玄燁是順治皇帝的第三個兒子，生於順治十一年（公元1654年）三月十八日。他的生母為佟氏。佟氏的祖父佟養真跟隨清太祖努爾哈赤興兵抗明，是清朝的開國功臣。她的父親佟圖賴是漢軍正藍旗人，也屢建戰功。佟氏家族也因此成為八旗漢軍中顯赫一時的名門大族。順治皇帝為了緩和民族矛盾，改變在蒙古貴族中選妃的習俗，開始在漢軍中選妃後，佟氏被選入清宮。但佟氏不受順治寵愛，因此，玄燁也遭順治帝的冷落。
值得慶幸的是，玄燁的祖母孝庄皇太后對玄燁母子格外鍾愛。她派自己的侍女蘇麻喇姑協助保姆照看玄燁，教他讀書寫字。她還經常親自對玄燁加以教誨。祖母的教誨猶如春風化雨滴入幼年玄燁的心田，這不僅在一定程度上補償了他所渴望的父愛，更重要的是培育了他日後作為帝王不可缺少的品質。
儘管孝庄皇太后一直在用未來君主的標準培養玄燁，但順治卻一心一意愛董鄂妃，希望立她所生的皇子做太子。但誰曾想，董鄂妃生下的皇四子福薄命淺，才3個月便夭亡了。從此，玄燁的處境才有了好轉。玄燁6歲時，同哥哥福全、弟弟常寧一同進宮拜見順治。向父皇請安完畢，順治便問兒子們有何志向。常寧年僅3歲，不會回答。福全為庶妃所生，年紀長但地位低，他答道：「願意做一個賢王。」而玄燁則高聲回答：效法皇父，勤勉儘力。順治知道這是太后的授意，開始有了由玄燁繼承皇位的想法。兩年後，年輕的順治皇帝一病不起，在孝庄皇太后的堅持下，順治立下了以玄燁為皇太子的遺詔。
順治十八年（公元1661年）正月初九，玄燁在孝庄皇太后的親自主持下，登上皇位，改次年為康熙元年。孝庄皇太后由此又擔負起輔佐第二代幼主——康熙的重任。康熙即位第5天，她便向王室宗親、文武大臣發出諭旨：要報答我的兒子順治皇帝的恩情，就要偕四大臣盡心協力共輔幼主，這樣才能名垂青史。太后的威嚴與對皇孫的深情溢於言表。四大臣輔政，也是孝庄皇太后同順治反覆考慮後採取的新體制。按清代舊制，由宗室諸王輔佐幼主處理政務。但太后對順治初年睿親王多爾袞攝政後獨斷擅權的往事記憶猶新，所以一改舊制，讓元老重臣佐理政務，而把決策權抓在自己手中。除此之外，太后把更多的精力放在指導康熙學習執政上。她諄諄教導康熙，不辜負百姓的期望，寬裕慈仁，慎言謹行，繼承祖先基業。
康熙即位時，還不滿8歲。他儘管在祖母悉心培育下大器早成，但擔負管理國家的重任還為時過早。好在順治在遺詔中已作安排，委託索尼、蘇克薩哈、遏必隆和鰲拜輔政。四大臣在順治帝的靈位前曾立下誓言：要竭盡忠誠，不謀私利，不結黨羽，不受賄賂，忠心仰報皇恩，全力輔佐君主。四大臣中的索尼、鰲拜和遏必隆都是兩黃旗人，是跟隨清太宗南征北戰的元老勛臣，後來又擁立年幼的順治皇帝即位。多爾袞擅權時，由於他們忠於順治，被視為眼中釘，先後被革職、削爵並籍沒家產。直到順治親政，他們才復了職，並且進一步受到重用。四大臣中的蘇克薩哈雖是多爾袞屬下的近侍，但他在多爾袞去世後，檢舉多爾袞殯葬服色違背祖制並企圖謀反的罪行，深得順治帝和太后的信賴。長期以來，他們對順治和太后忠心耿耿，所以能以異姓臣子的身份位居宗室諸王貝勒之上，擔起輔佐幼帝康熙的大任。
輔政之初，四大臣遇事協商，凡欲奏事，一同進謁皇帝或太后，待太后決策後，再由他們以皇帝或太后的名義發布諭旨。輔政大臣雖無決策權，但他們可以入直、票擬並代幼帝御批，後來鰲拜專權亂政就鑽了這個空子。
鰲拜是鑲黃旗人，是清朝開國元勛費英東的侄子。顯赫的門第和卓著的戰功使他青雲直上，位至公爵。鰲拜野心勃勃，善於玩弄權術，驕橫跋扈，人多憚之。身為四朝元老的索尼儘管德高望重，這時已年老體弱，力不從心了。遏必隆為人怯懦，沒有主見，又加上與鰲拜同屬一旗，利害相關，所以總是隨聲附和。蘇克哈薩雖然在四大臣中僅居索尼之次，但他資望淺，又與索尼素有嫌隙，與姻親鰲拜也時常反目，常常在輔臣中處於孤立無援的境地。這樣，協商輔政的局面不久便被打破了，大權逐漸落到了一心獨攬朝政的鰲拜手中。他任人唯親，廣置黨羽，不斷擴大自己的勢力。大學士班布爾善、吏部尚書噶褚哈、工部尚書濟世都是他安插在要害位置的親信。遇到政事，他們常常私定對策，然後才上奏皇帝，甚至攔截奏章，阻塞康熙同臣下的直接聯繫，以便把持朝政，架空幼帝。
康熙六年（公元1666年），鰲拜為對自己的正白旗有利，執意調圈已耕作了幾十年的旗地，引起土地荒蕪和民怨沸騰。戶部尚書蘇納海、總督朱昌祚、巡撫王登聯名上書反對，鰲拜大怒，硬逼康熙同意處死3人，未能得逞後，竟矯旨將3人絞死。
索尼看到了鰲拜如此跋扈，深感愧對先帝的重託而又無能為力。因此在康熙14歲時就多次上書要求康熙親政，以削奪鰲拜的權力。
康熙得到祖母太皇太后的允許，按照祖制遂於康熙六年七月初七舉行親政大典。康熙親政前，索尼已去世，鰲拜的野心進一步膨脹，想越過蘇克薩哈和遏必隆，佔據索尼的位置，進而成為宰相，更加大權獨攬。於是，他拉攏蘇克薩哈推薦他，遭到拒絕。舊恨新仇使鰲拜立意除掉蘇克薩哈。蘇克薩哈自知鬥不過鰲拜一夥，為了免除殺身之禍，欲急流勇退，故上書請求去守侯先帝陵寢。康熙不理解蘇克薩哈的行動，一面派人去詢問原因，一面請議政王大臣會議議處。鰲拜怕蘇克薩哈的要求一旦獲准，自己也要效仿他交出輔政大權。便給蘇克薩哈羅織了心有怨恨等24條罪狀，必欲處以極刑。議政王大臣會議在鰲拜的操縱下，奏請將蘇克薩哈凌遲處死。收到奏章，康熙十分震驚。他認為蘇克薩哈是前朝重臣，又勤勤懇懇輔佐七載，理應酬報，又何罪之有？他當即召見議政王傑書和鰲拜、遏必隆等人，指出復奏有誤。鰲拜先發制人，強詞奪理地說：「我同蘇克薩哈本來沒有什麼怨仇，只是他欺君罔上，才秉公而斷，要對他重重治罪。不然，再有人學他的樣子就不好辦了。」康熙說：「欺君罔上的人眼下不是沒有，蘇克薩哈還是守規矩的。」康熙不允鰲拜所請，鰲拜惱羞成怒，瞋目揮臂，連日在金殿上強奏，他的黨羽們也亦步亦趨，為虎作倀，終於威逼年少的康熙下了絞死蘇克薩哈的命令。面對鰲拜的步步進逼，康熙已經忍無可忍了。但康熙深知鰲拜黨羽眾多，勢力很大，加上他是武將出身，有一身好武藝，不是輕易能制服的，如果稍有不慎就會禍及自身，因此，他在暗中加緊了除掉這個權奸的籌劃。由於現有的侍衛大多受鰲拜控制，不甚可靠，康熙第一步先從各王府中挑選了上百名親王子弟做他的侍衛，組成善撲營，整天讓他們摔跤弄拳，不出一年，便個個練得武藝高強。鰲拜聽說此事，以為皇帝年少貪玩，並未放在心上。第二步封鰲拜為一等公，鰲拜更覺得平安無事了。第三步任命索額圖為一等侍衛。索額圖是索尼的兒子、康熙的叔丈人，他同康熙以下棋為名，制定了擒拿鰲拜的整體方案。為了保證行動萬無一失，康熙事前把鰲拜的黨羽先後差遣出京辦事，他又召集善撲營成員進行動員。康熙問大家：「你們懼怕皇上還是鰲拜？」侍衛們齊聲答道：「獨畏皇上！」這一天，康熙召鰲拜單獨進宮議事，鰲拜像往常一樣大搖大擺地走進宮內，只見康熙端坐中間，兩旁是威風凜凜的少年侍衛。鰲拜見勢不妙，還想故伎重演，大發淫威，不料康熙一聲令下，少年侍衛們一擁而上，七手八腳便拿下了鰲拜。這個橫行數年、權傾朝野的權奸頓時成了階下囚。康親王傑書奉康熙的命令審訊了鰲拜。不久，便公布了鰲拜結黨專政的30條罪狀。最後念其當年搭救清太宗皇太極有功，赦免了他的死罪，讓他在監禁中度完了餘生。康熙還依據罪行輕重懲處了鰲拜的黨羽，罪大惡極的濟世等人被處死，其餘的被革職降級。與此同時，受鰲拜誣陷的蘇納海等人得到了昭雪。蘇克薩哈的後人承襲了他的爵位和世職。康熙對各級官員進行了大規模調換，並下達了《聖諭十六條》，意在刷新朝政，徹底清除鰲拜的惡劣影響。
年僅16歲的康熙在戰勝鰲拜集團的鬥爭中，顯示出驚人的魄力和才智。從此，他便將朝政大權牢牢掌握在自己手中，開始充分施展自己的政治才能。
康熙親政後，經過一番考慮，將當務之急的治國大事列出，然後親自書寫了「三藩、河務、漕運」的條幅懸掛在宮中柱子上，以隨時提醒自己。由此可見解決三藩是康熙朝夕不忘的首要大事。三藩，是指明朝降將吳三桂、尚可喜、耿仲明三個藩王，他們分別盤踞在雲南、廣東、福建三個省區。三藩王在明末清初先後降清，為清兵入關立下了汗馬功勞。吳三桂被封為平西王，尚可喜和耿仲明也分別被授予平南王和靖南王的封號。
尚可喜因為年老多病，已把藩事交給兒子尚之信主持。尚之信殘忍狂暴，酗酒嗜殺，連老子也不放在眼裡。他曾經割下行人的肉喂狗，甚至無故刺死尚可喜派來送信的官監取樂。