西突厥自貞觀十二年（公元638年）分裂為東、西二部後，西部的乙毗咄陸可汗和東部的咥利失可汗一直處於混戰狀態，雙方勢均力敵。貞觀十三年（公元639年）底，咥利失可汗被叛亂的部下所殺，其麾下的另一個部落擁立其侄繼位，是為沙缽羅葉護可汗。自此，咄陸的政權稱為北汗庭，沙缽羅葉護的政權稱為南汗庭。南汗庭繼承了咥利失的外交政策，仍舊與唐朝通好，「累遣使朝貢」，唐太宗李世民則「降璽書慰勉」。（《舊唐書·突厥傳》）
貞觀十五年（公元641年）七月，也就是唐朝征服高昌之後，李世民再次遣使前往南汗庭，賜以鼓纛，極力扶持這個親唐政權。然而從這一年起，北汗庭的勢力逐漸強大，「西域諸國多附之」，南汗庭的沙缽羅葉護可汗又在隨後的一場戰鬥中被殺，北汗庭的咄陸可汗遂重新統一了西突厥。
這對唐朝來說實在是一個非常不利的消息。
因為南汗庭的敗亡意味著唐朝幾年來的外交努力付諸東流，而北汗庭的崛起則意味著西域的安全開始受到嚴重威脅。
果不其然，統一後的咄陸可汗「自恃強大，遂驕倨」，不但出兵攻滅了吐火羅，而且屢屢「拘留唐使者，侵暴西域」。（《資治通鑒》卷一九六）
貞觀十六年（公元642年）九月，西突厥突然發兵入侵伊州（伊吾）。
唐朝與西突厥在西域的激烈較量自此展開。
由於西突厥剛剛一舉踏平了吐火羅，因此咄陸可汗的氣焰十分的囂張。
他認為唐朝在西域經營的時間還很短，駐紮的兵力也十分有限，所以在他看來，要擊潰唐朝在西域的勢力，重新奪回對西域的控制權，簡直是易如反掌之事。
可是，咄陸錯了。
唐朝不是吐火羅。
在西域等待他們的，將是一個異常強悍的對手。
這個人就是唐太宗親自選拔任命的安西都護——郭孝恪。
郭孝恪，許州陽翟（今河南禹州市）人，史稱其「少有志節」，隋末率數百鄉人投奔瓦崗。因其足智多謀，深受李密賞識，與李世勣一同被派駐黎陽倉，隨後與李世勣一起降唐。虎牢之戰中，郭孝恪曾向李世民獻策，力主兩線作戰，圍洛打援，被李世民採納。破竇建德、王世充後，李世民在慶功宴上當眾褒揚：「郭孝恪謀擒建德之策，出諸人之右也。」（《舊唐書·郭孝恪傳》）此後，郭孝恪歷任貝、趙、江、涇四州刺史，因能力突出，政績顯著，不久便獲得升遷，入朝擔任太府少卿，隨後又遷左驍衛將軍。
在考慮安西都護人選的時候，李世民很自然地想到了郭孝恪。因為他既在開國戰爭中立過功勛，有勇有謀，又擁有豐富的地方管理經驗，足以獨當一面，這樣的人才當然是鎮守西域的不二人選。李世民隨即任命郭孝恪為安西都護兼西州刺史。
李世民的選擇是正確的。
西突厥很快就要在郭孝恪面前嘗盡苦頭。
西突厥此次入寇的目標之所以選擇伊州，很顯然並不是為了劫掠財帛子女，而是出於一種試探虛實、炫耀兵威的目的。因為伊州遠在高昌故地之東，西突厥要攻打它，就必須橫穿整個高昌故地，即眼下的安西都護府轄境（西州），倘若僅僅是為了打劫，顯然不必如此大費周章，捨近求遠。
所以，郭孝恪馬上就判斷出——這只是一次試探性的戰略進攻，敵人出動的兵力肯定不會很多。他當即決定予以迎頭痛擊。
郭孝恪親率二千騎兵輕裝疾進，在半道上對西突厥軍發動了一場阻擊戰，輕而易舉地擊潰了這支來犯之敵，給了突厥人一個狠狠的下馬威。
第一次試探失敗，西突厥很快又組織了第二次進攻。
這次攻擊的力度明顯加大了，而且兵鋒直指安西都護府。
咄陸可汗命令屯駐在西州附近的處月、處密兩個突厥部落，出兵進攻西州境內的天山城（今新疆托克遜縣）。在它東北面不遠處就是安西都護府所在地——交河城，可見西突厥此次進攻的目的是想直搗郭孝恪的心臟，企圖一舉摧毀唐朝在西域的指揮中樞。
假如天山失守，交河必定危急。
郭孝恪意識到，與其被動防守，不如主動出擊。於是火速率部進援天山城，親自指揮城防戰。
突厥軍隊多為騎兵，本來就長於野戰，短於攻城，何況此次郭孝恪又親自坐鎮指揮，所以西突厥軍根本撈不著半點便宜，多次強攻均被擊退，付出了重大傷亡。處月、處密兩部落見取勝無望，只好收拾部眾，灰溜溜地打道回府。
他們萬萬沒有料到的是，郭孝恪居然率部出城，緊緊咬住了他們。
突厥人慌了神，趕緊拍馬狂奔。可不管他們跑多遠，郭孝恪就追多遠。這一追直接追到了處月部落的老巢。處月人逃進城中，還沒來得及喘息，唐軍就開始攻城了。而且，與他們啃不動天山城形成鮮明對比的是，唐軍沒花多少力氣就把城攻破了，處月酋長慌忙帶著族人再次落荒而逃。
相比之下，處密部落似乎幸運得多，他們眼見唐軍追著處月部落去了，心裡大呼僥倖。可他們做夢也不會想到，就在他們翻過遏索山（天山支脈），狼狽不堪地回到駐地不久，郭孝恪的唐軍居然又打過來了。
處密人徹底傻了——這唐軍到底是插了翅膀還是會分身術，怎麼能兩頭一塊打呢？
還沒等他們回過神來，唐軍的刀已經架到了他們的脖子上。
結果，處密的下場比處月更為不堪——處月只不過丟了王城，處密的部眾則大多數投降了唐軍。
偷雞不成反倒蝕了一把米。
這樣的結局真是令咄陸可汗大跌眼鏡，同時也讓他驚愕不已。
他終於意識到——這個安西都護郭孝恪實在是一個可怕的對手。
一連兩次敗北之後，咄陸可汗再也不敢與唐軍交鋒了，轉而向西攻擊康居國（今烏茲別克撒馬爾罕），途經米國（今撒馬爾罕東南朱馬巴扎爾）的時候，又順便將其攻破，擄獲了大量戰利品。
咄陸可汗打仗很有一套，可他這個人卻有一個不大不小的毛病——吝嗇。
對於普通人來說，吝嗇也許算不上什麼毛病。對於一個土老財來講，吝嗇興許還是一種優點。但是，對於一個政治領袖而言，吝嗇就是一種致命的缺陷了。
咄陸可汗獲得這些戰利品後，全部據為己有，一毫也沒有分賞給部下。將領們大為不滿，其中有一個將領企圖強行奪取，結果被咄陸可汗一刀砍了。這個殺雞儆猴的舉動頓時引起了部眾的公憤，大夥忍無可忍，索性起兵造反。咄陸被打了個措手不及，被迫逃奔白水胡城（今烏茲別克境內）。隨後，咄陸可汗的舊部阿史那屋利等人遣使入唐，請求廢黜咄陸，改立可汗。
這對唐朝實在是一個意外的喜訊。唐太宗李世民隨即下詔，冊封莫賀咄的兒子為新可汗，稱為乙毗射匱可汗。新可汗為了表達感激之情，連忙將以前被咄陸扣押的唐朝使節全部送回了長安。
唐朝在西突厥重新扶持了一個親唐政權後，西域漸漸恢複了往日的安寧。
然而，這樣的安寧終究是短暫而脆弱的。
因為從地緣政治的角度來說，夾在西突厥和唐帝國這兩個強國之間的西域，說白了就是一塊是非之地、一塊四戰之地。
除非西突厥徹底滅亡，否則它與唐朝在西域的較量就不會停止。
短短兩年後，新的戰爭就爆發了。
這次戰事發生在焉耆——就是當初因修路事件被高昌多次暴打的那個小國。
焉耆原本一直親附唐朝，可西突厥為了拉攏它，就搞了一次和親，讓重臣阿史那屈利的弟弟娶了焉耆的公主。如此一來，焉耆國王龍突騎支自然感覺西突厥更為可親、更可依賴，於是轉而投向突厥人的懷抱，對唐朝的朝貢從此就有一搭沒一搭，一回比一回少了。
安西都護郭孝恪馬上就憤怒了。
對於這種見異思遷、朝秦暮楚、到處磕頭認老大的傢伙，最好的教訓就是——扁他。
貞觀十八年（公元644年）八月，郭孝恪徵得朝廷的同意之後，率部討伐焉耆，生擒其國王龍突騎支。但是阿史那屈利不久便在焉耆重新扶植了一個親突厥的傀儡政權。
此後的幾年裡，唐朝接連對高麗和薛延陀用兵，暫時無暇顧及西域。到了貞觀二十一年（公元647年），隨著一個新契機的出現，李世民當即決定大舉出兵，徹底解決西域問題。
這個契機源於西域的另一個國家——龜茲。
龜茲位於塔里木盆地的北部、焉耆的西面，有大小城池八十餘座，算是西域諸國中實力較強的一個國家。就像其他的西域國家一樣，龜茲一直在西突厥與唐帝國之間採取騎牆策略，一方面對唐朝「歲貢不絕」，一方面又「臣於西突厥」，打算兩邊討好，兩邊都不得罪。可是在郭孝恪討伐焉耆時，龜茲卻犯了一個嚴重錯誤，不但「遣兵援助」焉耆，而且「自是職貢頗闕」。（《舊唐書·龜茲