乾隆四十二年（1777）六月，王廷贊正式接任甘肅布政使後，不但繼承了王亶望的那一套，還於上任後不久下令在原來多收的一兩雜費銀的基礎上又多收一兩銀子。當然，他新嘗做貪官的滋味，還遠不如王亶望老辣，多收了錢，表面若無其事，心中卻還是有所顧慮，生怕人們議論說閑話，便暗地派親信王長隨出去打聽監生們的動靜。
好不容易等到王長隨回到衙門，王廷贊迫不及待地問道：「監生們對收捐時加收一兩雜費銀可有異議？」王長隨笑道：「大人增添此項費用時便已經說明，這一兩銀子是專款專用，專門作為布政使司衙門紙張之用。監生們不過為朝廷多出一分力，怎麼敢有異議？」王廷贊這才放了心，點頭道：「如此就好，千萬別讓監生們說了閑話。」
王長隨道：「收捐一事，本是利國利民的好事，誰敢閑話！自大人上任以來，成效還在前任王亶望大人之上，如今不僅省去戶部每年撥白銀百餘萬兩的煩費，而且弊絕風清，倉儲充裕……」王廷贊卻有些不耐煩起來，粗暴地放下手中的賬簿，不再理睬王長隨，起身離開了大廳。
片刻後，王廷贊又轉身出來，發布了一道令王長隨瞠目結舌的命令，即將各屬坐省長隨全部驅逐出蘭州城，其中幾個民憤極大的長隨予以逮捕監禁審查。更令人驚訝的是，這道命令後來還的的確確地執行了，可以被視做王廷贊由清官轉變為貪官過程中的最後一點掙扎。
此後，王長隨也恢複了王亮侯的本名，開始著手幫助王廷贊進行資產運營生息事宜（類似當今的投資），頻繁來往於西北和北方，他長隨的身份逐漸消失在人們的視野中。
這一年的七月，甘肅累報捐糧七百多萬石。也就是說，王廷贊一上任就「成效卓著」，一個月就收了數十萬石的捐糧。遠在京城的乾隆皇帝終於再次對甘肅捐監起了疑心，特派刑部尚書袁守侗、刑部左侍郎阿揚阿到甘肅勘驗捐收監糧。
袁守侗，字執沖，山東長山（今山東鄒平）人。乾隆九年（1744）中舉人，後當過軍機處章京，久任吏、戶、禮、刑諸部侍郎、尚書，號稱清朝十大清吏之一。正因為他為官正直清廉，曾先後五次被乾隆皇帝派為欽差大臣，專門出京查辦封疆大吏和軍隊高級將領的貪污案件。其經手查辦和參劾的重臣有雲南布政使錢度，雲貴總督彰寶，原定邊右副將軍、一等侯富德等，這些人均因為被袁守侗查實罪行，相繼正法。乾隆皇帝派出這樣一位有極好反貪記錄的能臣前往甘肅，充分顯示出他的懷疑以及一定要了解真相的決心。
不料，之前曾經接受過王亶望賄賂的軍機大臣于敏中等人預先派人趕到甘肅向陝甘總督勒爾謹和甘肅布政使王廷贊報信。勒爾謹和王廷贊聞訊後大驚失色，經過一番商議後，立即開始行動，準備應付欽差的到來。他們先是東挪西借到了一批糧食，然後將這批糧食分成小份，運到各地州縣官倉。再派人將官倉糧垛的下面用鋪板架空，然後倒進一籮筐一籮筐的糠填實，只在糧垛的最上面撒上一層糧食掩蓋住糠。如此，經過一番緊張的忙碌，本來一粒米都沒有的倉庫裝得滿滿當當，「糧倉滿囤」，看上去絕無任何短缺情況。除此之外，他們還大做假賬簿，以應付檢查。
身負重任的欽差袁守侗和阿揚阿到達蘭州後，倒也盡忠職守，逐一封倉核對。但在勒爾謹、王廷贊等人的竭力掩飾下，一向精明幹練的袁守侗竟然沒有發現任何破綻，回京後還向乾隆皇帝奏稱說：「俱系實儲在倉，委無虧缺，並核對節年動用數目，亦相符合。」乾隆皇帝這才徹底釋疑，從此不再追查甘肅捐監一案。
轉眼到了乾隆四十六年（1781）三月，甘肅爆發了蘇四十三領導的回民起義。這場起義源於甘肅曠日持久的新教和舊教之爭。甘肅、寧夏、青海地區素來是回回人（回族）聚居區。最初，有甘肅安定（今甘肅定西）回回人馬明心（一作馬明新，經名易卜拉欣，又名穆罕默德召裴，道號維戛耶頓拉赫）在回教中創立新教，後到循化（今青海循化）撒拉族中傳教，影響很大。清廷歷來支持舊教，因此將馬明心驅逐回籍。但事隔不久後，馬明心又潛回撒拉族傳教，導致新教、舊教矛盾急劇激化，後來更是上升到武力械鬥。馬明新的得意弟子蘇四十三和韓二個率領一千餘新教眾攻入老教區，殺死了哈爾戶長韓三十八，公然與舊教爭奪地盤和信徒。
舊教教首見新教勢大，便派韓三十八的兒子趕去蘭州向陝甘總督勒爾謹求救。因為新教、舊教爭鬥已久，勒爾謹也沒有太當回事，事先沒有查明強弱眾寡情形，即派新任蘭州知府楊士璣（原蘭州知府蔣全迪已經調到浙江任寧紹台道）會同河州副將新柱、臬司（按察使）福菘帶著四十餘名兵丁前往撒拉族地區查辦。
三月十八日，河州副將新柱先行前往舊教教區打探情況。新教蘇四十三等人聽說後，假扮成舊教，搶先出迎，想藉機打聽官府的動態。新柱以為對方是舊教教徒，便表態說：「新教若不遵法，我當為汝老教做主，盡洗之。」（《循化志卷八回變》）意思是官府要為舊教做主，如新教不守法令、不遵約束，就將斬盡殺絕。蘇四十三等人聽了大為憤慨，決議武裝暴動，當晚殺死了新柱。次日凌晨，蘇四十三又率眾攻佔旗台堡，殺死蘭州知府楊士璣等人，正式發動了反清起義。
三月二十一日，蘇四十三率兩千餘人攻佔了河州城（今甘肅臨夏東北），殺死知州周植和都司李琦等官吏，奪取了大批馬匹槍械。陝甘總督勒爾謹得知後大為恐慌，一面派西寧鎮副將貢楚克連爾率五百清兵扼守狄道（今甘肅臨洮），截住蘇四十三義軍歸路，一面急調固原、涼州、甘州、西寧、肅州五提鎮兵兩千人赴河州剿捕。
就在這個關鍵時刻，甘肅布政使王廷贊對回民起義事件也格外關注，雖然這並不是他的職權範圍。他接任布政使近四年了，毫無保留地繼承了前任王亶望的貪污「事業」，但卻也從來沒有睡過一天好覺。眼看著原布政使王亶望升成了浙江巡撫，原蘭州知府蔣全迪調到浙江任寧紹台道，原皋蘭知縣程棟捐官升為刑部員外郎，都是儘可能地遠離甘肅這個是非之地，愈發想要效仿這些「聰明人」，早日調離甘肅。如果這次平蘇四十三回亂有功，高升自然指日可待，也就可以早日離開甘肅了。
蘭州府通判謝桓見王廷贊在回民起義一事上格外花工夫，便出了餿主意：不如將當時正在安定老家的馬明心抓捕到蘭州，作為人質，這樣蘇四十三就不敢輕舉妄動。王廷贊聽了深以為然，立即札飭安定縣知縣黃道燛將馬明心及其兒子、女婿三人逮捕，並連夜押解到蘭州，關進大獄。不料，事態反而因此愈發激化。蘇四十三和馬明心的義女賽利麥（撒拉族人）等人聽說馬明心被官府逮捕後，立即率義軍日夜兼程進逼蘭州，並佔領了城西南的華林山。
三月二十七日，回民義軍兵臨蘭州城下。蘇四十三要求勒爾謹立即釋放馬明心，揚言若不依從，便要立即攻打蘭州城。其時，義軍有數千人，且士氣正旺，而蘭州城內空虛，只有清標兵八百名。勒爾謹和王廷贊都是虛有其表之徒，哪裡見過這等陣勢，嚇得不知所措。百無對策之下，勒爾謹只好一面派人緊急向朝廷求援，一面抱怨王廷贊不該抓來馬明心，以致引火燒身。這倒提醒了王廷贊，決意利用馬明心來退敵。
當時，蘇四十三正率軍猛攻蘭州城西門。王廷贊命人將馬明心押上城頭，用馬的兒子和女婿生命相威脅，要他勸蘇四十蘭退兵。結果，馬明心一出現在城牆上，城下的義軍立即都滾鞍下馬，向他跪拜，稱他為「聖人」，一起誦新教經。馬明心被逮捕後還遭受了苦刑，兩腮鬍鬚均被拔掉。城下義軍見他面容憔悴，均揮淚如雨，泣不成聲。於是，馬明心「俯向城下作番語數語，色甚厲，俄挽頭上巾擲城下」。
由於馬明心講的是「番語」，旁人不了解到底說了什麼，因而說法頗多。一種說法是馬明心遵從官府的要求，讓蘇四十三退兵，但因為距離太遠，蘇四十三沒有聽清；另一種說法是，馬明心不畏強權，臨危不屈，要求蘇四十三等人堅持抗清。但無論馬明心說的是什麼，城下義軍均是至恭至敬，尤其是揀到馬明心丟下的頭巾後均如獲至寶，爭相撫摩不已。王廷贊、勒爾謹等官員對此深以為懼，又見蘇四十三依舊圍城不走，擔心馬明心在蠱惑人心、妖言惑眾，一旦放虎歸山，勢必釀成更大禍亂，於是當眾將六十三歲的馬明心殺害。馬明心後被追尊為束海達伊，意為殉道者的領袖。
如此一來，事情再無斡旋餘地，蘇四十三率領義軍加緊攻城，要為馬明心報仇雪恨。王廷贊、勒爾謹等只能閉城苦守，等待援軍到來。此時，突然天降傾盆大雨，連日不絕，蘇四十三見一時無法得手，便暫時放棄攻城，率軍退駐華林山。甘肅官員素以「連年旱災」冒賑貪污，值此關鍵時刻，竟然是一場大雨挽救了他們，這不能不說是極大的諷刺。
就在王廷贊、勒爾謹等人恃城與義軍對峙、惶惶不可終日的時候，清廷緊急調派來支援的大軍前鋒已經趕到蘭州。這前鋒不是別人，正是眷寵日隆的和