從洪武十八年到洪武二十八年，皇帝與百姓密切配合，嚴厲打擊貪污腐化。那個時候，幾乎無日不殺人。有些衙門，因為官吏被殺太多，沒有人辦公，朱元璋不得不實行「戴死罪、徒流辦事」，「戴斬、絞、徒、流刑在職」的辦法，叫判刑後的犯罪官吏，帶著鐐銬回到公堂辦公。
他不僅動用刑獄，嚴加懲處，而且還法外加刑。罪行嚴重的，處以墨面文身、挑筋、挑膝蓋、剁指、斷手、刖（yuè）足、刷洗、稱竿、抽腸、閹割為奴、斬趾枷令、常號枷令、梟首、凌遲、全家抄沒發配遠方為奴、族誅等各種非刑。
在洪武時代做官，真的是一件極為危險的勾當。據說，皇帝每天上朝，如果把玉帶高高地貼在胸前，這一天殺的人就少一些；如果把玉帶低低地按在肚皮下面，這一天准得大殺一批，官員就嚇得面如土色。在這種恐怖氣氛中，不論大官小官，個個膽戰心驚，不知什麼時候就有大禍臨頭。傳說當時的京官，每天清早入朝，必與妻子訣別，到晚上平安回家便舉家慶賀，慶幸又活過了一天。
原來是天底下最熱愛做官的讀書人們此時也視仕途為畏途。他們「以溷（hǔn）跡無聞為福，以受玷不錄為幸」，「多不樂仕進」。有的家裡有好學之子，怕被郡縣所知，弄去當官，反而叫他們休學種地。有的為了避免被強征出仕，至自殘肢體。
不少人在時過境遷之後，回想起洪武朝的情景，還心有餘悸。如當時監察部副部長左僉都御史嚴德珉，在洪武朝因病要求辭職，朱元璋懷疑他是裝病，將他黥面發配到廣西南丹。後來遇赦放還，活到宣德朝，回憶起當年的經歷，說先時國法甚嚴，做官的常保不住腦袋，這頂破帽不好戴啊！說完還北面拱手，連稱：「聖恩！聖恩！」
能得到「聖恩」的人太少了。連不少受過朱元璋多次表彰的清官，也因為牽連到「空印案」之類毫無必要製造的大冤案中送了命。濟寧知府方克勤是有名的清官，一件布袍穿了十年也沒有換新的，因為牽連到了「空印案」里，被朱毫不留情地殺死。戶部尚書滕德懋（mào）被人舉報為貪污，朱元璋迅即把他處死，之後剖開滕的肚子，想看看這個貪官肚子里都有些什麼。孰料剖開之後，發現裡面全都是粗糧草菜，只好悻悻地長嘆一聲：「原來是個大清官啊！」
朱元璋清楚地知道自己殺的人里有許多無辜之人，然而他的原則是寧可錯殺一千，不可放過一個。他要的是一個純而又純的與貪污絕緣的官僚隊伍，要的是不惜任何代價實現這樣一個在別的王朝沒能實現的人間奇蹟，而不是什麼公平正義。如果能達到這個目標，多少人冤死，在朱元璋是無所謂的。