日本前首相森喜朗曾公開宣稱過：「日本是以天皇為中心的神國」，引起輿論大嘩。其實早在此前日本泡沫經濟鼎盛的時候，前首相中曾根就發表過類似的意思：「日本種族是傑出的，因為自天照大神時代以來，日本人就像最好的純酒那樣純潔。」他將日本人與西方人比較，認為日本人在西方與法國人最接近，但優於法國人；美國人不如日本人聰明，美國的黑人、波多黎各人和墨西哥人降低了美國的總體文化水平。
日本政客以「失言」的方式吐露的真音其實並沒有多少新意。早在三百多年前，日本民族主義學者山鹿素行就稱日本為「中央之國」「本朝當天地之正，得地之中樞。」「雖然四海廣大而國家眾多，但無堪與本朝相比之國土，即使大唐，亦不如本朝之完美。」時過境遷，日本已是一個科學技術高度發達的國家，「神國」觀念依然幽靈般地糾纏著日本人，這是為什麼？
儘管在日本歷史中的很長一段時間裡，天皇都沒有掌握實權，不問人間世事。日本的歷史是動蕩的，充滿了野心勃勃的慘烈戰爭，讓外國人最為驚奇的是，天皇家族卻從未因此中斷過，雖然也不是沒有被臣子廢棄、謀害的天皇，可中國歷史上那種「今天李姓人當皇，明天朱家人稱皇」的情況卻始終未曾出現過。
本居宣長（1730-1801），是日本歷史上最著名的國學大師之一，他的學說對日本文化有著深遠影響，而「天皇統治，萬世一系」的說法，也由他正式提出。本居宣長不滿中國的朱子學在日本大行其道，希望重新確立日本文化的自主性，他認為日本有完全不受佛教和儒教浸染的獨特文化，這種文化才是日本文化的「真心」。
和本居宣長同時代的一些學者，比如上田秋成、津田左右吉等都先後指出了本居學說中的漏洞。從表面上看，日本天皇確實是「萬世一系」，菊花王朝堪稱世界上歷史最長的王朝，從建立至今，擁有著125位天皇，雖經過不少坎坷，卻從沒有被其他王朝取代過，直到今天依然存在。但深究起來，就會發現，「萬世一系」不過徒有其表罷了，天皇在絕大多數時間裡，都不是國家權力的中心。
在日本大化改新之後至明治維新的1200年間，天皇能夠親政的不過屈指可數的幾年。天皇雖然擁有了連中國皇帝難以比擬的「神權」，卻丟失了中國皇帝手裡望而生畏的實權。歷代天皇為了保全自己，不得不過起了「非人」的日子，為扮演「神」的角色捨棄人世間的快樂和權利。
與天皇相比，操控了實權的幕府、將軍和武士則必須為爭奪兵權而奮力廝殺，因為他們沒有「神權」作為護身符，手中的軍刀便成為唯一能說話的依靠。與中國走馬燈般的朝代更替不同，從唐朝後期至清朝的一千多年間，日本的歷史只是單線條地被劃分為兩個時代：一是在權臣藤原氏家族把持政權的「院政時代」，幾任天皇被迫退隱寺院，與青燈古佛為伴。二是在由武士階層掌握實權的「幕府時代」，國家大權更是掌握在武士們手中，他們為國家製法，還將朝內的敵對大臣驅逐出去，他們擁有全國大部分地區的軍權。從戰國時代開始，直到江戶時代，將軍都是日本實際權力的象徵，這一時期的天皇根本沒有政治權力。由此可見，由於中日古代史很早就分道揚鑣了，所以對於歷史的不同理解，其實從一千年前就已經鑄成了。
從日本自身的歷史來看，日本引進和模仿中國大唐制度的時期，其實到了「奈良時代」就大致上終結了。而奈良時代主要從大唐帝國主要引進兩個東西：一是天皇治下、以太政大臣為宰相的「紫微中台」儒教文官官僚制度，並頒布了「大寶律令」；另外一個其實就是佛教的傳入和隆盛。但是，這兩個引進的東西一開始在日本社會內部就嚴重「水土不服」，陷入劇烈的互相衝突、尖銳鬥爭。其實也正是它們之間的衝突，才導致了日本歷史上的「奈良盛世」的瓦解。
據中國學者韓毓海考證：公元764年，日本的女天皇醇仁因不滿太政大臣藤原氏的政策，轉而任用她十分寵愛的道鏡禪師擔任太政大臣，主理國政，藤原氏皇親貴族集團隨即被鎮壓，這一事件從而開啟了日本歷史上佛教干政的局面。
奈良時代的終結其實就是與這種貴族官僚和佛教僧侶之間的劇烈衝突有關。而隨後的「平安朝時代」（時間相當於中國的唐宋之間），日本的政治中心之所以要從奈良遷都於京都，其中一個重要原因，就是為了擺脫佛教僧侶對於奈良政權的控制。這就是為什麼——「平安朝時代」是以原來被和尚們鎮壓的藤原氏皇親貴族復辟，及皇親對於政治的控制達到高潮為標誌的。
從中國人的視角來看，日本平安朝時代藤原家族的攝政，其實就是典型的「外戚專政」。這裡還是有根本上不同的一點：中國歷史上少數的外戚干政，如王莽和霍光的統治非常短暫，很快被推翻，而藤原家族的統治卻長達一個多世紀，而且這種外戚專權還被充分地「制度化」了，這就指藤原家族創立的「攝關家」制度。根據這種特殊的制度：天皇由藤原家族生育、教養，天皇的舅舅、義父、外祖父都是藤原家族的家長。例如：其中藤原道長一人就將這三個角色集於一身，這位外戚貴族大權獨攬，他一個人「攝政」就長達52年之久。
「攝關家」制度自然導致了天皇與外戚的衝突，而恰恰又是天皇與外戚的長期尖銳衝突，最終才使得軍事貴族集團崛起和寺院勢力復活，它最終瓦解了奈良和平安朝時代確立的、類似於中國的「文官制度」。而日本歷史的主角：軍事貴族集團，這個時候終於「浮出了歷史地表」。
平安朝後期，天皇與外戚為了鞏固自身，都力圖藉助軍事貴族的力量在權力博弈中取勝，而雙方衝突的結果卻是：天皇和外戚在長期的衝突中兩敗俱傷，而被雙方拉攏、利用的軍事貴族集團卻在衝突中得利、脫穎而出。平安朝後期，以太政大臣和「攝關家」面目出現的文官官僚制度被軍事貴族集團所摧毀，而天皇隨後被徹底虛位，實際上等於被軟禁於京都，而日本的政權從此被一個極其強大的政治勢力所壟斷，這就是平安朝後期「軍事貴族集團」崛起的歷史根源。
鎌倉幕府時代其實也是日本與中國關係的一個轉折，由於蒙古入主中原，所以鎌倉幕府斷絕了與中國的關係，並成功地在海上藉助「颱風」的力量，抵抗了無堅不摧的蒙古鐵騎。擊敗蒙古極大地增加了新興的幕府制度的合法性，也使得日本是「神國」的神話從此得以流行。只是當蒙古的威脅不在的時候，日本內部中央幕府、地方大名、武士三者之間的矛盾卻尖銳地展開了。而三個軍閥一台戲，幕府——大名——武士這三股軍閥勢力之間的這台「武戲」長演不衰，從此主導了日本的政治歷史舞台。
1333年，掌握軍權的地方軍閥（大名）足利尊氏奉幕府之命討伐「天皇叛亂」，當時的醍醐天皇妄圖「複位」慘遭失敗，被幕府流放到歧隱小島，而他卻如拿破崙一般成功從島上逃脫，在討伐天皇的半路上，足利尊將軍效法北宋太祖趙匡胤，黃袍加身，突然調轉矛頭，對鎌倉幕府反戈一擊，摧毀了鎌倉幕府，進而在京都挾制天皇，建立了由地方大名主導的第二任幕府制度——室町幕府。
為中國人所知的一休和尚也是出生在這一個時代，一休法名一休宗純，真名「千菊丸」（因是天皇家族後代，而日本天皇自號神之後裔，故無姓），1394年1月1日生於京都，父親是後小松天皇，母親是日野中納言的女兒伊予局，一說是藤原顯純的女兒藤侍從。
當時的日本在幕府將軍足利義滿的統治下，結束了長達六十多年的南北對峙的局面，政權中心從鎌倉轉移到京都。由於一休的母親是被擊敗的南朝權臣藤原氏人，足利義滿逼迫後小松天皇將其逐出宮廷。足利義滿令一休從小就在京都安國寺出家，據日本史料記載，一休公開聲稱自己「淫酒淫色亦淫詩」，而且在1471年78歲時，遇到一個名叫森的盲女，彼此產生愛情。在題為《夢閨夜話》的詩中，一休這樣寫道：「有時江海有時山，世外道人名利間。夜夜鴛鴦禪榻被，風流私語一身閑」。當時的日本佛教、禪僧和女人私通更是公開的秘密。也曾流行這樣的諺語：「不為者佛，隱匿者上人」。
室町幕府時代是日本政治上的亂世，但卻是文化上的「盛世」。一方面，圍繞著後醍醐天皇的名義上的任命，日本南北兩個朝廷同時存在，並分別聲稱具有唯一的政治合法性，日本此時分裂為「南北朝」，進入到所謂的「戰國時代」；不過另一方面，雖然這個時代政治上一塌糊塗，地方勢力猖獗，因而在日本被稱為「下克上」的時代，但城市和商人階層卻與地方勢力同時發達起來。
隨著日本與中國明朝關係的恢複，中國的貨幣「永樂錢」傳入日本，日本從此進入了貨幣經濟時代，商人和手工業者的組織「座」（如今東京的「銀座」即根源於此）和貿易場所「市」，也就是從這個時代開始興盛。亂世的風氣往往是奢靡，而作為「亂世的哲學與美學」著名的京都金閣寺和銀閣寺，也都出自這個時