半年來接二連三的敗報，昭宗的心彷彿在滴血——
八月，大戰還沒開始，副帥孫揆就在長子（今屬山西）西面的山谷中被河東伏兵生擒，旋即被殺。
九月，南面主將朱全忠在馬牢山（今山西晉城市東南）被河東軍擊敗，大將鄧季筠被俘，同時被殺被俘的士兵有一萬多人。
九月下旬，北面正副主將李匡威、赫連鐸在蔚州（今河北蔚縣）取得一次短暫的勝利之後，隨即遭到李克用主力的迎頭痛擊；李匡威的兒子、赫連鐸的女婿皆被俘，同時被殺被俘的士兵數以萬計。
十月，當各路討伐軍已被李克用各個擊破後，張濬率領的主力才剛剛推進到晉州。先頭部隊與河東軍在汾州（今山西汾陽縣）遭遇，剛一交戰就敗退下來，後方大軍不戰自潰。河東軍乘勝追擊，直抵晉州城下。張濬出城禦敵，再敗，從各鎮徵調的士兵嘩然四散，各自逃回本鎮。張濬在晉州困守了一個月，料定大勢已去，只好帶著殘部從含口（山西絳縣西南）倉皇逃遁，越過太行山逃到河陽（今河南孟州市），然後拆卸民房的木板拼湊木筏，渡過黃河狼狽南下。
至此，中央討伐大軍死的死，逃的逃，幾乎全軍覆沒。
這場大張旗鼓的討伐河東之戰，就這樣以志在必得的姿態開場，而以徹頭徹尾的失敗告終。
昭宗充滿希望的一顆心瞬間跌入失望和悲哀的谷底。
緊接著，一陣恐懼就襲上了心頭。他知道，不給李克用一個說法，他肯定跟朝廷沒完。
大順二年（公元891年）正月初九，昭宗萬般無奈地把張濬貶為鄂岳觀察使，把孔緯貶為荊南節度使。然而，李克用並不罷休。他怒氣衝天地上了一道奏疏，說：「張濬以陛下萬世之業，邀自己一時之功，知臣與朱溫深仇，便與其私相聯結。臣今身無官爵，名是罪人，不敢回到陛下分封的藩鎮，只能暫到河中居住，應該去向何方，恭候陛下指令！」
河中？
昭宗一下就傻眼了。這不是赤裸裸的威脅恐嚇嗎？
河中（今山西永濟市）與潼關僅僅隔著一條黃河，李克用只要帶兵到河中，再一步跨過黃河，天子和朝廷就是他砧板上的魚肉了。
接到奏疏的當天，昭宗就忙不迭地把張濬再貶為連州（今廣東連州市）刺史，把孔緯再貶為均州（今湖北丹江口市西北）刺史，同時下詔恢複了李克用的所有官爵。
二月，昭宗擔心李克用還不滿意，又加封他為中書令，並把張濬再貶為綉州（今廣西桂平縣南）司戶，才算是把李克用安撫住了。
討伐河東之役不到半年就敗了，而早在三年前就開打的西川之役，同樣遭遇了失敗。而且，西川的失敗比河東更讓昭宗痛心疾首。因為河東敗得乾脆，頂多只是短痛，而西川則打了整整三年，發兵十幾萬，曠日持久，喪師費財，無疑是令人難以忍受的長痛。
大順二年三月下旬，宰相和財政大臣不得不向昭宗稟報，國庫已經空了，再也沒辦法給西川前線輸送一毫一厘的軍費了。
那一天，文武百官看見天子李曄忽然把頭低了下去，而且沉默了很久。最後，李曄無奈地頒下一道詔書：恢複原西川節度使陳敬瑄的所有官爵，同時命王建等人罷兵休戰，各回本鎮。
接到詔書的那天，陳敬瑄和田令孜忍不住相視而笑。
可他們笑得太早了。
因為，天子雖然放棄了，但王建卻沒有放棄。
在接下來的幾個月里，王建非但沒有退兵，反而加大了進攻的力度，先後佔領了西川轄區內的大多數州縣，然後猛攻成都。陳敬瑄數次出城迎戰，卻屢屢被打敗。到了七月下旬，內無糧草、外無援兵的陳敬瑄和田令孜終於絕望了，不得不開城投降。
田令孜親手把西川節度使的帥印和旌節交給了王建。
隨後，王建把陳敬瑄和田令孜放逐到了偏遠的州縣，並於兩年後將其誅殺。
昔日稱霸一方的軍閥被消滅了，可王建卻從此成為西川的土皇帝。天復三年（公元903年），王建自封為蜀王。公元907年、亦即唐朝覆亡的那一年，王建在成都稱帝，國號「蜀」，史稱王建為前蜀高祖。
登基才三年，昭宗在藩鎮事務上就遭受了兩次重大挫折，這對於一個銳意中興的天子而言，實在是一個沉重的打擊。
不過，讓昭宗在痛苦中感到一絲欣慰的是——幾年來，與權宦楊復恭的鬥爭取得了不小的進展，基本上可以收網了。
大順二年九月，昭宗發現李順節已經有效地掌握了部分禁軍，於