底層社會的成長經歷，使朱元璋終生對官僚階層保持著底層視角。
在傳統中國，龐大的官僚體系就是一叢吸血的龐大根須，每一滴膏血都最終源自社會最底層。因此，從社會底層向上望去，視野中所見的景象自然是一張張貪婪的面孔，是「無官不貪」，「無官不可殺」。中國的農民起義，與其說是農民階級與地主階級的鬥爭，不如說是農民階級對官僚階層的反抗。逼得百姓揭竿而起的，不是地主黑手裡懸的霸主鞭，而是各級官吏們催糧催款敲詐勒索時的兇殘嘴臉。中國老百姓說得簡單而明白：「官逼民反」。在農民起義中有一個意味深長的現象，那就是每一次起義中被屠戮最慘的都是官僚階層而不是地主階級。
由於統治技術的粗疏，元代官吏貪污腐化較多數朝代更甚。元代官場，處處離不開錢。「下屬拜見要給『拜見錢』，逢年過節要給『追節錢』，過生日要給『生日錢』，管個事要給『常例錢』，往來迎送要給『人情錢』，發個傳票、拘票要給『齎（jī）發錢』，打官司要給『公事錢』，甚至無事也白要錢，叫『撒花錢』。」上級官員到下級地方來檢查公務，竟公開帶著管錢的庫子，檢鈔秤銀，爭多論少，簡直在做買賣。底層百姓平時見不到官員，偶爾地方官下鄉，卻都是來搜刮。所以，朱元璋一見到衙門的官吏，就恨得咬牙切齒。後來，他曾回憶說：「昔在民間時，見州縣官吏多不恤民，往往貪財好色，飲酒廢事，凡民疾苦，視之漠然，心實怒之。」
一方面懷抱對官僚體系根深蒂固的反感與懷疑，另一方面他又不得不依靠這個體系，這一矛盾反映在朱元璋給官員們的待遇上。在中國曆朝歷代中，朱元璋對官員們是最苛刻的，一方面，他對自己的親戚家人待之唯恐不厚，宗室貴族的俸祿異常豐厚。皇子封為親王后年俸有一萬石，是最高官員的近七倍，還不包括其他各種賞賜。另一方面，朱元璋又把官吏的俸祿定得出奇的低，對普通官員以「薄俸」為主流，史家因有「明官俸最薄」之說。
顧炎武說：「唐代上州司馬是五品官，每年收入數百石，還有月俸六七萬錢，收入足以庇身給家。而明代官員的收入，不過是唐代的十分之二到十分之三。」官僚們「月不過米二石、不足食數人」。按照慣例，官員的部分幕僚、隨從的報酬和部分辦公費是要在年俸中開支的，所以官員們依靠正常的俸祿無法過上舒適的生活，低級官員更連養家活口都有困難。「不足以資生」、「困於饑寒」的抱怨不絕於口。
不僅如此，朱元璋甚至捨不得給退休官員開工資，閻步克《品位與職位》說：「國初的致仕者居然沒有俸祿，賜半俸終身就算是優禮了。」
除了低薪制，朱元璋還取消了官員的許多其他特權。唐宋兩代，官員的子弟會得到「蔭封」，可以直接做官，而朱元璋則取消了這一做法，大官之子雖有「蔭敘」；但所敘的只是「祿」而非「官」，想做官仍要參加考試。
明代以前，官場上一直實行「以官抵罪」，即官員犯罪，以降職或奪官做為一種抵罪措施。然而，這一特權也被朱元璋毫不留情地剝奪了。官員犯罪，與百姓同樣，該坐牢坐牢，該流放流放，一點也不予寬容。
很明顯，在分配帝國利益蛋糕時，朱元璋把官僚體系排除在外了。朱元璋的做法顯然是「既要馬兒跑，又要馬兒不吃草」。他希望這些孔孟之徒能「見義忘利」，吃著孔孟的精神食糧忘我地為他工作。其實，從一個農民的角度思考，朱元璋認為他給官員的並不算太少，因為比起農民來，他們的生活還是優越的。更何況，精細的朱元璋認為，做官對中國人來說除了直接物質收穫外，還會有成就感等心理上的報償。
朱元璋這樣教育廣大官員：如果你們清廉為官，雖然收入不是特別豐富，但「守俸如井泉，井雖不滿，日汲不竭淵泉」，畢竟可以無憂無慮地生存下去。另外還能「顯爾祖宗，榮爾妻子，貴爾本身」，「立名於天地間，千萬年不朽」。所以，他覺得他對官員們還算是夠意思。