這場衝突的緣由可以上溯到明朝第一個來到中國的傳教士沙勿略。當時他懷有一腔雄心壯志，要將西方的基督理念推廣到中華帝國。他在澳門登陸，然後來到了廣州，引發了大面積的騷動，因為那是中國人第一次見到洋人。這個沙勿略的形貌太像佛經里的夜叉鬼了，遍體黃毛、金髮碧眼、眼窩深陷，怎麼看都像一個鬼物，廣州城萬人圍觀，竟把沙勿略活活看死了。
沙勿略死，利瑪竇生。這個利瑪竇是個義大利人。他生在沙勿略死的那一年，好像一種冥冥中的召喚，也許他就是沙勿略的轉世也未可知。
在幼年時期，利瑪竇就立下了宏願：要來東方傳教。他在明朝時候潛入了中國，化裝成各色人等——商人、和尚，什麼人他都敢化裝，秘密地傳播基督教。當時中國人對基督教也並非一無所知，要知道基督教最早傳入中國是在唐朝，當時它被稱為景教。基督教是一神教，它禁絕偶像崇拜，而中國人還停留在原始崇拜的基礎上，對祖宗神像磕頭，對孔子廟磕頭，而且山林湖泊到處都有神像，見廟就磕頭，這類偶像崇拜是基督教嚴厲禁止的。
但是利瑪竇在傳教的時候，原則非常寬鬆，你愛向誰磕頭就向誰磕頭，我不管你，你只要相信上帝就行了。利瑪竇的目的很明確：只要你信了主，「主話腳前燈」，天長日久你接受了我這個觀念，你也就不再進行偶像崇拜了。
利瑪竇之後，基督教事業在中國蓬勃發展。到了大明亡國、李自成的流寇沖入北京城的時候，有一名傳教士在北京，他就是湯若望。當時流寇要衝入湯若望的家中，湯若望手提鋼刀站在門前，把流寇都嚇壞了。湯若望長得金髮碧眼，這些流寇們殺的都是矮鼻子黃皮膚的中國人，突然見到這個人之後非常驚恐，無法確定他是人還是妖，大伙兒都繞道走。湯若望就這樣幸運地活了下來，後來歸隨了大清帝國。
當基督教在中國蓬勃發展的時候，教士們的內訌也起來了。因為利瑪竇的新規矩，導致了幾個流派的基督教義非常風行，有一些基督教士就看不下去了，他們就找教皇告狀，說現在中國的傳教士太不像話了，違背了我們主的意願，允許中國繼續偶像崇拜，這是對主的褻瀆，不能再這樣下去了。
當時教皇就問：你們說這話啥意思呢？那幫教士就說：很簡單，你現在應該給中國皇帝下一道命令，命令中國的基督徒放棄偶像崇拜。教皇就問：這個中國皇帝他會聽我的話嗎？那幫傳教士故意跟教皇說：他會聽的，你要知道，現在中國的這個皇帝就是我們傳教士立的，他怎麼能不聽我們的話呢？於是教皇腦袋一熱，就給康熙下了道命令，命令康熙停止中國基督教徒的偶像崇拜。當時康熙看了這個命令極為惱怒，心想我還沒找這幫蠻夷小洋鬼子的麻煩，他們倒是找上我來了。於是立即下令，驅逐所有的傳教士，全部趕到澳門去。這是康熙晚年的第一次禁絕教會。
這一道命令下達之後，各國的傳教士就展開了自我營救，其中有個葡萄牙傳教士叫穆景遠，這個人有政治頭腦，他跟康熙的十四子結成了政治聯盟，準備保康熙的十四皇子登基，並且為十四皇子設置了一套秘密聯繫密碼。但是最後登基的不是十四子，是四子雍正。雍正登基後，首先把十四阿哥這個與自己異母所生的親弟弟拘禁起來了，傳教士穆景遠也因此入獄。
穆景遠入獄之後，向他的祖國葡萄牙發出了求救信息，於是葡萄牙就派出了一支營救小分隊抵達了澳門。這支營救小分隊也沒有多少錢，恰好香港當時剛成立了一家銀行，由澳門政府擔保，從這家銀行貸了一筆款。
這支傳教士隊伍就來到了北京，跟馬爾嘎尼來華一樣，這支傳教士隊伍也是被要求磕頭，傳教士隊伍斷然拒絕。雍正是什麼態度呢？雍正竟許可了這些傳教士不磕頭，而且當雍正接見這些傳教士的時候，令在場的所有大臣都目瞪口呆，因為雍正的打扮是頭戴假髮，臉撲白粉，一撮小假鬍子，系著領結，穿著西裝皮鞋——假洋鬼子啊！
所以說不要說中國人愚昧，帝王雄踞於智者頂端，他們最早就跟世界接軌了，他們只是希望你繼續像原始人進化而已。最後，營救小分隊無功而返，穆景遠被雍正秘密處死在獄中。