永泰元年（公元498年）七月，齊明帝蕭鸞病逝，太子蕭寶卷即位。蕭寶卷是蕭鸞次子，因其兄蕭寶義自幼殘廢，故得父親寵愛。原名明賢，蕭鸞在蕭昭業在位時輔佐朝政、大權在握，特改為寶卷；蕭鸞稱帝後，他被立為太子，成為皇位的繼承人。
公元499年，蕭寶卷即位的次年正月，改年號「永元」。他即位時只有16歲，所以按照其父遺詔，由顧命大臣輔佐朝政。揚州刺史始安王蕭遙光、尚書令徐孝嗣、右僕射江祏、右將軍蕭坦之、侍中江祀、衛尉劉暄輪流值日於內省，分日帖敕，時稱「六貴」。
蕭寶卷為太子時，不好學，貪玩，嬉戲無度。性情重澀，少言寡語。即位後，他不愛結交朝士，只親信宦官及左右捉御刀者和應敕者。即位不久，他就發現自己並不能隨心所欲地遊玩行事，這約束力來自「六貴」，主要的又是二江。
江祏、江祀兄弟的姑姑，是蕭鸞的母親，所以蕭鸞特別看重他們，雖然臨終時顧命群公，而最信任的卻是江氏兄弟，兄弟倆因此對小皇帝也最嚴厲。蕭寶卷要行荒唐之事，徐孝嗣不敢阻攔，蕭坦之偶爾勸阻幾句，江祏卻不同，是堅決制止，弄得蕭寶卷渾身不自在，心中忿忿然。他非常信任的左右茹法珍、梅蟲兒等，每欲弄權，也常遭江祏裁抑，故茹法珍等人對江祏也是切齒痛恨。
蕭寶卷愈來愈不聽約束，任用群小，遊戲無度，江祏便決計廢帝另立。他的意思是立明帝蕭鸞第三子、蕭寶卷的同母弟、江夏王蕭寶玄。這一建議立即遭到劉暄的反對。劉暄是蕭寶卷、蕭寶玄、蕭寶寅的舅舅。蕭寶玄任郢州刺史時，他任郢州行事，對年幼的蕭寶玄過分苛刻。因此，蕭寶玄對劉暄非常不滿。劉暄知蕭寶玄對他不滿，故時刻提防，不同意立其為帝。他想立建安王蕭寶寅，這樣，他既可以居帝舅之勢操縱朝政，又與蕭寶寅了無嫌隙，無所顧忌。
到底立誰好呢？江祏又同蕭遙光密謀，而蕭遙光想立自己為帝，當他把打算微微透露後，江毫無思想準備，不知如何回答，只好告退。江柘把廢立之謀告訴弟弟江祀，江祀倒覺得少主難保，勸他立蕭遙光為帝。
劉暄知江氏兄弟有立蕭遙光之意，很不高興，因蕭遙光若立為帝，他就要失去帝舅之尊，所以堅決反對。這樣一來，江祏遲疑不定，久而不決。蕭遙光大怒，派左右黃曇慶密於青溪橋刺殺劉暄，黃曇慶見劉暄衛士隨從眾多，未敢動手。
劉暄發覺蕭遙光欲暗害他，暗暗合計一番，馬上向蕭寶卷告發江氏兄弟欲立蕭遙光為帝。蕭寶卷一聽，耳邊立刻響起父親臨終遺言：「作事不可在人後。」他立即命令：收捕江氏兄弟！
殺害江氏兄弟後，蕭寶卷召蕭遙光入宮，將二人之罪告訴他。蕭遙光大驚，回到中書省後就號啕大哭，裝起瘋來，從此稱病不入台城。
江氏兄弟一死，再無人敢對蕭寶卷管頭管腳的了，他遂無所忌憚、隨心所欲胡鬧起來。他日夜與近習在後堂鼓叫戲馬，常常五更就寢，至晡（午後三時至五時）時才起。群臣朝見之日，他在傍晚時分才懶洋洋地來到，有時就乾脆借口天色已暗，不再上朝，遣群臣回家。台閣奏案常一月或數十天才報，有的甚至不知去向。宦官們包魚肉回家，用的全是中央五省的黃案。整個朝廷亂成了一團。
正當蕭寶卷玩得昏天黑地之時，蕭遙光加緊了武裝起事的準備。他當初密謀與弟弟荊州刺史蕭遙欣共同起事，由蕭遙欣引兵自江陵急下攻建康，他於內接應。不巧，蕭遙欣病卒，計畫無法施行。後來，荊州兵將不少人護送蕭遙欣的靈柩回京都，蕭遙光一見有了主意。當初其弟豫州刺史蕭遙昌去世後，部曲全歸蕭遙光，現在荊州又有不少人來到京都，何不借二州兵力來一個武裝起事？
蕭遙光正忙於密謀，忽接到聖旨，要他入宮，不覺大吃一驚。原來，蕭寶卷誅殺江氏兄弟後，怕蕭遙光不自安而鬧出什麼事來，就準備任其為司徒，給他一個高位，讓他回家安心養病。蕭遙光心中有鬼，不敢入宮，在東府東門糾集二州部曲，以討劉暄為名起兵。聽說蕭遙光反叛，台城中人心惶惑，不知如何是好，蕭寶卷忙詔令徐孝嗣入台城，人心才稍微安定下來。後台軍終於擊潰了叛軍。蕭遙光見大勢已去，回到小齋帳中，秉燭自照，神不守舍。台軍沖入，蕭遙光慌忙滅掉蠟燭，爬到床下藏起來。軍人推門而入，把他從暗中牽出斬首。
平定蕭遙光之後，蕭寶卷下詔賞賜有功人員。蕭坦之因報告蕭遙光造反有功被升為尚書右僕射、丹陽尹。但由於他做事剛狠自專，蕭寶卷的手下對他又怕又恨，因此常在蕭寶卷面前攻擊他。蕭遙光死後20餘日，蕭坦之和兒子蕭賞全都被蕭寶卷派來的士兵殺死。
茹法珍等又在蕭寶卷面前誣告劉暄有異謀。蕭寶卷於是下令殺死劉暄。
「六貴」中只剩下司空徐孝嗣了，他文士出身，事事處處不敢違抗蕭寶卷及其手下近習的意願，故名位雖重，仍能為蕭寶卷所容。由於他名高望重，有人極力勸他廢掉昏暴殘忍的蕭寶卷。徐孝嗣雖有此想法，卻遲遲不見行動。而此時眾嬖倖對徐孝嗣也開始討厭起來。
一日，蕭寶卷下詔召徐孝嗣、尚書左僕射沈文季、侍中沈昭略入華林省。三人入華林省後，茹法珍受命送來了藥酒。徐孝嗣、沈文季默默不語，沈昭略大怒，罵徐孝嗣道：「廢昏立明是古今令典，宰相無才，致有今日！」說完，拿起盛酒的小甌投在徐孝嗣臉上，說：「讓你做個破面鬼！」徐孝嗣並不惱怒，只管埋頭飲酒，酒至斗余而卒。其子徐演、徐況，蕭寶卷也不放過他們，將二人殺死。
至此，「六貴」全被殺害，眾臣人人自危，惶惶不可終日。
永元元年（公元499年）十一月，太尉陳顯達於江州舉兵反，京師震驚。陳顯達是高、武帝時舊將，明帝蕭鸞在位時誅殺舊臣，陳顯達內懷危懼，小心謹慎，曾以已達70歲高齡為由請求告退，蕭鸞不許。蕭寶卷即位以後，他懼禍不願留在建康，被任為江州刺史後，欣喜萬分，連忙登程赴任。蕭寶卷屢誅大臣的消息不斷傳到江州，陳顯達心裡非常緊張。待「六貴」死盡，朝野又傳聞朝廷將遣兵襲擊江州，陳顯達不願坐以待斃，立即舉兵；又致信朝中重臣，曆數蕭寶卷罪惡，聲稱欲奉建安王蕭寶寅為主，待平定京師後就西往郢州迎接大駕。
蕭寶卷命護軍將軍崔慧景為平南將軍，督眾軍抗擊陳顯達。不久即傳來消息，陳顯達率軍擊敗朝廷軍隊，乘勝進襲宮城。宮城大駭，閉門設守。陳顯達親率數百步兵在西州前與台軍激戰，幾個回合下來，陳顯達大勝。後來朝廷大軍繼至，陳顯達寡不敵眾，敗退下來，被刺落馬斬首。
誅滅陳顯達，蕭寶卷以為從此無人約束與威脅自己了，愈發驕縱不羈，京師百姓深受其害。他漸漸迷上了出外遊走，一個月要出遊20餘次。每次出遊，左右盛氣凌人，盡驅沿途人家，只留下一座座空宅。百姓一聞鼓聲大作，顧不上穿衣登靴，立刻呼兒喚女逃離住宅，一旦行動遲緩被蕭寶卷等遇上，即刻喪命。京師百姓遭其騷擾，苦不堪言。四民廢業，婚冠喪葬皆不得依時而行事，甚至死了人都無法埋葬，只好棄屍路邊。
蕭寶卷的另一愛好是騎馬，專門由東治營兵俞靈韻教他。他在郊外置射雉場296處，經常奔走往來於各場，毫無倦意。
「遠君子，近小人」也是蕭寶卷的主要特點之一。他所寵信的有左右31人，黃門10人。直閣、驍騎軍徐世標是他的殺手，每有殺戮之事，皆由徐世標執行。陳顯達反，雖用崔慧景為都督，而兵權卻掌在徐世標手中。後來，徐世標得罪了蕭寶卷，被禁衛軍殺死。宦官王寶孫只有十三四歲，號為「倀子」，最有寵，連梅蟲兒之輩也在其下。他參預朝政，控制大臣，移易詔敕，甚至敢騎馬入殿，詆訶天子。公卿大臣見了他，無不恭恭敬敬，屏息靜氣。
對所寵幸的潘貴妃，蕭寶卷是有求必應，鑿金為蓮花貼地，令潘妃在上面行走，他在一邊讚賞：「此為步步生蓮花。」潘貴妃的父親潘寶慶也極受蕭寶卷寵信，與茹法珍一起被稱為「阿丈」，另外梅蟲兒、俞靈韻為「阿兄」。他曾與茹法珍等一起到潘寶慶家，親自汲水，幫助廚子做飯。潘寶慶狗仗人勢，玩弄權術，誣陷商人有罪，往往是一家被陷，鄰里數家一起遭殃，又請求將沒收的田宅資財賜給他，為了防止後患，又殺盡被害之家的男口，搞得民不聊生。
蕭寶卷身邊的提刀左右及應敕者，皆是其親信，在朝中專橫跋扈，不可一世，被呼為「刀敕」。「刀敕」們的家，成了蕭寶卷經常去游宴的地方，遇有吉凶之事，也必去慶弔。整個朝廷是小人得勢，皇帝昏狂無道，大臣朝不保夕，百姓苦不堪命，社會動蕩不安，一場大的危機一觸即發。
豫州刺史裴叔業當年為蕭鸞誅殺諸王出了大力，官居重位。蕭寶卷即位後殺戮大臣，身為邊鎮重臣的裴叔業心中不安起來，怎樣才能既避免殺身之禍，又能保全榮華富貴呢？經反覆權衡利弊，裴叔業終於在永元二年（公元500年）正月奉表降魏。
裴叔業投降北魏