魚類的鰾是一個好的例證，因為它明確地向我們闡明了一個高度重要的事實：即本來為了一種目的——漂浮——構成的器官，轉變成為了極其不同目的——呼吸——的器官。在某些魚類里，鰾又為聽覺器官的一種補助器。所有生理學者都承認鰾在位置和構造上都與高等脊推動物的肺是同源的或是理想地相似的：因此，沒有理由可以懷疑鰾實際上已經變成了肺，即變成一種專營呼吸的器官。
按照這個觀點就可以推論，一切具有真肺的脊椎動物是從一種古代的未知的具有漂浮器即鰾的原始型一代一代地傳下來的。這樣，正如我根據歐文關於這些器官的有趣描述推論出來的，我們可以理解為什麼咽下去的每一點食物和飲料都必須經過氣管上的小孔，雖然那裡有一種美妙的裝置可以使聲門緊閉，但它們還有落入肺部去的危險。高等脊椎動物已經完全失去了鰓，——但在它們的胚胎里，頸兩旁的裂縫和彎弓形的動脈仍然標誌著鰓的先前位置。但現今完全失掉的鰓，大概被自然選擇逐漸利用於某一不同的目的，是可以想像的；例如蘭陀意斯（Landois）曾經闡明，昆蟲的翅膀是從氣管發展成的；所以，在這個大的綱里，一度用作呼吸的器官，實際上非常可能已轉變成飛翔器官了。
在考察器官的過渡時，記住一種機能有轉變成另一種機能的可能性是非常重要的，所以我願再舉另外一個例子。有柄蔓足類有兩個很小的皮褶，我把它叫做保卵系帶，它用分泌粘液的方法來把卵保持在一起，一直到卵在袋中孵化。這種蔓足類沒有鰓，全身表皮和卵袋錶皮以及小保卵系帶，都營呼吸。藤壺科即無柄蔓足類則不然，它沒有保卵系帶，卵鬆散地置於袋底，外麵包以緊閉的殼；但在相當於系帶的位置上卻生有巨大的、極其褶皺的膜，它與系帶和身體的循環小孔自由相通，所有博物學者都認為它有鰓的作用。我想，現在沒有人會否認這一科里的保卵系帶與別科里的鰓是嚴格同源的；實際上它們是彼此逐漸轉化的。所以，無庸懷疑，原來作為系帶的、同時也很輕度地幫助呼吸作用的那兩個小皮褶，已經通過自然選擇，僅僅由於它們的增大和它們的粘液腺的消失，就轉變成鰓了。如果一切有柄蔓足類都已絕滅（而有柄蔓足類所遭到的絕滅遠較無柄蔓足類為甚），誰能想到無柄蔓足類里的鰓原本是用來防止卵被衝出袋外的一種器官呢？
另有一種過渡的可能方式，即是通過生殖時期的提前或延遲。這是最近美國科普教授（Prof．Cope）和其他一些人所主張的。現在知道有些動物在還沒有獲得完全的性狀以前就能夠在很早的期間生殖；如果這種能力在一個物種里得到徹底發展時，成體的發育階段可能遲早就要失掉；在這種情形里，特別是當幼體與成體顯著不同時，這一物種的性狀就要大大地改變和退化。有不少動物的性狀直到成熟以後，差不多還在它們的整個生命期中繼續進行。例如哺乳動物，頭骨的形狀隨著年齡的增長常有很大的改變，關於這一點，穆里博士（Dr. Murie）曾就海豹舉出過一些動人的例子；每個人都知道，鹿愈老角的分枝也愈多，某些鳥愈老羽毛也發展得愈美麗。科普教授說，有些蜥蜴的牙齒形狀，隨著年齡的增長而有很大的變化，據弗里茨·米勒的記載，在甲殼類里，不僅是許多微小的部分，便是某些重要的部分，在成熟以後還呈顯出新的性狀。在所有這種例子里，——還有許多例子可以舉出，——如果生殖的年齡被延遲了，物種的性狀，至少是成年期的性狀，就要發生變異；在某些情形里，前期的和早期的發育階段會很快地結束，而終至消失，也不是不可能的。至於物種是否常常經過或曾經經過這種比較突然的過渡方式，我還沒有成熟的意見；不過這種情形如果曾經發生，那末幼體和成體之間的差異，以及成體和老體之間的差異，大概最初還是一步一步地獲得的。
自然選擇學說的特別難點
雖然我們在斷言任何器官不能由連續的、細小的、過渡的諸級產生的時候必須極端小心，可是自然選擇學說無疑還有嚴重的難點。
最嚴重的難點之一是中性昆蟲，它們的構造經常與雄蟲和能育的雌蟲有所不同；但是關於這種情形將在下章進行討論，魚的發電器官提供了另一種特別難以解釋的例子；因為不可能想像這等奇異的器官是經過什麼步驟產生的。但這也用不到大驚小怪，因為甚至連它有什麼用處我們還不知道。在電鰻（Gymnotus）和電鯨（Torpedo）里，沒有疑問，這些器官是被用作強有力的防禦手段的，或者是用於捕捉食物的；但是在鷂魚（Ray）里，按照瑪得希（Matteucci ）的觀察，尾巴上有一個類似的器官，甚至當它受到重大的刺激時，發電仍然極少；少到大概不足以供上述目的的任何用處。還有，在鷂魚里，除了剛才所說的器官之外，如麥克唐納博士（Dr. Mell）曾經闡明的，近頭部處還有另一個器官，雖然知道它並不帶電，但它似乎是電鯆的發電器的真正同源器官。一般承認這些器官和普通的肌肉之間，在內部構造上、神經分布上和對各種試藥的反應狀態上都是密切類似的。再者，肌肉的收縮一定伴隨著放電，也是應當特別注意的。並且如拉德克利夫博士（Dr. Radcliffe）所主張的「電鯆的發電器官在靜止時的充電似乎與肌肉和神經在靜止時的充電極其相像，電鯆的放電，並沒有什麼特別，大概只是肌肉和運動神經在活動時放電的另一種形式而已」。除此以外，我們現在還沒有其他解釋；但是因為我們對於這種器官的用處知道的這樣少，並且因為我們對於現今生存的電魚始祖的習性和構造還不知道，所以要來主張不可能有有用的過渡諸級來完成這些器官的逐漸發展，就未免過於大膽了。
起初看來這些器官好像提供了另一種更加嚴重的難點；因為發電器官見於約十二個種類的魚里，其中有幾個種類的魚在親緣關係上是相距很遠的。如果同樣的器官見於同一綱中的若干成員，特別是當這些成員具有很不相同的生活習性時，我們一般可以把這器官的存在歸因於共同祖先的遺傳；並且可以把某些成員不具有這器官歸因於通過不使用或自然選擇而招致的喪失。所以，如果發電器官是從某一古代祖先遺傳下來的，我們大概會預料到一切電魚彼此都應該有特殊的親緣關係了；可是事實遠非如此。地質學也完全不能令人相信大多數魚類先前曾有過發電器官，而它們的變異了的後代到現在才把它們失掉。但是當我們更深入地觀察這一問題時，就可發現在具有發電器官的若干魚類里，發電器官是位於身體上的不同部分的，——它們在構造上是不同的，例如電板的排列法的不同，據巴西尼（Pai ）說，發電的過程或方法也是不同的，——最後，通到發電器官的神經來源也是不同的，這大概是一切不同中的最重要的一種了。因此，在具有發電器官的若干魚類里，不能把這種器官看作是同源的，只能把它們看作是在機能上同功的。結果，就沒有理由假定它們是從共同祖先遺傳下來的了；因為假使它們有共同的祖先，它們就應該在各方面都是密切相像的。這樣，關於表面上相同、實際上卻從幾個親緣相距很遠的物種發展起來的器官這一難點就消失了，現在只剩下一個較差的然而也還是重大的難點，即在各個不同群的魚類里，這種器官是經過什麼分級的步驟而發展起來的。
在屬於十分不同科的幾種昆蟲里所看到的位於身體上不同部分的發光器官，在我們缺乏知識的現狀下，給予我們一個與發電器官差不多相等的難點。還有其他相似的情形；例如在植物里，花粉塊生在具有粘液腺的柄上，這種很奇妙的裝置，在紅門蘭屬……
同一個發明一樣，在上述的幾種情形里，自然選擇為了各生物的利益而工作著，並且利用著一切有利的變異，這樣，在不同的生物里，產生出就機能來講是相同的器官，這些器官的共同構造並不能歸因於共同祖先的遺傳。
弗里茨·米勒為了驗證本書所得到的結論，很慎重地進行了差不多相同的議論。在甲殼動物幾個科里的少數物種，具有呼吸空氣的器官，適於在水外生活，米勒對其中兩個科研究得特別詳細，這兩科的關係很接近，它們的諸物種的一切重要性狀都密切一致：如它們的感覺器官、循環系統、複雜的胃中的叢毛位置、以及營水呼吸的鰓的構造，甚至清潔鰓用的極微小的鉤，都是密切一致的。因此，可以預料到，在屬於這兩個科的營陸地生活的少數物種里，同等重要的呼吸空氣器官應當是相同的；因為，一切其他的重要器官既密切相似或十分相同，為什麼為了同一目的的這一種器官要製造得不同呢？
米勒根據我的觀點，主張構造上這樣多方面的密切相似，必須用從一個共同祖先的遺傳才能得到解釋，但是，因為上述兩個科的大多數物種，和大多數其他甲殼動物一樣，都是水棲習性的，所以如果說它們的共同祖先曾經適於呼吸空氣，當然是極不可能的。因此，米勒在呼吸空氣的物種里仔細地檢查了這種器官；他發現各個物種的這種器官在若干重要之點