六月二十四日，楊文幹兵變爆發。消息傳到仁智宮，李淵勃然大怒，同時也感到極度的傷心和失望。因為楊文幹的行動等於自動承認了他與太子串通謀反的事實。聯繫此前爾朱煥等人的告發，整個事件已經真相大白，似乎沒必要再尋找什麼證據了，李淵很容易就能得出結論——所有這一切的幕後主使不是別人，正是太子李建成。
意識到這一點的時候，李淵的難過自不待言。廢立太子看來是勢在必行了，可眼下的當務之急卻是如何把叛亂消滅在萌芽狀態。次日，李淵立刻派遣左武衛將軍錢九隴，會同靈州（今寧夏靈武市）都督楊師道出兵討伐楊文幹。
二十六日，也就是楊文幹起兵的第三天，李淵召見了李世民。
李淵首先詢問他對當前形勢的看法。李世民不假思索地說：「楊文幹這個豎子，竟敢如此狂逆！兒臣以為，他很快就會被自己的部將所殺，即便不會，派遣一個普通將領也足以將他討平。」
李淵搖了搖頭，說：「不然。文幹事連建成，恐應之者眾。你應該親自出征，回來後就立你為太子。但是，我不能效法隋文帝害死自己的兒子，所以，應該給建成留條後路，封他為蜀王。蜀地狹小，蜀兵脆弱，將來建成若能服從你，你就要保全他的性命；若不服從，你要制伏他也易如反掌。」
至此，整個太子謀反事件最大的獲益者就站在我們面前了。
他就是秦王李世民。
楊文幹兵變最終促使李淵下定決心——廢黜太子，改立秦王。
那麼，李世民在這次事件中到底扮演了什麼角色？他在背後都做了些什麼？
要弄清這一點，首先必須研究一個問題：李建成有沒有可能謀反？
我們的答案是：可能性幾乎不存在。原因大致有以下三點：
第一，雖然太子與秦王的矛盾由來已久，且有愈演愈烈之勢，但是李建成的儲君地位始終是穩固的。最主要的原因是：李淵出於立嫡以長的原則和政治穩定的考慮，不可能像當年的隋文帝楊堅那樣隨意廢立太子。
事實上，當秦王勢強、太子勢弱的時候，李淵也始終站在抑制秦王、扶持太子的立場上，否則也不會在劉黑闥第一次起兵時遲遲不願起用李世民，更不會在劉黑闥二次起兵時全力支持李建成挂帥出征，建立戰功。而李建成討平劉黑闥之後，聲望顯著提升，勢力有所增強，儲君地位也隨之鞏固，根本無須擔心被李世民取而代之。武德中後期，李淵對世民「恩禮漸薄」，而建成和元吉則「轉蒙恩寵」（《舊唐書·隱太子建成傳》），只要李建成保持現狀，等到李淵百年之後，天子寶座自然就是他的。既然如此，在總體形勢對其絕對有利的情況下，作為既得利益者的李建成怎麼可能會謀反？
第二，就算李建成為了防患於未然，打算徹底消除威脅他儲君地位的危險因素，那麼他要對付的人也應該是秦王李世民，而不是高祖李淵。因為直到武德七年，李淵仍然是李建成最大的政治靠山，而且即便是在李建成多次違規操作被揭發的情況下，李淵仍舊一如既往地對他寄予信任，否則也不會在前往仁智宮避暑的時候命太子監國，留守長安。
但令人匪夷所思的是，李建成串通楊文幹謀反的目的卻是為了篡奪皇位。換句話說，他們矛頭所指正是李淵本人。試問，在明知道李世民對其太子之位虎視眈眈的情況下，李建成怎麼可能動手推翻自己的政治靠山呢？除非他有絕對的把握將李淵和李世民一舉翦除，否則以李世民的軍事才能和在軍隊中的勢力來看，李建成這麼做無異於自掘墳墓。
第三，退一步說，就算李建成真的鐵了心要將李淵和李世民一網打盡，那麼他的謀反計畫也應該是首先在長安發動政變，徹底控制李淵，一舉消滅李世民（在後來的「玄武門之變」中，李世民正是一邊控制皇帝一邊翦除對手的），掌握了中樞大權後，再命令楊文幹在外圍起兵響應，這樣才能確保萬無一失。
可事實恰好相反，李建成偏偏是等到李淵去了仁智宮後，才讓楊文幹在異地起兵，此時無論是李建成從長安發兵還是楊文幹從慶州發兵，一路上都必須經過高祖仍然有效控制的州縣，最後才能打到宜君縣的仁智宮。這不但是鞭長莫及，而且是打草驚蛇。暫且不說叛軍有沒有能力打到宜君縣，就算其佔了先機，一路暢通無阻地打到仁智宮，高祖和秦王肯定也早已揚長而去，並且極有可能調集了四方兵馬，給他們布下了一個天羅地網。所以說，這樣的謀反計畫是十分愚蠢的。李建成縱然軍功不及李世民，可他也是開創李唐的元勛之一，其政治智商斷不至於如此低下。
就算我們換一個角度，假設李建成這麼做是想趁李淵離開京師、朝廷空虛的時候奪取政權，那麼這個謀反計畫是否就變得可行了呢？
很遺憾，這樣的設想同樣不能成立。
道理很簡單，在武德七年的李唐王朝，論政治號召力，高祖李淵依然是當之無愧的一號人物，他對政權的控制仍然是有力的；而論及在軍隊中的影響力和勢力，可以說整個李唐王朝無出秦王之右者。在此情況下，李建成就算控制了朝廷、佔領了京師，他所得到的只不過是一個政權的空架子和長安一座孤城而已。
而高祖和秦王就算身在宜君縣的避暑行宮中，同樣可以在政治上和軍事上牢牢把握這個帝國，照樣可以從仁智宮發出一道道對全國州縣具有絕對權威的政令和軍令。而這一切，當了多年太子、長期在李淵身邊協理政務的李建成絕對不可能意識不到。
綜上所述，李建成謀反的可能性微乎其微，而《資治通鑒》中關於這個事件的記載也是漏洞百出，存在太多違背邏輯和自相矛盾的地方。
所以，當代的一些學者在深入研究後也紛紛提出質疑，最後作出了否定的結論。
如李樹桐在《唐史考辨》中說：「《通鑒》內，有關楊文幹反事連建成案的記載，必與事實不符。」
牛致功的《唐高祖傳》稱：「事實證明，楊文幹造反與李建成沒有關係。」
黃永年在《唐史十二講》中說：「李淵既然對李世民『恩禮漸薄』，而『建成、元吉轉蒙恩寵』，建成又何必冒險用軍事行動來奪取政權？如真有其事，何以第二年李淵還派建成前往幽州以備突厥，毫無恩寵衰薄的跡象？足見統統出於誣陷增飾，不是事實。」
事實上，就連《通鑒》的編纂者司馬光本人也不敢肯定太子謀反之事的真實性，所以才會在《通鑒考異》中引用劉餗（《史通》作者劉知幾之子）在相關著述中的話，說當時這個事件的起因是有人「妄告東宮」。
所謂「妄告東宮」，關鍵就在於這個「妄」字。也就是說，爾朱煥和橋公山對太子的指控很可能屬於誣告。那麼，此二人既然都是太子的手下，又為何會胳膊肘朝外拐呢？
很顯然，他們如果不是被人收買，就是受人脅迫。
那麼，又有誰會去收買或脅迫他們誣告太子呢？
答案只有一個——秦王府的人。
眾所周知，在武德年間，當「兩大集團正在進行激烈鬥爭的時候，與事無關者是不會陷害太子，為李世民出力賣命的」（牛致功《唐高祖傳》）。因此，我們有理由認為——不管是爾朱煥和橋公山，還是杜鳳舉和宇文穎，其背後很可能都有秦王府的力量在驅使和操控。
換言之，李世民就是幕後那隻看不見的手。
武德七年六月二十六日，當高祖對秦王鄭重作出廢立太子的承諾後，李世民一定以為自己已經在這場漫長的政治PK中勝出。那一刻，道士王遠知三年前說的那句「方作太平天子，願自惜也」的預言一定無比豪邁地迴響在他的耳邊。
然而，接下來事態的發展卻完全出乎李世民的預料。
就在他距離太子之位僅有半步之遙的時候，忽然間夢想破滅，功虧一簣，一切都打回原形——太子依然是太子，秦王照舊是秦王。
李世民竹籃打水一場空。
這到底是為什麼？
原因很簡單：李淵反悔了。
正當李世民意氣風發地率軍前去征討楊文幹時，李建成施展渾身解數，動用他的所有政治力量對皇帝施加影響，其中包括齊王李元吉、後宮的嬪妃群和當朝重臣、侍中封德彝，最後終於促使李淵回心轉意，收回了廢立太子的成命。
要說李淵是因為耳根子軟，禁不住這些人的軟磨硬泡，那就過於低估李淵的政治智慧了。就像我們前面分析的那樣，整個太子謀反事件漏洞百出，李淵不可能對此毫無察覺。尤其是當太子已經被軟禁，圍剿楊文幹的軍事行動也已展開的時候，李淵必定會冷靜下來，仔細思考整個事件的來龍去脈，這時候他自然會看出此案的眾多疑點；再加上身邊各色人等的解釋、勸說和提醒，李淵就會意識到自己廢立太子的決定做得過於草率了。整個事件中唯一能夠認定的太子過失，無非就是「私運盔甲」這一條，可要說楊文幹的起兵一定是太子的指使，那明顯是證據不足的。當然，太子私運軍用物