正統十四年（公元1449年）八月十五日，「土木之變」發生後，明太皇太后張氏下令，讓英宗的異母弟弟郕王朱祁鈺監國，總理國政，立英宗長子朱見深為皇太子，正位東宮。這一年，朱見深只有兩歲。
景泰元年（公元1450年），受盡屈辱的英宗大難不死，被也先送回北京，這時朱祁鈺已經在朝臣們的擁戴之下，做了快一年的皇帝，年號也改作景泰。朱祁鈺珍惜到手的權力，不肯拱手讓出，把英宗送入南宮加以幽禁，因此朱見深在東宮居住的時間沒能太久，景泰三年，他的太子之位被廢掉改封為沂王，朱祁鈺封自己的兒子朱見濟為太子。
朱見深小小的年紀，每日只會玩樂遊戲，對當不當太子，也就視同兒戲一般。他雖然不是太子了，但還蒙伯父開恩，不加以傷害，得到了沂王的封號，照舊過著優裕的生活，衣食無愁。在後宮裡，他最親近的有兩個人，一個是他的母親周貴妃，另一個是因反對廢掉朱見深太子地位而被朱祁鈺廢掉的皇后汪氏。汪後與周貴妃脾氣相投，關係一直很好。汪氏對朱見深十分喜愛，經常不避人前地與周貴妃往來走動，由此遭到了朱祁鈺的斥貶。因此，朱見深對她十分尊敬。
景泰八年正月十六日夜裡，發生了富有戲劇色彩的「奪門之變」。英宗朱祁鎮重新登上了皇帝寶座。隨著父親的復辟，朱見深也有了出頭之日，很快恢複了太子的地位。英宗復辟後，朱祁鈺很快就病死了，報復心極強的英宗下令他的嬪妃全部為其殉葬，其太監擬出的名單上也包括汪氏。朱見深聽說後，馬上找到父親，告訴了汪氏當初遭貶的事因，英宗遂與寬宥。朱見深還請求父親，允許汪氏出宮安居舊邸，並將私蓄一併帶去。這以後，朱見深時常陪母親去看顧汪氏，並邀請汪氏進宮敘談家常，感情一如當初。
天順八年（公元1464年）正月二十六日，18歲的朱見深即位，是為憲宗，以第二年為成化元年（公元1465年）。
在治理朝政方面，他給人的最初印象，是一個有朝氣的青年。為了保持安定，憲宗繼續任用了一大批父親信任過的老臣，尤其將李賢視為得力的輔臣，基本做到了言聽計從，並且又陸續在內閣中添進了許多忠直之士，使朝事稍有起色。
憲宗知道，新君臨朝給人印象最深的是能否割捨私愛。他把這利刀首先揮向了典璽太監王綸。王綸是憲宗做太子時最喜愛的一個內官，憲宗即位之前，朝官中有人預料王綸日後必有大用，就極盡巴結，王綸也毫不避諱，在朝中造成了很壞的影響。憲宗即位後，依照李賢的建議，立即將王綸逮捕下獄，發配到南京服苦役。前兵部尚書于謙曾在土木之敗後力撐危局，挫敗了兵臨京城之下的瓦剌大軍，後被人陷害，被英宗砍了腦袋。憲宗還是太子的時候，就聞知這是冤案，為了平息朝野的怨怒，他不為父諱，下令為于謙平反。他繼位後做的這幾件事尚得人心。
憲宗繼位時的閣臣，開初時有3位，按級別排列分別為李賢、陳文、彭時。尤其是李賢頗有宰相風度，身為大學士兼吏部尚書，為政識得大體，在用人方面，進賢而退不肖。在憲宗的支持下，李賢經手提拔了一批忠於朝廷的官吏，同時革斥了4000多名冒「奪門」之功而膺爵位的投機者。陳文、彭時也是盡心輔佐。憲宗對此深懷感激之心，特賜給厚祿，以示嘉許。成化元年（1465），南方大旱，湖廣、河南、陝西、四川交界處的荊襄地區，流民不堪賦稅徭役之苦，造起反來。憲宗接到奏報，令湖廣總督李震為總兵官，由工部尚書白圭提督軍務，率軍征討。官軍裝備精良，人多勢眾，打了一年，流民潰散，憲宗如願以償地聽到了勝利的消息。作為登基之初的新君，憲宗對荊襄戰事比較看重，他欽點軍事將領，批閱拜表奏章，派心腹太監去前線監軍，頗費心機。然而，一波未平，一波又興，廣西境內大藤峽的瑤民起事。內閣大臣火速急議，李賢主張征討，憲宗對此表示同意。聖旨傳出後，右僉都御史韓雍點起16萬軍馬，向廣西殺去。大戰於十二月初開始，大藤峽一帶，叢山盤曲，岩洞極多，韓雍分進合擊，瑤民殊死抵抗，雙方死傷慘重。大約有一個月左右，瑤民戰敗，大藤峽一帶遂告陷落。事後，韓雍令士兵把大峽中的青藤砍斷，把大藤峽改名「斷藤峽」，並摩崖勒石，立了紀功碑。捷報馳抵京師時，正值大雪初降，憲宗踏雪賞玩歸來，興緻未消，又添喜悅，格外興奮。他傳旨嘉獎、提拔韓雍，讓其擔任右副都御史，提督廣西軍務。
以後憲宗又鎮壓了荊襄山區人民起義，派兵擊退了北方蒙古連續對西北河套地區的進攻。朝野因此對憲宗大為讚許。
在憲宗第二次當上太子第四年的時候，他身邊出現了一個叫萬貞兒的女人。萬貞兒是孫太后宮中的使女，因其父親犯罪，她在四歲時被沒入宮中，長大後頗有幾分姿色。孫太后愛她伶俐勤快，召入仁壽宮，讓她掌管衣服、首飾。朱見深常去孫太后那裡，萬貞兒與他逐漸地熟悉起來，繼而發展到親昵無間。孫太后崩逝之後，朱見深向母親請求，讓這個年長自己17歲的萬貞兒入事東宮，服侍自己，兩人很快就到了形影不離的地步。憲宗登基後，照例要冊立皇后。正宮皇太后錢氏和皇太后周氏選中了吳氏，於是憲宗遂於天順八年七月成婚。成婚之後，還要選妃。憲宗沒有忘記萬貞兒，向母親提及此人，太后同意封為貴妃。萬貞兒出於對吳後的嫉妒，對其語言多有不恭。吳後難以忍耐，兩人鬧到語言不能解決問題的時候，吳後於是令宮女執杖對萬貴妃大打出手。憲宗知道後，次日就入稟兩太后，說吳氏脾氣太壞，舉止輕佻，定要廢易。太后們開初不同意，閣臣也力勸他放棄此念，他堅決不聽。於是，吳後被繳還寶冊，貶入冷宮，另選了王妃做皇后。這時，吳後正位正宮，只不過32天。吳後被廢掉後，萬貴妃更加有恃無恐，而皇后王氏秉性恬淡，凡事退讓，只是名義上的皇后而已。憲宗對萬貴妃的寵愛，使宮中的太監有了風向標，他們紛紛投靠在萬貴妃門下，挖空心思地為她進獻美珠珍寶，並且假託聖上的旨意，到民間搜刮採辦，苛擾百姓。作為回報，萬貴妃對這些太監有求必應，使他們得以青雲直上，有機會幹預朝政，形成了很大的勢力。一些在各省的「鎮守中官」，也都因朝中有人，頤指氣使，位居總督和總兵官之上。憲宗對此時有所聞，卻毫不在意，為了使萬貴妃合意，無論什麼事情，都可聽她所為。
出於享樂心理，憲宗對朝事的興緻大減，初臨丹墀時的朝氣很快就消磨掉了。在萬貴妃的影響下，他一擲千金地大肆揮霍，建造了大量祠廟宮觀，小心翼翼地陪萬貴妃拜佛煉丹，盡情欣賞歌舞，做種種消磨時光的遊戲。早朝已經成為負擔，動輒就被取消，即便升朝，也是擺擺樣子，禮成而退，疏奏大都扔給太監去批複。大臣們耳聞目睹憲宗的變化，痛心疾首，一些人紛紛上疏，勸他勵精圖治。彭時一針見血地說：「萬貴妃已過生育之期，毛病甚多，不可專寵。希望陛下分恩寵於眾妃。」憲宗對此不加理睬。由於萬貴妃橫行六宮，憲宗日思暮想的皇子一直沒有出生。成化七年（公元1470年）柏賢妃曾經生下一個兒子，被立為皇太子，但不到一歲，就被萬貴妃害死。直到成化十一年，才有太監張敏告訴他，一個來自廣西的宮女紀氏，已經替他生了一個兒子，藏在後宮的安樂堂內。事情挑明後，內閣首輔大臣商輅等為了使皇子逃過萬貴妃的毒手，建議交給皇太后周氏撫養，並立即冊立為太子。這是一個非常正確的建議，憲宗照辦之後，不僅保住了皇子的性命，而且使萬貴妃感到固寵的手段已被識破，遂不再濫行墮胎、毒殺的手法，索性讓各個妃嬪多生幾個皇子，以與太子爭寵。於是，憲宗又增添了11個兒子。
憲宗不僅在宮廷內寵信萬貴妃搞得後宮不寧，與此幾乎同時，還重用宦官汪直，搞得朝臣人人自危。汪直開始只是萬貴妃的內侍，由於他奸詐異常，能曲意迎合貴妃心意，尤其會斂財討她的歡心，以後被萬貴妃推薦給憲宗，執掌御馬監。憲宗對汪直，開始時印象還不深，但經過一段時間，汪便成為了憲宗須臾不可離開的人物了。
成化十二年宮中發生了一起令憲宗極為不安的事情，有個叫李子龍的人被太監私放進宮，圖謀不軌。事後憲宗為安全起見，就命令汪直易服化妝，經常帶校尉不斷外出打探消息。汪直對此非常盡心，街頭巷尾的事情，無所不報。這不僅取得了憲宗的信任，而且憲宗一高興，下令成立西廠，並由汪直提督，其勢力大大超過原有的東廠和錦衣衛。
在憲宗的支持下，汪直的地位日益鞏固，自此他結黨營私，屢屢製造駭人聽聞的冤獄，到後來朝中公卿大臣，一遇到他都像避瘟神似地改道而行，沒人敢招惹是非。一次，兵部尚書項忠因為在路上沒有讓道給汪直，便受到了汪直的當面凌辱。汪直的胡作非為，搞得政治空氣極為緊張，引起了眾大臣的反對，大學士商輅、尚書項忠的上書導致了西廠於成化十三年五月一度被罷。但憲宗對汪直的處理十分寬大，僅僅是令他回御馬監再操舊業，使群臣大失所望。
憲宗雖