《山海經》按黃道十二宮、二十八星宿劃分方位，分為山經、海外經、海內經及大荒經四個部分。
山經：
山經指的是陸地，記錄沿途所經過的山脈、地勢、地理及動植物生態系統，分為南山經、西山經、北山經、東山經及中山經五個部分。顧名思義，這裡詳說的就是方位在南、在西、在北、在東及中部山脈的情形。
海外經：
海外經指的是水域，記錄居於正南、正西、正北及正東四個方向的地理情況及生態分布，共分四個部分：海外南經、海外西經、海外北經及海外東經。
海內經：
海內經指的是介於外海與內陸之間的水域，同樣分為四個部分：海內南經、海內西經、海內北經、海內東經。
大荒經：
大荒經遠在外海的大陸上，分為四個部分：大荒東經、大荒南經、大荒西經及大荒北經。除了這四部分之外，內陸還有一些不明水域，這部分的資料匯總為海內經。
需要說明的是，此書的山經部分，應該是遠古時代的文字記載，但是自從海經開始，包括了海外南經、海外西經、海外北經、海外東經、海內南經、海內西經、海內北經、海內東經、大荒東經、大荒南經、大荒西經、大荒北經及海內經等十三個部分，卻是源自於一幅古畫，是對圖畫上的人物與動物的文字性描述。這幅畫，很有可能就是漢宣帝時代在石穴中發現的那幅遠古壁畫。但是有關這幅圖畫的記載，卻與山經部分渾然天成，是一個整體。
由此可見，《山海經》一書應該是曾經失傳，但在漢宣帝時代又被「搶救」了回來。按照書中的記述，在內陸、內海、外海及大荒，不同地帶的動植物生態系統迥然有別，總結起來規律大致如下：
越往內陸，越是靠近內海，生物的進化程度越低，其中不乏原始物種。
越往遠處，越往大荒之外，生物的進化程度就越高，其中有很多未來物種。
越是進化程度高的物種，越是與我們的未來息息相關。
越是進化程度低的物種，越是與我們的傳統絲絲相扣。
在這裡，我們傳統文化的背景與生物進化理論形成了一個令人驚訝的悖論。
何以如此？
這正是我們需要在書中所要尋找的答案。