明朝滅亡之後，弘光小朝廷終於發現了黃冊的用處：他們把這些檔案用做了造甲和火藥的原料。
這一發現並沒有挽救南明政權。清軍大舉南下，輕而易舉地攻佔了南京。他們帶著濃厚的好奇心，參觀了這個充滿傳說的黃冊庫。他們驚訝地發現，儘管明朝在崇禎十七年就滅亡了，但黃冊庫中最後記載的，居然是崇禎二十四年的戶口人丁數字。原來這是崇禎十五年最後一次編造的黃冊中，各地官員為了省事預造出來的。這成了人們嘆息明朝的一個最好例證。
曾經是人類歷史上最大檔案館的黃冊庫至此灰飛煙滅，以致後世學者要研究這一著名制度時，幾乎找不到一本存世的黃冊。而2010年初我慕名去玄武湖參觀「黃冊庫舊址」時，發現那裡只有一棟現代的粗糙的鋼筋混凝土仿古小樓，裡面陳列了幾張質量很差的史料圖片而已。