明天啟七年（1627）八月二十二日下午，大明帝國的第十五位君主，年僅23歲的朱由校卧病兩個月後死去了。不久人們看到，一隊儀仗由司禮監秉筆太監塗文輔帶領出了宮門直奔信王府。不多時，便擁簇著一個17歲的青年，在一片暮色中踏進紫禁城登上皇位，他就是思宗朱由檢。
思宗對天命的降臨是有些思想準備的。他的父親雖然生了5個兒子，但長大成人的只有由校和他兩個。由校嬪妃成群，卻無子嗣。這樣，皇位的惟一繼承人就是他了。
思宗朱由檢從他哥哥手中接下的是一個爛攤子，一個只保留著強大軀殼的腐朽政權。滿目瘡痍、百廢待興，可以說是當時情況的真實寫照。千頭萬緒，從何做起？思宗心裡早已有打算，第一個應當解決的是天怒人怨的「客魏集團」。
思宗要清除魏忠賢也沒有那麼容易。朝廷中都是魏忠賢的人，他沒有一個幫手，操之過急只能逼魏忠賢孤注一擲、狗急跳牆。力量的對比是不利於思宗的，他要謹慎地、耐心地等待時機。
他首先將全部精力都投入到治理國政中去。這時的明王朝像一個垂死的老人四肢麻痹、行動不便、指揮失靈。國家的財政經過魏忠賢時期的破壞已瀕臨絕境。每年固定的財政收入不能如數收繳國庫，各地都有拖欠，而國家用項卻越來越多。一是軍費開支，當時已較30年前增加3倍多，如果滿足軍方需要，就要用掉年收入的97％。二是皇室費用、百官俸祿都成倍增加。由此造成年年入不敷出，寅吃卯糧。天啟以來，全國災荒不斷，大量人口逃亡，轉死溝壑，土地荒蕪、社會動蕩，這已在許多有識之士中間引起了深深的恐慌。尤其是陝西，連年大旱、赤地千里，已經傳來了人吃人的消息。陝西已經成了一個火藥桶，隨時都可能爆發。在東北，建州女真自萬曆末年起兵發難，建立了後金政權，目前已經羽翼豐滿，不斷侵掠明邊。明朝將大量兵力財力消耗在了遼東，而遼東局勢根本沒有緩和。這些問題使思宗心亂如麻。為了儘快使帝國起死回生，登基後，他只得夜以繼日地工作。
自天啟七年八月始，一道詔諭傳遍天下。思宗罷除了為皇室服務的織造、燒造、採辦等一切不急之役，與民休息。停止了皇宮的一切土木營造，削減自己和后妃們的吃用開支。撤回了天下鎮守太監，嚴禁宦官干政。嚴禁官僚結交太監。向邊鎮發去銀兩，安定軍心，戒諭官僚結黨，建立完備的監察制度。明令提高政府的工作效率。下詔免除了許多受災地方的賦稅。這一道道詔令又重新在帝國臣民心中喚起了希望。
思宗把解決「遼事」，即後金問題作為繼位後要辦的大事之一，這一方面有恢複故土，重振帝國之威的意義，另一方面可以儘快結束戰爭狀態，節約大量軍費，解決國家財政困難。自上台後，他就積極地物色能擔負這一重任的重臣。朝廷許多大員推薦了前任遼東巡撫袁崇煥。對袁崇煥，思宗是有所耳聞的。袁崇煥天啟年間久鎮遼東，熟知敵我情勢、山川險易，胸有韜略，屢建大功，由下吏而漸升至巡撫。天啟七年的寧錦之役，他固守寧遠，挫敗了努爾哈赤的凶鋒，從崩潰的邊緣挽回了整個遼東戰局。但他在舉國如狂為魏忠賢建生祠的熱潮中不隨流俗，被太監告到魏忠賢那裡，魏忠賢很不高興。為了國家，為了遼東，袁崇煥最後還是屈服了，但他留給魏忠賢的印象卻改變不了。寧錦大捷使朝中高官顯宦、太監閹黨都得一一加官晉級，封爵加蔭，而袁崇煥僅僅是加了一級。在這種情況下，袁崇煥只得請求解甲歸田，回到廣東老家。東林黨許多人因袁崇煥有頌美魏忠賢的活動而將他看作閹黨。思宗權衡了一番，決心不顧東林黨人的反對，起用袁崇煥。任命他為兵部尚書兼右副都御史督師薊遼兼督登萊天津軍務，實際上將整個對金防務交給了他。崇禎元年（公元1628年）七月，袁崇煥從廣東趕回北京。十四日，思宗在建極殿東面的高台上（俗稱平台）召見了他。
思宗看著這個黑瘦精幹的中年人，對他忠心為國，長途趕來表示讚賞。袁崇煥非常激動，他表示，我受皇帝陛下特殊眷顧，刻骨銘心。倘若假我以便宜，我5年便可恢複全遼疆土。思宗很是高興，說：「你能5年復遼，朕決不吝惜封侯之賞。」
在對國政進行了初步治理，皇位初步鞏固後，思宗開始集中精力解決客魏集團。他準備採用先穩住，然後再逐個擊破的方式將客魏集團消滅。由於思宗繼位後，對魏忠賢不冷不熱，魏忠賢深感前景不妙。九月一日，魏忠賢提出辭去東廠職務來試探思宗的態度，思宗沒有批准。次日，客氏提出出宮，思宗馬上表示同意。第二天，天還未明，客氏素服到熹宗的靈前將她保存的熹宗胎髮、指甲焚化，痛哭一場，離開了紫禁城，住進熹宗賜給她的府第里。魏忠賢的主要爪牙王體乾、李永貞照樣得到思宗的信任，九、十兩個月的登極恩賞照樣給予他們。只不過，思宗新重用的太監徐應元、曹化淳比魏忠賢更加得意。
朝廷大臣中那些魏忠賢黨羽也心神不定，他們預感到形勢將要變化，許多聰明人開始尋找退路。魏黨的分化使形勢開始明朗。九月十六日，南京通政使楊所修疏奏宦黨崔呈秀父喪不奔，奪情視事非制，請放他歸籍丁憂守制，思宗不允。十月十四日，魏黨首惡分子楊維垣丟卒保車，主動疏劾崔呈秀專權亂政。說魏忠賢是聽信了崔呈秀，被他所誤。崔呈秀慌了，要求守制，思宗還是不放他走。十月十八日，楊維垣再劾崔呈秀通內，連累了魏忠賢，並頌揚魏忠賢一心為公，矢忠體國。楊維垣疏中還彈劾了其他幾個魏黨人物，思宗繼續保持沉默。
十月二十三日，獨立於魏黨之外的下級官員也行動了起來。工部主事陸澄源參劾崔呈秀，詞中涉及魏忠賢建造生祠問題。思宗雖薄責陸澄源越位擅言，但心裡高興，遂將崔呈秀放歸。二十五日，兵部主事錢元愨直接彈劾魏忠賢，言詞激烈，天下震動。二十七日，海鹽貢生錢嘉徵上疏，將魏忠賢罪行列為10項，要求將魏忠賢明正典刑，以泄天下之憤。思宗拿這本奏章讓人讀給魏忠賢聽，魏忠賢知道大事不好，馬上以患病為由提出辭去東廠職務。思宗令他出宮調理，隨後傳令將魏忠賢集中在宮中的軍士解散。
接著，思宗又點了幾個魏黨首要分子的名，下令吏部調查崔呈秀等人的罪行。
十一月一日，思宗下詔，公布了魏忠賢的罪行，宣布本應將魏忠賢寸斫以謝天下，念先帝還未出殯，姑且安置於鳳陽。客魏二犯家產籍沒，冒封的爵位革除，子孫人等俱到煙瘴之地充軍。
魏忠賢離京，帶了許多人和車輛。思宗以此為理由，令兵部差人將魏忠賢押往鳳陽。十一月六日，魏忠賢走到阜城縣，聞知了思宗的命令，知道末日到了，當晚上吊自殺於旅舍。崔呈秀在薊州家裡聽到魏忠賢的死信也自縊身亡。十一月七日，客氏被押往浣衣局打死。隨後，客魏兩家子孫人等皆被斬首。
思宗在翦除客魏集團的鬥爭中大獲全勝，為大明帝國清除了最大的隱患，顯示了他不可低估的行政才能。
魏忠賢除掉了，但把持朝政的魏黨羽翼其勢力仍然龐大。當時，內閣、六部，各院寺首腦都是魏的死黨，身居要職者都與魏忠賢有瓜葛。楊所修、楊維垣、安伸、賈繼春等人以彈劾魏忠賢的功臣自居，上竄下跳，他們的目的就是保護同黨，使思宗不再追究他們，從而達到維護現狀、繼續壓抑東林黨人的目的。
思宗深知，魏忠賢如果沒有朝廷中這些寡廉鮮恥之徒的幫助是不會造成這麼嚴重的危害的。思宗當然不會放過這些奸侫之徒，讓他們繼續把持朝政。十一月份，他下令逮捕了魏忠賢的主要爪牙「五虎」和「五彪」，交法司議罪。從十二月到崇禎元年五月，朱由檢親自主持選拔了4批共132個給事中、御史。這些新進言官除個別人依附魏忠賢，此外，皆是與魏黨無關聯之人。他們以清除魏黨為己任，言路漸趨清明，思宗因此了解到更多的真實情況。對被魏忠賢害死、削奪的官員，該平反的平反，該起用的起用。
但思宗這時也犯了一個大錯。原來，袁崇煥出關後，整頓兵馬，修繕城池，使山海關一線的防務穩定下來，金帝皇太極一看在山海關無機可趁，決定從別處入關，一者騷擾內地，再者找機會設計除掉袁崇煥，去掉這一危險對手。
崇禎二年十月，秋高馬肥之時。後金10數萬精兵分道由龍井關、大安口入犯，連下遵化等名城。山海關總兵趙率教回師救援，全軍覆沒。正在寧遠的袁崇煥聞警兼程回救，屯於通州。但金兵繞開袁崇煥，直撲北京。
面對氣勢洶洶的金兵，京師守衛益顯薄弱，思宗心中忐忑不安。待聞袁崇煥率師趕來才放下了顆懸著的心。他任命大將滿桂為武經略，總理各鎮援兵、保衛京師。滿桂與袁崇煥分屯於安定門和廣渠門，打敗了敵人的數次進攻。思宗為此召見了袁崇煥，他向袁崇煥表示慰勞，並解下自己的貂裘賜給他，袁部下將領皆得到賞賜。袁崇煥向思宗表示一定要儘快趕走敵人。十一月底，東便門之戰，袁崇煥大破金兵，自己的兵力也損失過半，又因補給