朱元璋是個工作狂，很少娛樂和休息。
經過二十多年的「剪伐斫削、藻繪粉飾」，大明天下這座大廈的外表終於接近了朱元璋的藍圖：天下太平，四方安定，民生恢複，基業穩固。最主要敵人蒙古已經被壓制在了一隅，天下有實力挑戰皇權的豪強勢族已被消滅，經濟迅速恢複，社會日漸穩定。
洪武二十六年（公元1393年），戶部呈上最新統計數字，全國的耕地面積達到八百五十萬餘頃，比史籍所載的北宋耕地的最高數字（宋真宗天禧五年，五百二十四萬餘頃），增加了三百二十六萬頃。全國的人口六千零五十四萬，超過了《元史》所載元代最高的人口數字（元世祖至元二十八年，五千九百八十四萬）。全國的田賦收入僅米麥一項即多達三千二百七十八萬餘石，比元朝歲入一千一百一十一萬餘石增加了近兩倍。
這些統計數字的代價是朱元璋那顆超級大腦長年的超負荷運轉，不間斷的緊張工作持續消耗著朱元璋的健康，而晚年兩次親人去世，又使朱元璋的精神遭遇重大打擊：洪武十五年，五十一歲的馬皇后病死，朱元璋十分悲痛。更大的打擊是洪武二十五年朱標的去世。六十五歲的老皇帝如同天塌一角，精神幾近崩潰。史載朱標去世後第三天，朱元璋「御東角門，召廷臣諭之曰：『朕老矣！太子不幸，遂至於此，命也！』因之大哭不止」。
第二年朱元璋大病一場，雖然從死亡線上被搶救回來，卻從此「病纏在身」，身體大不如前。洪武三十一年五月初八，七十一歲的朱元璋再度病倒。一生好強的他開始還勉強撐著病體，「日臨朝決事，不倦如平日」，以為能熬過去，不想百般治療，病情始終未見好轉。遷沿月余，閏五月初十日，在西宮卧榻上停止了呼吸。駕崩之日，發布了早已準備好的遺詔：
朕受皇天之命，膺大任於世，定禍亂而偃兵，妥生民於市野。謹撫馭以膺天命，今三十有一年，憂危積心，日勤不怠，專志有益於民。
奈何起自寒微，無古人之博智，好善惡惡，不及多矣。今年七十有一，筋力衰微。朝夕危懼，慮恐不終。今得萬物自然之理，其奚哀念之有皇太孫允，仁明孝友，天下歸心，宜登大位，以勤民政。中外文武臣僚，同心輔佐，以福吾民。葬祭之儀，一如漢文勿異。布告天下，使知朕意。孝陵山川，因其故，毋所改。
朱元璋死後的第七天，皇太孫朱允炆即位，葬朱元璋於孝陵，上謚號曰「高皇帝」，廟號「太祖」。永樂元年（公元1403年），明成祖朱棣又上謚號曰「聖神文武欽明啟運俊德成功統天下大孝高皇帝」。嘉靖十七年（公元1538年），明世宗改謚為「開天行道肇紀立極大聖至神仁文義武俊德成功高皇帝」。