東征高麗的失敗，意味著百濟戰場上的劉仁願和劉仁軌已經徹底陷入孤軍奮戰的境地。
此時，這支孤軍已經在熊津堅守了整整一年。高宗擔心他們無法長期堅持，最後不得不下了一道敕書——命他們放棄熊津，撤往新羅。他在敕書中特地強調：如果新羅國王需要他們留下來，那就留駐新羅；如果不需要，就即刻渡海回國。
高宗的這道敕令顯然是出於對將士們的關心和體恤，但是作出這個決定卻是痛苦而無奈的。因為最後這支部隊一旦撤出百濟，就意味著唐帝國這兩年來在朝鮮半島上付出的所有努力將全部付諸東流！
劉仁軌無法接受這個結果。
可是，在接到天子敕令的時候，熊津城中的將士們卻都慶幸不已。
因為他們太想念故國，太想念親人了！從顯慶五年（公元660年）三月出徵到現在，他們離開故土已經整整兩年，而且長期困守在熊津孤城裡，更讓他們覺得憋屈和窩囊。在他們看來，與其在這裡毫無希望地苦撐苦熬，還不如儘早放棄。
所以，此刻的唐軍將士們都巴不得兩位將領馬上作出決定——撤軍回國。
就在這個時候，劉仁軌站出來了。
他告訴眾人，他的決定是——繼續堅守。
將士們一片嘩然。
劉仁軌環視著這些面容枯槁、神情疲憊的唐軍將士，開始陳述他反對撤軍的四大理由。
其一，「《春秋》大義，大夫出疆，若能安社稷、利國家，獨斷專行亦無不可。諸君都是帝國的臣民，就要以國家的利益為上，除了抱定必死的決心，我等別無選擇！豈能各懷私心、苟且偷安？」
其二，「皇上欲征服高麗，故先討伐百濟。如今我等就是一把尖刀，插在了敵國的心臟。敵軍雖然看上去人數眾多、守備森嚴，但是只要我們秣馬厲兵，出其不意地發動攻擊，沒有打不贏的道理。一旦取得初步勝利，軍心自然安定，然後分兵據險，擴大戰果，並且及時向皇上奏捷，要求增兵。朝廷知道我們有成功的把握，必然遣將出師。到時候裡應外合，百濟反抗軍一定會被殲滅。這不僅能保住既得的勝利，而且可以永保海外的風平浪靜。」
其三，「現在圍攻平壤的大軍已經撤退，如果再放棄熊津，那麼百濟的殘敵必將死灰復燃，而高麗的平定就更是遙遙無期。況且，如今我們以一城之地居敵中央，假如棄城而走，很可能身陷重圍，被敵人俘虜；就算安全撤往新羅，也終歸是寄人籬下，萬一出現意外，必然悔之不及。」
其四，「敵軍首領福信凶悖殘暴，與他擁立的國王扶余豐貌合神離、相互猜忌，隨時可能爆發內訌，自相殘殺。在此情況下，我等更應堅守到底，靜觀其變，伺機發動反攻，決不可輕言放棄！」
唐軍將士們看著年已老邁卻依然壯志在胸的劉仁軌，一股已然冷卻的熱血逐漸在他們心頭重新沸騰起來。
並不僅僅是劉仁軌對戰況的冷靜分析說服了大家，更主要的是——這個老人無比堅定的勇氣、意志和信念最終感染了他們，打動了他們。
「在我們的人生中，必然會遇到各種挫折和磨難。這時，只要有一個堅定的信念，並奮力拚搏，就能戰勝磨難。在困境中，如果你覺得自己真的失敗了，那你就會消沉下去；如果你告訴自己：一定要堅持！那麼你就會走過坎坷，最終獲得成功。只要信念不被厄運打垮，希望之光就終會驅散絕望之雲！」（阿爾伯特·哈伯德《送給加西亞的信》）
劉仁軌正是這樣一個屢遭陷害、歷經磨難的人，即便後來被高宗起用，也是受命於危難之際、置身於強敵之中。如果不是依靠一種強大的信念，如果不是告訴自己「一定要堅持」，劉仁軌就絕不可能把這場東征從失敗的邊緣拯救回來。
滄海橫流，方顯英雄本色！
老當益壯的劉仁軌在這種危難時刻所發出的「希望之光」，終於驅散了籠罩在將士們心頭的「絕望之雲」。在劉仁軌的影響下，無論是剛剛升任熊津都督的劉仁願，還是每一個普通士兵，無不抱定必勝的信念，誓與熊津共存亡。
與此同時，百濟國王扶余豐和軍隊首領福信卻以為唐軍必定會撤出熊津，所以派人送來了一封信，在信中譏笑說：「諸位使節何時西還？我方當派人為你們送行。」
看到這封信時，劉仁軌笑了。
因為他知道機會來了。
百濟軍隊自以為唐軍在高麗遭到了嚴重挫折，困守熊津的這支部隊勢必很快就會撤離，所以他們長期繃緊的神經已經放鬆了下來。
這無疑是唐軍扭轉戰局、反敗為勝的良機！
劉仁軌與劉仁願商議之後，決定發動反攻。
龍朔二年七月，熊津城中的唐軍忽然出擊，以迅雷不及掩耳之勢，對百濟復國軍發起了一場閃擊戰，一連攻克了支羅城、尹城、大山、沙井（均在朝鮮半島西南部）等多座堡壘，殲滅了大量敵軍，並迅速分兵據守。
就在百濟軍隊還沒有反應過來的時候，劉仁軌又密約新羅出兵，兵鋒直指熊津城東面的一座戰略要地——真峴城。
真峴城是一座修築在峭壁上的城池，易守難攻。福信深知其重要性，很早就加派了軍隊，嚴加防範。然而，正因為此城險要，加上有重兵布防，所以百濟軍隊反而放鬆了警惕。劉仁軌率部進抵真峴城下後，馬上利用夜色的掩護，順著峭壁上繁盛的草木攀爬而上，悄悄幹掉了所有哨兵，到天亮時分就已佔據該城，百濟守軍一覺醒來，都乖乖地做了唐軍的俘虜。
拿下真峴城是百濟戰爭的一大轉折點。
因為此城位於百濟與新羅的交通要道上，佔據此城就等於打通了熊津與新羅的運輸通道，從此唐軍就可以源源不斷地從新羅獲得必要的糧食和給養。百濟要想拔掉插在他們心臟上的這顆釘子，已經是難如登天了。
隨後，劉仁願迅速上表向朝廷報捷，並要求增兵。
眼見百濟這盤死棋忽然之間就走活了，高宗大喜過望，隨即任命右威衛將軍孫仁師為熊津道行軍總管，即刻率領七千名士兵渡海增援。
就在唐軍發動反攻的同時，百濟內部再次爆發了內訌。
不出劉仁軌所料，福信和扶余豐這對君臣始終貌合神離，一直處在相互猜忌的狀態。自從福信刺殺道琛、大權獨攬之後，扶余豐更是感到了嚴重的威脅，於是便暗中在福信身邊安插了幾個眼線。
七月的某一天，福信忽然稱病閉門不出。滿腹狐疑的扶余豐馬上讓他的眼線刺探實情，結果不出他的預料，福信果然是想趁他前去探病之機，將他刺殺，然後自立。扶余豐勃然大怒，索性將計就計，帶著自己的一乾親信，以探病為由把福信殺了，並且清除了他的黨羽。
福信一死，扶余豐算是剷除了一大心腹之患，可同時也失去了一條強有力的臂膀。扶余豐深知自己不是唐軍的對手，於是慌忙派遣使節，前往高麗和日本乞援，請求共同出兵對付唐軍。
孫仁師率援兵進入百濟後，與劉仁願、劉仁軌合兵一處，唐軍聲勢大振。
龍朔三年（公元663年）秋天，經過長時間休整的唐軍決定對百濟發起全面反攻。諸將紛紛建議先取加林城，因為此城地處水陸要衝，是一個戰略要地。然而劉仁軌卻提出了不同看法，他說：「加林城異常險要，如果我們採取強攻，必定傷亡慘重；倘若採取圍困戰術，又會陷入曠日持久的消耗戰。依我之見，不如直搗敵軍老巢周留城，這是百濟反抗軍的總部，所謂除惡務本、擒賊擒王，只要攻克周留城，其他城池必將聞風而下。」
眾人經過商議，都對劉仁軌的意見表示贊同。隨後，唐軍兵分兩路：孫仁師、劉仁願會同新羅軍隊從陸路進攻；劉仁軌則與副將杜爽、百濟降將扶余隆率海軍出熊津江，在白江口與陸軍會師，一同夾擊周留城。
就在唐軍準備發動全面反攻之前，日本在百濟國王扶余豐的請求下，已經決定介入朝鮮半島的戰爭，隨即出動了一支龐大的海軍支援百濟。
這一年八月二十六日，當劉仁軌率領海軍進抵白江口時，日本海軍已經在此嚴陣以待。
中日海軍在歷史上的第一次大規模會戰——白江口戰役，就此拉開序幕。
日本海軍的兵力將近四萬人，擁有一千艘戰船；而大唐海軍的兵力大約是一萬三千人，戰艦一百七十艘。
很顯然，日本海軍在艦船數量和兵力上佔盡了優勢。但是，在艦船體積、性能和武器裝備方面，日軍卻遠遠不如唐軍。在兩軍各有所長的情況下，究竟哪一方能取得勝利，誰也沒有把握。
作為中日兩國海軍的首次交鋒，雙方都不了解彼此的實力，所以在這一天的戰鬥中都表現得比較謹慎。兩軍只是彼此發動了幾次試探性進攻，試圖摸清對方的戰術和打法，隨後便各自收兵。第一天的戰鬥，以日軍損失幾艘戰艦而告終，唐軍小勝。
當天夜晚，雙方的高級將領都連夜舉行軍事會議，討論破敵的戰術。日軍將領一致認為，應該發