自然選擇——它的力量和人工選擇力量的比較——它對於不重要性狀的力量——它對於各年齡和雌雄兩性的力量——性選擇——論同種的個體間雜交的普遍性——對自然選擇的結果有利和不利的諸條件，即雜交、隔離、個體數目——緩慢的作用——自然選擇所引起的絕滅——性狀的分歧，與任何小地區生物的分歧的關聯以及與歸化的關聯——自然選擇，通過性狀的分歧和絕滅，對於一個共同祖先的後代的作用——一切生物分類的解釋——生物體制的進步——下等類型的保存——性狀的趨同——物種的無限繁生——提要。
前章簡單討論過的生存鬥爭，對於變異究竟怎樣發生作用呢？在人類手裡發生巨大作用的選擇原理，能夠應用於自然界嗎？我想我們將會看到，它是能夠極其有效地發生作用的。讓我們記住，家養生物有無數輕微變異和個體差異，自然狀況下的生物也有程度較差的無數輕微變異和個體差異；同時也要記住遺傳傾向的力量。在家養狀況下，可以確切地說，生物的整個體制在某種程度上變為可塑性的了。我們幾乎普遍遇見的家養生物的變異，正如胡克和阿薩·格雷所說的，不是由人力直接產生出來的；人類不能創造變種，也不能防止它們的發生；他只能把已經發生了的變種加以保存和累積罷了，人類在無意中把生物放在新的和變化中的生活條件下，於是變異發生了；但是生活條件的相似的變化可以而且確實在自然狀況下發生。我們還應記住，生物的相互關係及其對於生活的物理條件的關係是何等複雜而密切；因而無窮分歧的構造對於生活在變化的條件下的生物總會有些用處。既然對於人類有用的變異肯定發生過，那末在廣大而複雜的生存鬥爭中，對於每一生物在某些方面有用的其他變異，難道在連續的許多世代過程中就不可能發生嗎？如果這樣的變異確能發生（必須記住產生的個體比可能生存的為多），那麼較其他個體更為優越（即使程度是輕微的）的個體具有最好的機會以生存和繁育後代，這還有什麼可以懷疑的呢？另一方面，我們可以確定，任何有害的變異，即使程度極輕微，也會嚴重地遭到毀滅。我把這種有利的個體差異和變異的保存，以及那些有害變異的毀滅，叫作「自然選擇」，或「最適者生存」。無用也無害的變異則不受自然選擇的作用，它或者成為彷徨的性狀，有如我們在某些多形的物種里所看到的，或者終於成為固定的性狀，這是由生物的本性和外界條件來決定的。
有幾位著者誤解了或者反對「自然選擇」這一用語。有些人甚至想像自然選擇可以誘發變異，其實它只能保存已經發生的、對生物在其生活條件下有利的那些變異而已。沒有人反對農學家所說的人工選擇的巨大效果；不過在這種情形下，必須先有自然界發生出來的個體差異，然後人類才能依照某種目的而加以選擇。還有一些人反對選擇這一用語，認為它含有這樣的意義：被改變的動物能夠進行有意識的選擇；甚至極力主張植物既然沒有意志作用，自然選擇就不能應用於它們！照字面講，沒有疑問，自然選擇這一用語是不確切的；然而誰曾反對過化學家所說的各種元素有選擇的親和力呢？嚴格地實在不能說一種酸選擇了它願意化合的那種鹽基。有人說我把自然選擇說成為一種動力或「神力」；然而有誰反對過一位著者說萬有引力控制著行星的運行呢？每一個人都知道這種比喻的言詞包含著什麼意義；為了簡單明了起見，這種名詞幾乎是必要的，還有，避免「自然」一字的擬人化是困難的；但我所謂的「自然」只是指許多自然法則的綜合作用及其產物而言，而法則則是我們所確定的各種事物的因果關係。只要稍微熟習一下，這些膚淺的反對論調就會被忘在腦後了。
對正在經歷著某些輕微物理變化、如氣候變化的一處地方加以研究，我們將會極好地理解自然選擇的大致過程。氣候一發生變化，那裡的生物比例數幾乎即刻就要發生變化，有些物種大概會絕滅，從我們所知道的各地生物的密切而複雜的關係看來，可以得出如下的結論：即使撇開氣候的變化不談，生物的比例數如果發生任何變化，也會嚴重地影響其他生物。如果那地區的邊界是開放的，則新類型必然要遷移進去，這就會嚴重地擾亂某些原有生物間的關係。請記住：從外地引進來一種樹或一種哺乳動物的影響是何等有力；對此已有所闡明。但是，在一個島上，或在一處被障礙物部分環繞的地方，如果善於適應的新類型不能自由移入，則該處的自然組成中就會騰出一些地位，這時如果某些原有生物按照某種途徑發生了改變，它們肯定會把那裡填充起來；因為如果那區域允許自由移入，則外來生物早該取得那裡的地位了。在這種情形下，凡輕微的變異，只要在任何方面對任何物種的個體有利，使它們能夠更好地去適應改變了的外界條件，就有被保存下來的傾向；於是自然選擇在改進生物的工作上就有餘地了。
正如第一章所闡明的，我們有充足的理由可以相信，生活條件的變化，有使變異性增加的傾向；在上節所述的情形中，外界條件既變，有利變異發生的機會便會漸多，這對自然選擇顯然大大有利。如果沒有有利變異發生，自然選擇便不能發生作用，切勿忘記，「變異」這一名詞所包含的僅僅是個體差異。人類把個體差異按照任何既定的方向積累起來，就能使家養的動物和植物產生巨大的結果，同樣地，自然選擇也能夠這樣做，而且容易得多，因為它有不可比擬的長久期間去發生作用。我不相信必須有任何巨大的物理變化，例如氣候的變化，或者高度的隔離以阻礙移入，藉以騰出一些新的空位，然後自然選擇才能改進某些變異著的生物，而使它們填充進去。因為各地區的一切生物都以嚴密的平衡力量互相鬥爭著，一個物種的構造或習性發生了極細微的變異，常會使它比別種生物佔優勢；只要這個物種繼續生活在同樣的生活條件下，並已以同樣的生存和防禦的手段獲得利益，則同樣的變異就會愈益發展，而常常會使其優勢愈益增大。還沒有一處地方，在那裡一切本地生物現已完全相互適應，而且對於它們所生活於其中的物理條件也完全適應，以致它們之中沒有一個不能適應得更好一些或改進得更多一些；因為在一切地方，外來生物常常戰勝本地生物，並且堅定地佔據這片土地。外來生物既能這樣在各地戰勝某些本地生物，我們就可以穩妥地斷言：本地生物也會發生有利的變異，以便更好地抵抗那些侵入者。
人類用有計畫的和無意識的選擇方法，能夠產生出而且的確已經產生了偉大的結果，為什麼自然選擇不能發生效果呢？人類只能作用於外在的和可見的性狀；「自然」——如果允許我把自然保存或最適者生存加以擬人化——並不關心外貌，除非這些外貌對於生物是有用的。「自然」能對各種內部器官、各種微細的體質差異以及生命的整個機構發生作用。人類只為自己的利益而進行選擇：「自然」則只為被她保護的生物本身的利益而進行選擇。各種被選擇的性狀，正如它們被選擇的事實所指出的，都充分地受著自然的鍛煉。人類把多種生長在不同氣候下的生物養在同一個地方；他很少用某種特殊的和適宜的方法來鍛煉各個被選擇出來的性狀；他用同樣的食物飼養長喙和短喙的鴿；他不用特別的方法去訓練長背的或長腳的四足獸；他把長毛的和短毛的綿羊養在同一種氣候里。他不允許最強壯的諸雄體進行鬥爭，去佔有雌性。他並不嚴格地把一切劣等品質的動物都毀滅掉，而在力之所及的範圍內，在各個不同季節里，保護他的一切生物。他往往根據某些半畸形的類型，開始選擇；或者至少根據某些足以引起他注意的顯著變異，或明顯對他有利的變異，才開始選擇。在自然狀況下，構造上或體質上的一些極微細的差異，便能改變生活鬥爭的微妙的平衡，因此它就被保存下來了。人類的願望和努力只是片刻的事啊！人類的生涯又是何等短暫啊！因而，如與「自然」在全部地質時代的累積結果相比較，人類所得的結果是何等貧乏啊！這樣，「自然」的產物比人類的產物必然具有更「真實」得多的性狀，更能無限地適應極其複雜的生活條件，並且明顯地表現出更加高級的技巧，對此還有什麼值得我們驚奇的呢？
我們可以比喻地說，自然選擇在世界上每日每時都在仔細檢查著最微細的變異，把壞的排斥掉，把好的保存下來加以積累；無論什麼時候，無論什麼地方，只要有機會，它就靜靜地、極其緩慢地進行工作，把各種生物同有機的和無機的生活條件的關係加以改進。這種緩慢變化的進行，我們無法覺察出來，除非有時間流逝的標誌。然而我們對於過去的悠久地質時代所知有限，我們能看出的也只是現在的生物類型和先前的並不相同罷了。
一個物種要實現任何大量的變異，就必須在變種一旦形成之後，大概經過一段長久期間，再度發生同樣性質的有利變異或個體差異；而這些變異必須再度被保存下來，如此，一步一步地發展下去。由於同樣種類的個體差異反覆出現，這種設想就不應被看作沒有根據。但這種設想是否正確，我們只能看它是否符合併且能否