武德九年六月七日，亦即政變的三天後，李世民被李淵冊立為皇太子。雖然李世民還沒有登基繼位，可朝野上下都很清楚，從這一天起，李淵已經成了一個有名無實的空頭皇帝，而新太子李世民才是大唐帝國真正的掌舵者。
隨著李世民成功入主東宮，原秦王府（天策府）的一批核心成員也搖身一變，於六月十二日一同被任命為東宮官吏：宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，尉遲敬德為左衛率，程知節為右衛率，虞世南為中舍人，禇亮為太子舍人，姚思廉為太子洗馬。同日，李世民將齊王府的所有財產全部賞賜給了尉遲敬德。一夜之間，尉遲敬德就成了長安城裡最富有的人之一。
與此同時，李世民不斷宣傳他的寬大政策，順利招撫了前東宮和齊王府將領薛萬徹、馮立、謝叔方；隨後又迅速起用了原太子集團中的骨幹人物魏徵、王珪和韋挺，任魏徵為東宮詹事主簿，任王珪和韋挺為諫議大夫。
面對李世民刻意表現出的這種寬大為懷、既往不咎的政治和解姿態，原來的政敵們懸著的一顆心終於放了下來。
然而，長安的政局雖然是穩定了，但是由政變引發的派系鬥爭還是不可避免地在各個地方相繼爆發，其中以益州和幽州發生的兩起血案最為引人注目。
當時的益州（今四川成都市）還是行台編製，尚書令是李世民兼任的，左僕射是竇軌。竇軌是李淵元配夫人竇氏的族侄，算是比較顯赫的外戚，在統一戰爭中又立了一些戰功，而且由於李世民的尚書令一職只是掛名，所以竇軌就被委以「便宜從事」之權，成了益州實質上的一把手。當時益州行台的兵部尚書韋雲起與弟弟慶儉、堂弟慶嗣及整個宗族都與前太子李建成私交甚篤，可韋雲起卻和他的頂頭上司竇軌素來不睦，所以當玄武門事變與李建成之死的消息傳到益州時，竇軌就動了殺心。
儘管朝廷下達了「大赦」詔書，可竇軌還是無視朝廷的赦令，決定趁此機會除掉韋雲起。他在府上埋伏了衛兵，然後以朝廷下詔追拿建成黨羽為由，將韋雲起召到了僕射府。韋雲起一到，問朝廷的詔書在哪裡，竇軌把詔書藏在袖中，厲聲說：「公，建成黨也，今不奉詔，同反明矣！」（《舊唐書·韋雲起傳》）還沒等韋雲起開口申辯，竇軌一聲令下，左右衛兵隨即衝出，當場將韋雲起砍殺。另一個也跟竇軌有仇的行台尚書郭行方聞訊，抱著腦袋沒命地逃往長安。竇軌發兵追捕，沒有追上；郭行方總算躲過一劫。
緊繼益州的韋雲起事件之後，幽州又爆發了一起性質更為嚴重的案件。
這就是廬江王李瑗謀反案。
廬江王李瑗是李淵的族侄，時任幽州大都督。由於李淵一貫不放心外姓將領，只敢把兵權交給宗室親王，所以儘管明知道李瑗為人懦弱，「非邊將才」，可還是把他放在了幽州這個重要的位置上。
當然，李淵同時還給李瑗配備了一個副手。
他就是猛將王君廓。
就跟早先把猛人李靖配給趙郡王李孝恭、把老將史萬寶配給淮陽王李道玄一樣，這是李淵馭下的慣用招式。可是，這一招是把雙刃劍。用得好，親王和副將雙贏，如功成名就的李孝恭和李靖；用得不好，不懂軍事的親王就會被沙場老手玩得很慘，比如那個年紀輕輕的淮陽王李道玄，可以說是間接死在了老將史萬寶的手上。
而眼下的李瑗呢？
他的運氣更差，不但始終被王君廓玩得團團轉，無端背了個大逆不道的謀反罪名，而且最後還死在了王君廓的刀下，用自己的皇族鮮血染紅了副將頭頂的烏紗。
李瑗固然很不幸，可他之所以走到這一步，不僅僅是因為他缺乏軍事才能，還因為他站錯了政治隊列——他是前太子李建成的死黨。
在李建成跟李世民死磕的那陣子，早就暗中把李瑗結為外援，就像李世民以洛陽的溫大雅和張亮為外援一樣。
然而，站錯了隊其實也不要緊，只要在李建成死後及時把屁股挪到李世民這邊就沒事了。因為李世民在政變之後也確實給他們這些建成死黨提供了一個「棄暗投明」的機會，只要像薛萬徹、魏徵他們那樣「迷途知返」，李世民肯定都是既往不咎的。可問題在於，這個李瑗偏偏連這點最起碼的政治頭腦也沒有。
就在李世民派出通事舍人崔敦禮前往幽州召他回朝的時候，李瑗做出了一個錯誤的判斷——他以為李世民是要拿他回去問罪的，當即嚇得面無人色，惶惶不可終日。
而這一切都被王君廓看在了眼裡。
一個踩著李瑗往上爬的計畫迅速在他腦中成形。
其實李瑗一直是待王君廓不薄的，他知道自己缺乏軍事才幹，所以一直非常倚重王君廓，將其視為心腹，並且還許諾要和他結為兒女親家。
然而，李瑗做夢也不會想到，就是這個心腹兼准親家，卻在最關鍵的時刻給他布了一個只要掉進一次就身敗名裂、家破人亡的死局。
正當李瑗面對朝廷使臣彷徨無措的時候，王君廓用一種股肱心腹特有的口吻跟李瑗說了一番體己話。他說：「京都有變，事未可知。大王一旦入朝，必定凶多吉少。如今您擁兵數萬，豈能受制於區區一個使臣，甘願自投羅網？」
王君廓說完，兩行激動的熱淚立刻奪眶而出，一副士為知己者死的悲壯表情。李瑗萬分感動，與王君廓相對而泣。許久，李瑗昂起頭顱，斬釘截鐵地說：「我今以命托公，舉事決矣！」（《資治通鑒》卷一九一）
李瑗的悲劇就此鑄成。
王君廓的嘴角掠過一絲無人察覺的獰笑。
當天李瑗就派兵逮捕了朝廷使臣崔敦禮，逼迫他交代京師的情況，可崔敦禮寧死不屈。李瑗只好把他囚禁，隨即向下轄的各州縣發布了徵兵令和集結令，同時命燕州（今河北懷來縣）刺史王詵火速前來薊城（幽州州府所在地，今北京），共商舉兵大計。李瑗麾下的兵曹參軍王利涉知道王君廓這個人靠不住，於是力勸李瑗說：「王君廓此人反覆無常，切不可委以機柄，應該趁早除掉，讓王詵取而代之。」
李瑗一聽，頓時滿腹狐疑，不知道到底該不該把身家性命託付給王君廓。
王詵到達薊城後，李瑗仍然猶豫不決。而王君廓早就在李瑗身邊安插了眼線，所以很快得知了王利涉與李瑗的談話內容。他當即決定採取行動，立刻前去拜會王詵。此時王詵正在沐浴，一聽二當家的大駕光臨，連身上的水都來不及擦，趕緊套上衣服，握著濕漉漉的頭髮出來拜見。王君廓一見王詵出來，還沒等他開口說話，猛然拔刀出鞘，一刀就砍下了王詵的腦袋。
隨後，王君廓提著王詵的首級，進入軍營對眾將士說：「李瑗和王詵一同密謀造反，囚禁朝廷敕使，擅自徵調軍隊。如今王詵已被我誅殺，只剩下一個李瑗，成不了什麼事。你們是寧可跟著他一塊被滅族，還是追隨我一起建功立業、自取富貴？」
毫無疑問，這幫原本就和王君廓一條心的將士絕對不可能站在李瑗一邊。他們異口同聲地喊道：「願從公討賊！」王君廓立即率領麾下將士一千餘人衝出軍營，翻越西城而入，首先衝進監獄釋放了敕使崔敦禮，然後殺向都督府。
等到李瑗得知兵變的消息，一切都已經來不及了。他慌慌張張地帶著左右數百名親兵披甲而出，恰好在府門口與王君廓的軍隊遭遇。王君廓向李瑗的親兵們喊話：「李瑗陰謀叛逆，你們何苦跟著他往火坑裡跳！」李瑗的左右面面相覷，隨即拋下武器，嘩然四散。
轉瞬間，偌大的都督府門前只剩下一個孤零零的幽州大都督、廬江王李瑗。陪伴他的只有滿腔的後悔、憤怒和恐懼以及那扔了一地的刀槍和長矛。
李瑗怒不可遏地指著王君廓破口大罵：「卑鄙小人出賣我，你很快就會遭報應！」
面對橫眉怒目、氣急敗壞的廬江王李瑗，王君廓一直在冷笑，一言不發。但李瑗卻彷彿聽見他在說——不是我王君廓太過陰險和卑鄙，而是你廬江王李瑗太過無能和無知。
兵變當天，李瑗被王君廓生擒，隨即縊殺，首級迅速傳送長安。
六月二十六日，朝廷的一紙詔書飛抵幽州：以王君廓為左領軍將軍兼幽州都督，並把李瑗的家人眷屬全部賞賜給王君廓，充當奴僕和婢女。
王君廓笑了。
一切如他所願。
然而，此時的王君廓絕不會料到，李瑗臨死前的那句話最終竟然會一語成讖。
一年多後他就遭了報應，而且下場幾乎與李瑗如出一轍。
王君廓成了幽州的一把手後，自以為山高皇帝遠，於是狂放驕縱，貪贓枉法。朝廷很快就有所耳聞，隨即徵召他還朝。王君廓頓時驚惶不安，李瑗曾經有過的恐懼如今也絲毫不差地降臨到了他的頭上，可他不敢違抗朝廷敕命，只好硬著頭皮上路。臨行前，他的長史李玄道（房玄齡的族甥）托他把一封書信轉交給房玄齡，王君廓立刻起了疑心。行至渭南（今陝西渭南市）時，王君廓忍不住偷偷拆看。