新的一年來了。李淵欣喜地看到，燃燒多年的烽煙彷彿正在散去，遍及天下的戰火似乎也已逐漸熄滅。
正月初，劉黑闥敗亡，河北平定。
二月，徐圓朗勢窮力蹙，棄城而逃，被流民所殺，河南平定。
三月下旬，梁師都的大將賀遂、索同率領下轄的十二州降唐。梁師都的勢力從此大為削弱，雖然仗著突厥人的支持不時犯邊，但基本上已是日薄西山，難以有何作為。
六月中旬，一直據守馬邑（今山西朔州市）的苑君璋（劉武周舊部）被其部將高滿政發動兵變驅逐，逃亡東突厥；高滿政隨後獻出馬邑歸降唐朝，被封為榮國公、任朔州總管。
到這一年初秋為止，雖然高開道還在河北進行小範圍的襲擾劫掠，各地也還有一些零零星星的小規模叛亂，但是天下趨於穩定已經是一個有目共睹的事實，四海人心在經歷多年的戰亂之後也無不渴望和平、期待統一。
這是李淵在武德六年對天下大勢的一個基本判斷。
這也是李唐朝廷上上下下的一個基本共識。
可是，在這個世界上，總有人不願做一個治世的良吏或良民，更願做一個亂世的英雄或梟雄。儘管像劉黑闥和徐圓朗這種失敗的教訓就在眼前，可還是有人願意步他們的後塵，豁出性命再玩一次心跳。
這最後一波叛亂的發動者，就是杜伏威多年的戰友和副手——輔公祏。
這一年八月初九，時任淮南道行台僕射的輔公祏據丹陽（今江蘇南京市）復叛，杜伏威原有的部眾和轄區幾乎全部跟隨輔公祏揭起反旗。
消息傳至長安，杜伏威就像被一記響雷擊中了天靈蓋，好久沒有緩過神來。
幾年來他最擔心的事情，終究還是發生了。
其實早在劉黑闥、徐圓朗和高開道等人復叛之後，杜伏威就有一種臨深履薄之感。因為同樣作為隋末唐初折騰得比較凶的反王之一，杜伏威很難讓人相信他沒有復叛的企圖。即便他現在自認為一顆忠心向著李唐，可過去的反王身份還是很容易招致人們懷疑和戒懼的目光。雖然李淵始終沒有表現出對他的猜忌，但是杜伏威很清楚天子內心的真實想法，所以他知道，必須主動做點什麼，才能消除朝野上下對他的腹誹和猜疑。
要做點什麼呢？
思前想後，最好的辦法只有一個——入朝。
武德五年七月，正當李世民在淮河一帶大舉征討徐圓朗時，其時駐守丹陽的杜伏威就向李淵上表請求入朝。對於杜伏威這種主動避嫌以示忠心的聰明做法，李淵甚感欣慰，隨即召他入朝，並任命他為太子太保，遙領行台尚書令之職，而且寵遇甚隆，連朝會的班位都排在齊王李元吉之前，隨同杜伏威入朝的義子闞稜也官拜左領軍將軍。
面對天子的信任和禮遇，杜伏威既感激又滿足。
可越是對現狀感到滿足，他就越擔心有人會破壞它。
他擔心誰？
輔公祏。
表面上，誰都以為杜伏威和輔公祏是生死之交，可事實上這種關係早已不復存在。在造反初期，他們之間或許還有點惺惺相惜、相濡以沫的味道，可隨著時間的推移和環境的變化，他們二人便漸行漸遠，從冷淡和隔膜走向了互相防備和猜疑。後來杜伏威的地位越來越高，輔公祏既羨且妒，可他城府極深，從不表露。內心越是覬覦權力，輔公祏的外表就越是裝得滿不在乎，最後甚至和老友左遊仙成天煉丹修道，以不食人間煙火之狀斂藏自己的鋒芒，淡化杜伏威的戒心。
然而，杜伏威對他的戒心始終沒有解除。
常年在刀口上討生活的人，沒那麼容易被人麻痹。
但是表面文章總是要做的，輔公祏既然表現得如此低調，杜伏威當然也沒什麼理由跟他翻臉，所以始終把輔公祏放在二把手的位置上。
如果沒有劉黑闥等人掀起的波瀾，杜、輔二人的太極推手也許會一直這麼打下去，誰也別想把誰怎麼著。可後來時勢大變，杜伏威不得不入朝，而且不得不把丹陽的行政大權交給輔公祏。臨行之前，杜伏威特意把他的義子、麾下猛將王雄誕安插在輔公祏身邊，命他掌管軍權，並鄭重叮囑說：「我到長安後，如果一切順利，千萬不能讓輔公祏生變！」
王雄誕是一名勇將，膽識和忠心都不缺乏，可唯獨缺乏心計。所以杜伏威入朝不久，輔公祏就略施小計奪取了王雄誕的兵權——他放出一條消息，說他接到杜伏威的一封密函，信中對王雄誕的忠心甚表懷疑。王雄誕立刻中計，從此心灰意冷，託病不入州衙，軍政大權隨即落入輔公祏手中。
直到輔公祏做好了一切叛變準備，派人對王雄誕發出最後通牒，逼他入伙時，王雄誕才如夢初醒，悔之莫及。他對來人說：「而今天下方平，吳王（杜伏威）又在京師，大唐兵威，所向無敵，奈何無故反叛，自求滅族？雄誕唯有一死而已，不敢自陷於不義！」隨即被輔公祏縊殺。
隨後輔公祏便迫不及待地揭起了反旗，在丹陽登基稱帝，國號為宋，設立文武百官，命左遊仙為兵部尚書，同時聯合洪州（今江西南昌市）的變民首領張善安，命他為西南道大行台。
輔公祏之叛，無疑讓杜伏威百口莫辯。
而且輔公祏又是處心積慮打著他的招牌，說是奉他的密令起兵，擺明了就是要借朝廷之刀置他於死地。
杜伏威意識到——自己的功名富貴和身家性命就這麼被輔公祏一夜之間全給毀了。
八月二十八日，李淵下詔，命各地唐軍兵分四路：趙郡王李孝恭率水軍向江州（今江西九江市）出發；嶺南道特使李靖率交州、廣州等地軍隊向宣州（今安徽宣州市）出發；懷州（今河南沁陽市）總管黃君漢自譙亳（今安徽亳州市）出兵；齊州（今山東濟南市）總管李世勣自泗水出兵，一同討伐輔公祏。
九月，輔公祏命大將馮慧亮、陳當世率水軍三萬進駐博望山（今安徽當塗縣西南），另派陳正通、徐紹宗率步騎三萬進駐青林山（今安徽當塗縣東南），兩軍互成犄角，協同攻防；此外，宋軍又在梁山（今安徽和縣南）一帶的長江兩岸拉起鐵鏈，橫斷江面，以此阻擋唐朝的水軍，並且在沿岸修築了大量堡壘，綿延達十多里，最後在長江西岸安營紮寨，嚴陣以待。
宋軍迅速在唐軍面前築起了一道銅牆鐵壁。
十月，李孝恭和李靖的水軍合兵一處，進抵舒州（今安徽潛山縣）；與此同時，李世勣率步兵一萬南渡淮河，攻佔壽陽（今安徽壽縣），並進駐硤石（今安徽壽縣北）。
十一月，宋軍將領陳當世率部南下阻擊唐軍。唐舒州總管張鎮周出兵迎戰，在猷州（今安徽涇縣）的東南面大破陳當世。
十二月，唐安撫使李大亮在洪州設計誘捕了宋西南道大行台張善安，並擊潰了他的部眾，成功斬斷了輔公祏延伸出來的一隻臂膀。
武德七年（公元624年）正月十一，李孝恭和李靖一路向長江下游挺進，先是進圍樅陽（今安徽樅陽縣），擊破駐守此地的宋軍，繼而在二月初攻克鵲頭（今安徽銅陵市北），隨即向馮慧亮駐守的博望山挺進。
正當李孝恭和李靖勢如破竹、直搗宋軍腹地的同時，杜伏威忽然在長安暴斃。
杜伏威之死非常蹊蹺，各種史書的記載都很簡略。《資治通鑒》只寫了一個字：「薨」；而《舊唐書》只說了兩個字：「暴卒」；只有《新唐書》給出了死因：「伏威好神仙長年術，餌雲母被毒」。雲母是道家的一種丹藥，可見杜伏威是服食丹藥中毒而死。但問題是，這丹藥究竟是杜伏威自己過量服用而死，還是因某種外在力量的逼迫服食而死？換言之，杜伏威到底是自殺還是他殺？
關於這個問題，史書沒有給出答案。可我們根據此後發生的一系列事件來推斷，答案很可能是後者。首先，一個多月後李孝恭平定了輔公祏，抄出了杜伏威與輔公祏之間的所謂「反書」上報朝廷，聲稱杜伏威是輔公祏叛亂的幕後主使，而李淵竟然二話不說，當即下詔追奪杜伏威的官爵，並將其妻兒全部籍沒為奴。聯想到此前杜伏威所受的尊寵和禮遇以及他的太子太保和吳王的身份，即便有所謂的「反狀」，也應該通過有關部門進行周密的調查審理，找到確鑿無疑的證據後才能定罪，而李唐朝廷為何不經過任何正常程序，僅憑別有用心的輔公祏所炮製的所謂「反書」，就迫不及待地將杜伏威「斬草除根」呢？這不得不讓人懷疑李淵的真實用心。
其次，隨同杜伏威入朝的義子闞稜此後的際遇則更為不堪。唐軍大舉征討輔公祏時，闞稜也參與了平叛戰役，並且在戰場上發揮了不小的作用。《新唐書·闞稜傳》記載：「公祏反，稜功多。」大軍攻克丹陽後，李孝恭不但沒有論功行賞，反而不分青紅皂白地抄沒了杜伏威、王雄誕和闞稜在丹陽的所有家產。理由是輔公祏被捕後供認闞稜與他串通謀反。很明顯，輔公祏的供詞純粹屬於誣告，因為闞稜和王雄誕都是杜伏威的心腹，而闞稜又親自參與征討他的戰鬥，輔公祏死前當然要拉闞稜墊背