專制制度的自私性使君權表現出強烈的排他性，這就決定了君臣關係、尤其是開國君臣關係的脆弱性。皇帝與功臣的關係，經常在昨與今、情與理、勢與義中糾結衝突，醞釀出一個又一個危機。
決定歷代開國功臣命運的一個重要因素，是開國皇帝的年齡。學者鄭宏衛在《開國功臣歸宿論》中說，皇帝登基時年齡越老，對身後事就越擔心，因此就越容易對功臣們動起殺機。比如劉邦，登基時已經五十五歲，因此他開了兔死狗烹的先例，開國時所封的七個異姓王，後來大部分或誅或伐，非死即亡，「至孝惠時，唯獨長沙全」。
相反，那些青壯年的登基者，則對控制功臣更有自信心。比如李世民登基時沒到三十歲，劉秀不過三十一歲，而趙匡胤也不過三十四歲。因此唐太宗李世民使用功臣勛舊，並無避諱。貞觀年間，事無巨細，勛臣皆得過問。唐初開國功臣，絕大多數都大權重位，各展所長，圓滿地實現了自己的人生。光武帝劉秀則取消功臣實權，保全他們的厚祿。光武之世，列侯只有「高密、固始、膠東三侯」參與國事，其他人都遠離權力，但光武帝對他們禮貌周到，「遠方貢珍甘，必先遍賜諸侯，而太官無餘」，且「每能回容，宥其小失」。至於宋太祖的「杯酒釋兵權」，更人我兩便，被認為人情與形勢兩全，歷代稱為高明之舉。
朱元璋開國之時，已經年過四十，不過仍算年富力強，所以他才高調宣布要保全功臣。然而隨著年齡增長和健康狀態的惡化，朱元璋與功臣們共富貴的信心越來越低。
長期緊張的戰鬥生活和繁忙勞累的國事，使朱元璋的健康受到了損害。
洪武初年，便「患心不寧」，害了心跳過速的病症，有時發高熱，「每心火炎上，喜怒不常」。而對太子朱標能力的擔心，使他在身病之外又患上了嚴重的心病。
雖然早就知道長子朱標性格柔弱，但是農民出身的朱元璋宗法情緒特重，對立嫡立長原則毫不動搖。早在稱吳王后，他便立朱標為世子，即帝位後又馬上立為太子。
為了把這個資質平庸的長子培養成合格的接班人，朱元璋費盡了心血。
洪武元年十一月，他下令在宮中建大本堂，搜集古今圖籍充實其中，徵聘四方名儒教授太子。朱元璋經常親自布置太子的課程並親自檢查。洪武五年十二月，太子剛滿十八歲，朱元璋即命「今後百司所奏之事，皆啟皇太子知之」。洪武十年起又令天下大小事務，都要先由太子拿出處理意見，再報皇帝：「自今大小政事皆啟太子處分，然後奏聞。」
然而，朱元璋的心血，並沒有太多收穫。所謂江山易改，本性難移，隨著時間的發展，朱標的仁柔懦弱不但沒有什麼改進，相反在朱元璋的嚴格而急切的要求下，變成了木訥膽怯，做事越來越畏手畏腳，沒有主意，處理事情顛三倒四，經常惹得朱元璋發火。越到老年，朱元璋越相信，這個孩子不可能成為一個雄才大略的帝王。他開始懷疑在自己身後，朱標能否駕馭這些老資格的虎狼之臣。
對老友們的友愛之情，在冷酷的權衡下，日漸消淡。朱元璋對功臣們心態的變化，從史料中的一個細節表露無遺。
洪武初年，每有功臣去世，朱元璋經常感傷不已，對他們的後事安排十分重視。比如：
鄂國公常遇春卒，靈車之至，朕親臨奠……痛哭而還。
大都督府同知康茂才卒於陝州……柩至龍江，上親為文祭之。
衛國公鄧愈卒……卜聞上哭之慟，召輟朝三日。
洪武十二年起，朱元璋為自己修建的陵園初步落成，再有功臣去世，朱元璋一般都會命他們葬到陵園邊上，死後與自己萬年相依。
比如洪武十二年「濟寧侯顧時卒……敕葬鐘山之陰」。洪武十三年，「廣西都指揮使王真卒，敕歸葬於鐘山之陰」。洪武十四年，「江陰侯吳良卒……遣使迎喪還京，賜葬鐘山之陰」。洪武十二年到洪武二十一年中，大部分功臣死後都獲賜葬於鐘山之陰，逐漸形成功臣陵墓拱衛孝陵之勢。但是從考古發現和文獻記載來看，洪武二十一年之後，不再有功臣被賜葬鐘山之陰，甚至洪武二十五年（公元1392年）朱元璋的養子黔國公沐英卒，千里迢迢從雲南歸葬南京，也沒能葬入鐘山，而是葬在江寧的觀音山一帶。
這一細節顯示此時的朱元璋心中，對老友故舊的友愛和信任已經消失殆盡。將軍們日常表現中的小小不謹不敬，在朱元璋的特殊心態中都被放大成了叛逆的苗頭。胡惟庸案更讓他對這些無論怎麼教育提醒都改不了粗野本性的將軍們大為擔心。他對開國元勛們的一切都越來越看不順眼：「此等愚夫，不學無術，勇而無禮，或閑中侍坐，或飲宴之間，將以朕為無知，巧言肆侮，凡所動作，悉無臣禮。」甚至對他們的亡魂也生了提防和厭惡之心。
一個大屠殺計畫，在朱元璋心中慢慢形成。他決定在自己生前，親手將他稍有不放心的將軍全部除掉，以便留給朱標一個萬世無虞的鐵打江山。
不過，雖然殺心已起，朱元璋還是儘力隱忍。他是一個極為耐心的獵手，不到時機完全成熟，他不會動手。