嘉慶皇帝即位時，清朝國勢日衰，國庫空虛，全國各直省府庫虧空，財政危機日益突出。為了應付危機，嘉慶皇帝不得不開始清理虧欠，於是相繼有地方官吏勾結侵蝕國庫大案被揭發出來。嘉慶十一年（1806），直隸司書王麗南舞弊案發。這起被嘉慶皇帝認為性質比當年甘肅捐監冒賑案性質更為惡劣的案件，就發生在天子的眼皮子底下。而更可怕的是，這起大案歷時十年，隱匿時間比歷時七年的甘肅冒賑案更長。
自嘉慶元年（1796）起，直隸司書王麗南就私自雕刻了兩顆藩司和庫官的假印，聯合其他州縣官員張麟書等人，開始用虛收、虛抵、重領、冒支等各種手段侵蝕國庫：有將司發庫收小數帖改大數者；有將領款抵解錢糧又矇混給發者；有串通銀匠，給予假印批收者。共侵吞定州等二十四州縣銀三十一萬六百餘兩。
起初，甘肅捐監冒賑案發時，被視為驚天大案，「為從來未有之奇貪異事」。然而，僅僅二十五年後，就發生了直隸官員串通作弊侵帑案。一個小小的直隸司書，竟敢私雕假印，舞弊營私，令嘉慶皇帝「殊堪駭異」，十分震驚地說：「這是我朝未有之事。從前外省不肖官吏作姦犯科，如甘肅捏災冒賑之案，最為重大，不過也只是借辦賑為名，虛報侵肥，從沒有身任州縣，與胥吏等勾連一氣，公然將正項錢糧，私雕假印，挖改公文，虛捏報解，抵冒分肥，至三十餘萬兩之多。」雖然此案涉案官員品級均不高，金額也不及甘肅捐監冒賑案，但在天子腳下，目無法紀已經到了令人髮指的地步，被稱為清朝歷史上從未發生過的大案。
案發後，雖然涉案官員都受到了相應處罰，然而一葉知秋，吏治全面腐敗，社會矛盾日益激化，國庫錢糧虧空嚴重，均成為嘉慶一朝無法迴避的重大問題。特大命案李毓昌之死就是發生在這樣的背景下。此案涉及人物上到兩江總督、下到長隨，更因為案情離奇複雜、審理過程費盡周章而轟動朝野，被稱為清代的奇冤大案。
嘉慶十三年（1808），暴雨連綿，黃河決口，江蘇淮安一帶首當其衝，洪水泛濫成災，房倒屋塌，餓殍遮道，無數百姓失去了家園，淪為災民。清廷為此緊急啟動了救災放賑機制，並要求地方官員必須派出精幹官員下去查賑，務求賑災錢糧發放到災民手中，以表示朝廷是真心「恤民」。兩江總督鐵保和江蘇巡撫汪日章不敢怠慢，立即選派了官員，分赴災區。
其中，有十一名官員被派往山陽縣查賑。山陽縣為淮安府所在地，也是這次水災的重災區，朝廷專門為之撥銀九萬九千兩賑濟，因而派往山陽的大多是老辣幹練的官吏，如府知事余清揚，同知林永升，州同龔國烜、謝為林，教諭章家璘，縣丞張為棟，訓導言廷璜，典史呂時雨及從九品溫南峰、黃由賢十人。只有一人例外，那就是新科進士李毓昌。
李毓昌，字皋言，號榮軒，山東即墨人。出身貧寒，卻自幼好學，以品學兼優聞名鄉里。乾隆五十九年（1794）中舉人，嘉慶十三年（1808）中進士，以即用知縣分發到江蘇候缺。到江蘇赴任不久，李毓昌便趕上了江蘇水災，於是奉命以查賑委員的身份前往山陽縣查賑。
這一年，李毓昌剛好三十六歲，這是他人生中第一次步入仕途。從奉委之初，他就決定要秉公辦事，消除侵冒，做個廉明的「清官」。同行的十名官員中，自有人年紀比他小、學問比他差，但論到官場的潛規則，他卻著實是個新手。一進入山陽境內，便能看到縣內土地荒蕪，農事凋敝，受災百姓食不果腹、衣不蔽體，生活困苦。李毓昌不由得十分不安，愈發感到此行責任重大，恨不得長上翅膀，早日趕到山陽縣衙了解放賑情況，而其他官員卻無一例外地熟視無睹。
起初，李毓昌還頻繁催促眾人快行，但結果只招來眾同行的白眼和冷言冷語。李毓昌的親信長隨李祥慣於見風使舵，立即向主人示意不要再說。不料李毓昌是個執拗的脾氣，李祥反而由此招來了主人一頓呵斥。其他官員聽到耳中，難免會覺得指桑罵槐了，更加覺得李毓昌不順眼。幸好還是教諭（明清制度，府學設教授，州設學正，縣設教諭，均為學官，負責教育生員）章家璘出面婉轉勸解了幾句，才沒有令局面太過尷尬。但自此之後，除了章家璘外，其他人都與李毓昌主僕疏遠了。
九月二十八日，一干人到達山陽縣城。山陽知縣王伸漢熱情出迎，款待查賑委員一行。面對眼前堆積如山的雞鴨魚肉，李毓昌不由得想到了沿途看到的災民，實在難以下咽。只是他剛一提及賑災一事，王伸漢便巧妙地岔開了話題，其他官員也紛紛寒暄打岔，弄得李毓昌連個開口的機會都沒有。
這個時候，李毓昌突然留意到王伸漢身後有一雙眼睛正盯著他看。那雙眼睛，有一點審視，有一點警覺，有一點提防，說不出到底是什麼意味，但可以肯定的是——那絕對不是什麼善意的目光。一直到後來，李毓昌才知道，那個不斷盯著他看的彪悍的隨從，就是王伸漢的心腹長隨包祥。
好不容易等到酒宴結束，李毓昌還要再提查賑一事，王伸漢一擺手，笑著說：「大人路途鞍馬勞頓，此時夜色已深，有話明天再說。」立即命人將各位查賑委員送往早已經準備好的館舍。在此情形下，李毓昌也不好再說什麼，又見其他同僚均已經退席準備入客房休息，也只好從命。
李毓昌被帶進了客房，他的三名長隨李祥、顧祥、馬連升在旁邊的廂房另有歇處。客房布置得很是華麗，實在與遭受了水災的山陽形象不符合。李毓昌心中已經對這山陽知縣王伸漢起了反感，待打開放在床正中的一個包袱，發現裡面有三百兩白銀時，他恍然有些明白了。他立即去打開門，打算找王伸漢問個究竟，卻發現適才緊盯著自己不放的長隨包祥正站在門口。
李毓昌問道：「你是誰？」包祥道：「小的是王知縣的長隨，名叫包祥。」他雖然竭力用謙卑的口氣說話，但神態卻甚是倨傲，尤其是一雙眼睛精然有光，全然不像一個下人。李毓昌很是疑惑，又問道：「你在我門口乾什麼？」包祥道：「知縣大人派小的來看看大人對這裡的安排是否滿意。」李毓昌指著床上的白銀：「那這是……」包祥道：「一點小小的見面禮，每位大人都有。還請李大人笑納。」又刻意加重了語氣：「其他各位大人都已經收了。」李毓昌一時氣得說不出話來，當即揚聲叫李祥等三名長隨收拾行李，連夜離開了縣衙的館舍。
這一夜，對李毓昌主僕四人來說真是個不眠之夜。他們找盡了城中的客棧，卻沒有一家店敢收留。最後還是一個好心的店家指點四人前去善緣庵投宿，這才勉強有了個落腳之處。
善緣庵的客房與衙門館舍相比，真是一個地下，一個天上，但李毓昌卻心安了許多。他雖然初入官場，但並不是不懂世故之人。山陽知縣王伸漢一上來就對前來查賑的官員大行賄賂之事，顯然是內心有鬼，賑災一事必有蹊蹺。而其他查賑委員已經接受了賄賂，與王伸漢沆瀣一氣，定會知情不舉，自然不再是同路人。他已經打定主意，明天一早就獨自帶著三名長隨下鄉查賑，要把其中的真相查個明白。此時，心事重重的李毓昌絲毫沒有留意到李祥、顧祥、馬連升三人都流露出了怨恨不滿的神色，尤其以李祥為甚。
次日，九月二十九日一大早，李毓昌向庵中僧人問明道路，徑自帶領三名長隨直奔山陽鄉下，訪貧問苦，體察民情。山陽縣下轄四十鄉，每鄉約數十村。這一查就是整整一個月，到十一月初，李毓昌在查完兩個鄉後，帶著三名長隨回到山陽縣城善緣庵處。李毓昌明顯心情不佳，總是一個人在房內長吁短嘆，似乎有滿腹心事。沒過幾天，十一月初六的夜晚，他突然在善緣庵的住處懸樑自盡了。
噩耗傳到李毓昌山東老家，家人無不悲痛欲絕。尤其是李毓昌妻子林氏又是傷心又是不解，疑竇叢生：她丈夫秉性剛毅，寒窗苦讀，曾多次參加會試，這次好不容易中了進士，金榜題名，又候補了知縣，步入了老爺的行列，正是春風得意之際，怎麼會突然上吊自殺呢？然而，不解歸不解，淮安知府王轂已經以李毓昌自縊身亡定案，她一個婦道人家，又能怎樣？眼下還是先辦理丈夫的後事要緊。
當年十一月十六，李毓昌叔父李泰清受託從山東趕到山陽，準備迎李毓昌靈柩回鄉。山陽知縣王伸漢親自領著李泰清到善緣庵開棺驗屍。李毓昌靈柩被停放暗室之中，且棺底用木凳四面墊起。據王伸漢說，這樣做是為了防止屍體腐敗。年邁的李泰清為了最後看侄子一眼，不得不踩著板凳俯視棺材，只見李毓昌面色慘白如紙，眉目模糊不清。李泰清一時悲從心來，實在不忍心再看。於是就此蓋棺。王伸漢還特意送給李泰清白銀一百五十兩作為路費，表示對李毓昌壯年而逝的同情。
當時正值冬季，寒風凜冽。李毓昌靈柩運抵老家山東即墨後，因天寒地凍，便暫時擱置在李氏堂屋中，預備等到春天凝土解凍後再行下葬。
嘉慶十四年（1809）二月，李毓昌妻子林氏在檢點亡夫遺物時，偶然發現一件皮馬褂上有斑斑血跡。另有一頁