成化二十三年（公元1487年）八月六日，憲宗朱見深死去。九月六日，18歲的皇太子朱祐樘接替父親登上了皇帝的寶座，以第二年為弘治元年（公元1488年），此即孝宗。
孝宗的母親紀氏只是一個小小的女史（宮廷女官名稱），她本是廣西賀縣的瑤族民女，在成化元年瑤民造反失敗後，夾帶在被俘的幾千名男女青年中送來京城。由於紀氏姿色超群，聰明伶俐，入宮後不幾年即通習漢語，因而被命令管理宮中藏書。成化六年秋天，憲宗偶然來到書房，見紀氏長得如花似玉，而且應對稱旨，於是喜而幸之，因此有孕。紀氏懷上龍子，犯了憲宗專寵的萬貴妃的大忌，這個女人自己不能生育，也不準別人為皇帝傳宗接代，專門殘害被憲宗臨幸過的妃子和宮女。紀氏懷孕時，萬貴妃曾經留意過她，其他宮女謊說她是病痞，於是被貶居安樂堂。不久朱祐樘降生，紀氏忍痛下了狠心，將他交給門監張敏，讓把他溺死。
張敏為人善良，他想到皇上無子，就背著萬貴妃對朱祐樘秘密加以哺養，廢后吳氏這時正好貶居在西宮，與安樂堂相鄰，聞之也往來就哺，從而保全了他的生命。漸漸地朱祐樘長到6歲，成化十一年（公元1475年）春天的一天，憲宗召張敏梳理頭髮，對鏡嘆道：「老之將至了，尚無子嗣！」張敏就把朱祐樘的事情告訴了他。憲宗喜出望外，立即派人把他接來。朱祐樘去見父親的時候，胎髮還未剪除，直垂到後頸，看到憲宗，他依據母親的交待，撲到憲宗的懷裡，大聲呼喊「爸爸」。憲宗攬視良久，悲喜交加，連連說：「這個孩子像我，真是我的兒子啊！」隨即飭禮部定名，並冊封紀氏為淑妃。紀妃終究還是沒能逃過厄運，不久就在新居永壽宮暴死。紀妃之死，有人說是被萬貴妃毒死的，也有人說是被她遣人勒死，由於憲宗沒加深究，事情也就不了了之。母親的去世，使朱祐樘極為悲傷，神情猶如成人一般，持續了很長一段時間。這年的十一月，朱祐樘被冊立為太子。隨後即位，是為孝宗。
後宮中的這段經歷，對孝宗的影響很大，由此形成了他嫉惡如仇的性格。在即位之後極短的時間裡，孝宗對太監梁芳、禮部右侍郎李孜省等人，給予了嚴厲的懲罰。太監梁芳是萬貴妃的紅人，曾向其大量進獻美珠珍寶，得到寵信，一些奸佞之徒通過走他的門路，得到包括太常寺卿在內的官職。孝宗在執政的第6天，就把他送入詔獄。李孜省因為依仗萬貴妃作惡多端，公然操縱內閣大臣隨意罷免、提拔官吏，被謫罰戍邊。兩個月後，孝宗又下令罷免傳奉官，將那些冒領官俸的藝人、僧徒一概除名，先後總計有3000人之多。接下來，孝宗又拿混在內閣中的奸佞開刀，首先罷了萬安的官。萬安的靠山同樣是萬貴妃，為了巴結這個女人，竟不知羞恥地稱自己為她的侄子，在萬貴妃的包庇下，劣跡斑斑，聲名狼籍。孝宗還是太子時，就對此人非常反感，即位後，在宮中發現一匣奏疏，內容都是講房中術的，末尾的署名又都是「臣安進」，於是派人拿著這些奏疏到內閣找到萬安，嚴厲指責他：「這是大臣寫的東西嗎？！」萬安羞愧得汗流滿面，一句話也說不出來。孝宗遂下令罷免其官職。除此之外，孝宗還以各種方式處罰了另外一些奸佞之徒。在清理過程中，孝宗注意方式方法，沒有大開殺戒。被砍掉腦袋的，只是罪大惡極對憲宗誨淫誨盜的僧人繼曉。一系列堪稱聖明的行動，好像一陣沖刷污垢的暴風雨，使宮廷之內的壞人驟然減少。這為全面刷新政治，起了清除障礙的作用。
與罷斥奸佞相併的是任用賢能。為了熟悉官吏的情況，弘治元年三月，孝宗下令吏、兵兩部，把兩京文武大臣、在外知府守備以上的官吏姓名，全部抄錄下來，貼在文華殿的牆壁上，遇有遷罷的人，隨時更改。他還多次指示吏部、都察院：「提拔、罷免官吏的主要標準，是看此人有無實績。」由於孝宗注意任用賢能，形成了「朝多君子」的盛況，出了許多名臣。
孝宗即位後，還很注意廣開言路，於是在他上台不久，形成了臣子紛紛上書的生動局面。如這年三月，都御史馬文升上疏言時政十五事，其中的一條是「節約費用，以解救百姓生活的艱難困頓」，他說：「宮中所供應的物品，如果陛下能節儉一分，則百姓受益一分。」言語極為尖銳、深刻。孝宗對這個建議非常賞識，嘉獎了馬文升，並下令削減宮中開支。正統以來，皇帝每天只有一次早朝可面向群臣，大臣們為時間所限，進見言事，不過片時。這樣一來，皇帝與大臣們見面的時間很少，只好在一些重大問題上聽信太監的意見，對大臣們的了解也很少。鑒於這種情況，吏部尚書王恕建議，孝宗除早朝之外，最好每天再在便殿召見大臣，謀議政事，當面閱其奏章，下髮指令。王恕認為，這不僅可以使皇上加深對大臣們的了解，而且可以提高其處理政事的才能，使正確的意見得以貫徹執行。孝宗聽到後，覺得很有道理，遂開始增加「午朝」，每天在左順門接見大臣，傾聽他們對政事的見解，做出了許多重大決策。
新君即位之初勤於朝政，而後荒疏，繼爾江河日下的事例，史書每每可見。明王朝的君主尤為明顯。但孝宗是個例外，弘治初年的諸多優點，在以後幾乎一直保持下來。
孝宗之所以能做到這一點，是因為孝宗的周圍，有一批對朝廷忠心耿耿的大臣，如王恕、馬文升、劉大夏、劉健、謝遷、李東陽等人，為他勵精圖治立下了汗馬功勞。在群臣之中，孝宗最信任的是王恕，也因有了王恕，孝宗才如虎添翼，雄風大振。王恕是在成化末年被憲宗強迫致仕的老臣，以「好直言」著稱。孝宗即位後兩個月，由於許多大臣的推薦，將他任命為吏部尚書，一直幹了將近6年之久。新君的善任使王恕感激不盡，在職期間，除了仍能上疏抨擊時弊之外，忠於職守，先後向孝宗引薦了包括劉大夏在內的許多人才。孝宗極為賞識的還有馬文升。這是一位文才武略兼備的大臣，弘治二年（公元1489年）由左都御史升任兵部尚書，並提督12營團。馬文升到職以後，因兵備久馳，他大力整軍，罷免了30餘名不稱職的將校。結果惹起遭貶將校的怨恨，有人夜間持弓等在他的門口，企圖行刺，還有人寫了誹謗信，射入皇宮之內。孝宗立即下令錦衣衛緝捕，並特撥騎士12人，時時跟隨保衛馬文升。數年之後，孝宗仍把重用忠良之士做為治理朝政的保證，又陸續把劉健、謝遷、李東陽等人提升到內閣當中，參預機務。對於內閣大臣們的奏請和意見，孝宗初時儘管大多能聽從，有時也並非全都認可，但後來他看到這些人確實在同心輔佐，信任程度便大為加強。凡閣臣們的奏請，無所不納，與他們的關係極為融洽，因劉健曾在他做太子時，擔任過講官，就一直稱其為先生，尊重異常。孝宗接見劉健等人的時候，往往要左右之人退下，據這些人出去講，孝宗對閣臣們講的話，言聽計從，每每稱善，這種情形在君臣之間，確實少見。
孝宗在減輕百姓負擔上也做了許多好事。這表現在減免災區的賦稅徵收上。從弘治三年河南因災免秋糧始，他對每年奏報來的因災免賦要求，幾乎無一例外地加以同意。弘治六年，山東因災情嚴重發生饑荒，孝宗聞奏之後，向災區發送去帑金50餘萬兩，米200餘萬擔，並派了官員監督發放，不僅免除災區稅賦，還通過賑濟拯救了260餘萬災民的生命。為了整治黃河以及江南的水患，孝宗令劉大夏於弘治五年七月，來到了山東，坐鎮陽谷。劉大夏不負使命，完成了多項水利工程，歷時兩年，終於治服了水害。奉旨到江南治理水害的工部侍郎徐貫，也出色地完成了欽命。他在江浙地區大搞調查研究，從而確定了比較完善的治水方案，一舉修建、溝通河、港、涇、湖、堤岸等135道，從而使洪水通過吳淞、白茆地方的渠道，毫無阻攔地泄入海中，除掉了威脅朝廷主要經濟區的一大禍害。
在施恩於百姓的同時，孝宗繼續虛心納諫，鼓勵廣開言路的風氣，親近大臣，遠離小人，勤於政事，表現得相當明智。弘治九年閏三月，少詹事王華在文華殿向他進講《大學衍義》，趁機揭發太監李輔國與張皇后關係甚密，招權納賄。此事被李輔國知道後，馬上報復，說王華有種種劣跡，應予驅逐。孝宗沒有聽信這番鬼話，反而哈哈大笑，傳令中官賜食給王華，以示親近。弘治十年二月，孝宗在後苑遊玩的時間過長，侍講學士王鏊反覆規勸，孝宗當時沒有接受，事後卻沒有怪罪，而是對誘導他玩樂的太監說：「講官指出這一缺點完全正確，是一片誠摯之情，完全是為我著想啊！」自此之後，不再到後苑遊獵尋歡。為了引導大臣們踴躍進言，孝宗還經常提出這件事情，請人們知無不言。他為取消講官的顧慮，避免講官為此觀望，不肯大膽進言，特召來劉健等人，說：「講書必須要講那些聖賢之言，如此直言不妨。」進而又明確要求閣臣們：「傳我的話給諸位講官，不必顧慮。」孝宗如此虛心，在明王朝歷代君主中是不多見的。
為了加強軍事力量，弘治十五年（公元1502年），孝宗將曾修治黃河有功的劉大夏，由總督兩廣軍務的左副都御