李祐敗亡後，朝廷按照連坐之法，窮究他在長安的餘黨，事情竟然牽連到了紇干承基，有關部門立刻將紇干承基逮捕，關進了大理獄，準備處以死罪。死到臨頭的紇干承基為了自保，不得不主動上告，把太子黨的政變陰謀一股腦兒全給抖了出來。
齊王李祐剛剛伏誅，太子謀反案旋即爆發！
在如此接踵而來的重大打擊面前，李世民頓時感到心如刀絞、五內俱焚。
貞觀十七年（公元643年）四月，李世民召集了長孫無忌、房玄齡、蕭瑀、李世勣等宰輔重臣以及大理寺、中書省、門下省的主要官員，對太子謀反案進行會審。
審理結果，此案證據確鑿，李承乾反形已具，罪無可赦！
儘管這樣的結果早在李世民的意料之中，可事到臨頭，李世民還是感到無比心痛和無奈。他神情黯然地問大臣們：「該如何處置承乾？」
群臣面面相覷，沒人敢發話。
太子謀反是帝國政治中最惡劣、最敏感的事件，這種事情誰敢替皇帝拿主意？
朝堂上一片沉默。
最後終於有一個小官站了出來，打破了這種難挨的沉默。
這個人叫來濟，是隋朝名將來護兒的兒子，時任通事舍人。他對皇帝說：「陛下不失為慈父，太子得盡天年，則善矣！」（《資治通鑒》卷一九七）他的意思很明白，就是希望保住李承乾一命。
這樣的答案當然也是李世民想要的。
四月六日，李世民頒下詔書，廢黜太子李承乾，將其貶為庶民，囚禁在右領軍府。不久後將其流放黔州（治所在今四川彭水縣）。李承乾在這邊瘴之地度過了兩年生不如死的歲月，於貞觀十九年抑鬱而終。
處置完李承乾，接下來就輪到他那幫黨羽了。李安儼、杜荷、趙節等人全部被斬首，但是另外兩個人，李世民卻想對他們網開一面。
一個是漢王李元昌。李世民打算饒他不死，無奈群臣極力反對，李世民只好將李元昌賜死於家中。
另一個就是侯君集。剛剛逮捕侯君集時，李世民就對他說：「朕不想看到你在公堂上遭刀筆吏的侮辱，所以親自審問你。」但是不管李世民怎麼審，侯君集就是拒不認罪。最後他的女婿賀蘭楚石跳了出來，把老丈人與太子暗中勾結、策劃政變的經過一五一十地揭發了，侯君集無話可說，只好低頭認罪。
李世民念在侯君集跟隨自己多年，而且是開國功臣，打演算法外開恩，饒他一命。
然而，滿朝文武卻一致反對。李世民沒辦法，只好親自到牢中去見了侯君集最後一面，說：「與公長訣矣，而今而後，但見公遺像耳！」（《舊唐書·侯君集傳》）言罷泣下沾襟。
押往刑場斬首的時候，面對鬼頭刀，侯君集表現出了一個沙場老將慣有的鎮定與從容。他面不改色地對監刑官說：「我一誤再誤，終於淪落到今天這個地步！但是陛下尚為秦王時，我便已侍奉左右，此後又率部西征，攻滅了兩個國家（吐谷渾和高昌），乞求陛下給我留下一個兒子，以繼承侯家香火。」
侯君集被斬首後，李世民命人抄沒了他的家產，但赦免了他的妻子和一個兒子，只將他們流放嶺南。
太子終於出局了！
魏王李泰盯著那個空空蕩蕩的儲君之位，嘴角掠過一抹深藏已久的微笑。
他相信，普天之下，沒有第二個人比他更適合成為東宮的新主人。
隨後的日子，他天天入宮侍奉父皇李世民，表現得比以往任何時候都更加孝順和謙恭。
李泰的表現讓李世民感到了莫大的安慰。
此時此刻，也唯有李泰可以撫慰這個天子兼父親傷痕纍纍的心靈。
其實，無論從哪一方面來看，李世民一直都覺得這個兒子最像自己——他有志向、有韜略、有智慧、有才情，由這樣一個兒子來繼承帝業，應該是沒有什麼放心不下的。更何況，李泰是嫡次子，眼下承乾既然已經廢了，由李泰來繼任儲君，就是理所當然、名正言順的事情，相信那些一貫堅持嫡長制的朝臣們也沒什麼話可說了。
基於這樣的考慮，李世民終於向李泰當面承諾：準備立他為太子。
與此同時，李世民也就此事對朝臣們進行了試探。但是大大出乎他意料的是，朝臣們在新儲君的人選上再次產生了重大分歧。
大臣們分成了兩派。中書侍郎岑文本、黃門侍郎劉洎等人力挺魏王李泰；而司徒長孫無忌、諫議大夫禇遂良等人卻表示強烈反對，他們提出了另一個人選——晉王李治。
事情頓時陷入了僵局。
就在朝野上下的人們認定魏王李泰入主東宮已經是板上釘釘的事情之時，晉王李治就像一匹政治黑馬驀然闖進人們的視野中；就在魏王李泰自認為一隻腳已經邁進東宮的時候，晉王李治就像一顆從天而降的攔路石橫亘在他的面前。
看著這個嘴上還沒有長毛卻居然要和他角逐儲君之位的九弟，李泰的目光中充滿了怨恨、困惑和不安。
而面對這一兩難局面，太宗李世民也陷入了前所未有的矛盾、苦惱和焦慮之中。
平心而論，李世民一直認為晉王李治是一個好兒子，可他從來沒有想過要把他立為太子。
李治生於貞觀二年（公元628年），是李世民的第九個兒子，在嫡出的三個兒子中排行老三，貞觀十七年他才十六歲。這麼一個年齡尚幼、不諳世事的小兒子，又怎麼有資格成為大唐帝國的儲君呢？
而且，李治不適合當太子除了年紀太小的原因外，還有一個更重要的因素是——他的性情過於柔弱。
從幼年起，李治就有「寬仁孝友」之名。小時候老師給他開講《孝經》，李世民問他有何讀後感，當時年僅六七歲的李治就搖頭晃腦地說出了一番對忠孝的感悟：「夫孝，始於事親，中於事君，終於立身。君子之事上，進思盡忠，退思補過，將順其美，匡救其惡。」李世民大喜，說：「行此，足以事父兄、為臣子矣！」
李世民的這個評價固然是對李治的讚賞，可同時也恰好表明——他壓根就沒想到有朝一日李治會成為自己的政治接班人。
換言之，李治這輩子能夠老老實實地侍奉父兄，當一個循規蹈矩的臣子，就是李世民對他的最高期待了。
貞觀十年（公元636年），長孫皇后病逝，李治是三個嫡子中哭得最慘的，史稱其「哀慕感動左右，太宗屢加慰撫，由是特深寵異」（《舊唐書·高宗本紀》）。
作為李世民和長孫皇后生的三個兒子中最小的一個，李世民對李治當然是非常寵愛的。然而，此「寵」非彼「寵」。李世民對李治的「深寵」充其量只是一個父親對幼子的疼愛，而太子李承乾和魏王李泰從李世民那裡獲得的，卻是一個皇帝對儲君和後備儲君的賞識、器重和期望。
前者關乎親情，後者關乎政治。二者絕不可同日而語！
而今，要李世民放棄一貫鍾愛的魏王李泰，改立性情柔弱的晉王李治，這個決心他如何能下？
李世民決定為李泰作最後的努力。
他找了一個機會，對那些反對魏王的大臣們說：「昨天青雀（李泰的小名）撲在我懷裡說：『臣直到今日才真正成為陛下的兒子，這是臣的再生之日啊！臣有一子，等到臣死的那天，一定為陛下把他殺了，將皇位傳給晉王。』天下有哪一個人不愛惜自己的兒子啊，朕看他這種情形，實在是心生憐惜。」
李世民打了一張悲情牌。
他試圖以此為魏王李泰爭取一些同情分。
可是，這些擁護晉王的大臣根本不買他的賬。
諫議大夫禇遂良毫不客氣地說：「陛下言大失。願審思，勿誤也！安有陛下萬歲後，魏王據天下，肯殺其愛子，傳位晉王者乎？陛下日者既立承乾為太子，復寵魏王，禮秩過於承乾，以成今日之禍。前事不遠，足以為鑒。陛下今立魏王，願先措置晉王，始得安全耳。」（《資治通鑒》卷一九七）
禇遂良一針見血地點破了魏王李泰的虛偽和矯情。他提醒皇帝，不會有人在君臨天下、手握大權之後主動殺掉自己的兒子，讓位給弟弟。這種說法絕對違背人性常識，所以不可聽信。其次，禇遂良又警告皇帝，一旦魏王當上天子，李承乾和李治恐怕都會被李泰斬草除根，皇帝你想立魏王，可你有沒有考慮過會為此付出怎樣的代價？
此外，禇遂良的「措置」一詞還隱含了另外一層意思——假如非立魏王不可，那麼為了晉王的安全考慮，就有必要事先廢除晉王的爵位，將他貶為庶人，讓他從此遠離權力中心和政治漩渦，或許這樣能夠讓魏王放他一馬，最終保住晉王一命。可是，同樣都是嫡子，皇帝你怎麼能夠為了冊立那個野心勃勃的魏王，而貶黜這個年少無辜的晉王？
禇遂良的這番尖銳之詞和言外之意一下子擊中了李世民的要害。
李世民最擔心的事情就是，同胞手足為了爭奪皇權而骨肉相殘；他最忌諱的事情就是，武德九年的那