如果說剷除鰲拜是康熙的第一次權謀試水的話，那麼吳三桂就是第二個犧牲品。前面已經敘述了吳三桂引清軍入關的一系列事件，除此之外，吳三桂還替清朝平定了南明王朝，所以他被封在雲南，坐鎮天南，手握雄兵。而到康熙執政的時候，吳三桂已經六十歲了。六十歲老頭可以退休抱孫子了，他已經不可能有任何政治野心，也不可能有任何軍事圖謀。但正是因為你吳三桂沒有這些野心和圖謀，康熙才要對你下手，你有的話康熙早跑了。
康熙的這種帝王智慧，是相當骯髒的，只欺負善良人、老實人。當時康熙對吳三桂是處處刁難，收繳他的大將軍印，強迫他離開雲南去遼東居住。康熙搞這一系列花樣，吳三桂最後的結果必然是躲無可躲，被他殺掉。
萬般無奈之下，終於爆發了吳三桂的起兵反清。
在這個事件中，其實透著吳三桂的性格悲劇。縱觀吳三桂的一生，他統兵百萬，征伐不斷，但是從來沒有屠城的記錄，他不殺老百姓。正是因為他沒有這樣做，所以才被康熙盯上。因為你善良，你善良你就以為別人也善良，可是你錯了，你身處在權力鬥爭的漩渦中，隨時有一個更險惡的政治權力在盯著你。
吳三桂不幸淪為這個政治權力的犧牲品，當殺人的刀子奔他去的時候，他已經躲無可躲了，只能被迫起兵。吳三桂的叛亂是清史康熙朝的一件大事，這次叛亂基本上徹底攪亂了康熙的天下。實事求是地說，在軍事實力的對峙上，康熙是不成熟的，不是吳三桂的對手。但是康熙有年齡優勢，他年輕著呢。康熙之所以選擇吳三桂做對手，也是精心算過他的年齡的——我算算你還能活幾天，估計你活不了幾天了，那我就這幾天欺負你，把你打成壞蛋；你反抗了正好可以指責你是壞蛋，你不是壞蛋你反抗什麼？等到你反抗的時候，我出動兵馬把你活活地耗死。
吳三桂等人起兵，史稱三藩之亂。在這三藩之亂中，靖南王耿精忠，平南王尚可喜，再加上台灣的鄭經，以及包括朝鮮等各方面勢力，都在配合吳三桂。最支持吳三桂的是大雪山的達賴，因為達賴到北京城參見皇帝的時候與吳三桂見過面，達賴最欣賞的就是吳三桂。一身武學的軍人，沒有絲毫的壞心眼，對老百姓是愛民如子，這樣的人佛家喜歡。
可佛家喜歡康熙不喜歡。在康、吳雙方軍事對峙的過程中，達賴前後給康熙寫過幾封信，要求康熙放棄跟吳三桂對抗的立場。可康熙怎麼會放棄？他和吳三桂已經大戰起來了，已經形成軍事對峙了。
就在雙方對峙的過程中，康熙再次暴露了他的一個性格。什麼性格呢？