袁祟煥對毛文龍動了殺機，也是由來已久。
因為毛文龍不受他的節制。
不受他的節制，不肯聽從他的指揮，這種人留著幹什麼？
於是祟禎二年，袁祟煥親自視察皮島工作，前來閱兵。
毛文龍前來迎接，袁祟煥召呼他喝酒，兩人一喝就是大半夜，喝得五迷三瞪，興高采烈。
袁祟煥說：你看咱們倆，一個在岸上，一個在水裡，都是皇太極最忌禪的人，有了咱們在，滿清他不能越雷池一步，大明江山穩如磬石啊。
是啊是啊，毛文龍說：喝酒，喝酒。
袁祟煥繼續說：可是咱們兩個，老是配合得不好，如果能夠配合起來的話，那消滅皇太極匪幫，收復失去的國土，不過是舉手之勞而已，你說是吧？
是啊是啊，毛文龍說：喝酒，喝酒。
袁祟煥接著說：現在我負責遼東全面的軍務，說起來也算是你的領導了，所以呢，我打算把你的軍隊編製稍微的動一動，就是設置個監司，給你派個監軍，派個政委，有什麼事，咱們也好相互呼應，你說是不是？
是啊是啊，毛文龍說：喝酒，喝酒。
袁祟煥大喜：那我什麼時候可以把政委給你派過來呢？
是啊是啊，毛文龍說：喝酒，喝酒。
袁祟煥：……老毛，你什麼意思嗎？
是啊是啊，毛文龍說：喝酒，喝酒。
袁祟煥急了：毛文龍，難道你不想回家了嗎？
毛文龍終於抬起眼皮，笑道：老袁，你看你這個較真的樣子，跟你實說吧，等遼東的事情完了，消滅了皇太極匪幫之後，我老毛啊，就直接去朝鮮，朝鮮人民都等著我呢，去朝鮮做個大救星，弄個主體思想供朝鮮人民世代學習，這也蠻好。
你……袁祟煥哈哈大笑：喝酒，喝酒。
第二天，袁祟煥要走了，毛文龍率部將趕來給領導送行，到了地方，他的部將被擋在門外，單只讓他一個人進去。
進來之後，袁祟煥對著毛文龍下拜，說：你是為國家立過功勞的人，應該受我一拜。
拜過之後，袁祟煥直起腰來：來人，與我把毛文龍拿下。
親兵們一涌而入，剝除了毛文龍的冠帶，將他揪起來。毛文龍悲憤的大叫：袁祟煥，我有什麼罪，你敢這麼對待我。
袁祟煥說：你有十二樁殺頭的大罪，自己清楚嗎？
毛文龍冷笑：不用湊那麼多罪名，你能說出一條讓我心服口服的來就行。
袁祟煥道：你頭一樁罪，祖宗上傳下來的規矩，凡大將在外，一定由文臣監察。你專制一方，軍馬錢糧不受查核，該不該殺？
毛文龍冷笑：連這都成為了殺頭之罪，袁祟煥，我服了你，再讓我聽聽你拼湊出來的其它罪名。
你的奏報，全都是殺良冒功，這是欺君惘上，第二該殺之罪；
你聲稱牧馬登州，攻取南京，這是大逆不道，第三該殺之罪；
你搞那麼多軍餉，每個士兵每月卻只有三斗半米，私吞軍糧，第四該殺之罪；
你在皮島開辦集貿市場，建立經濟特區，私通外番，第五該殺之罪；
你部將幾千人，統統姓毛，你的轎夫穿著華貴的衣服，第六該殺之罪；
劫掠商船，官兵為盜，這是你第七該殺之罪；
強奪百姓子女，枉顧法紀，這是你第八該殺之罪；
逼迫難民去偷人蔘，不去的就將其活活餓死，第九該殺之罪；
拜魏忠賢為父，替他在皮島雕塑頭戴平天冠的巨大雕像，第十該殺之罪；
明明戰敗，謊報戰勝，第十一該殺之罪；
你鎮守皮島八年，未能收復一寸國土，這是第十二該殺之罪；
宣布完十二大罪，袁祟煥拿出尚方寶劍，問道：毛文龍，你還有何話可說？
毛文龍仰天長嘆：袁祟煥，你好象不懂法律耶，你看看你這十二條罪名，除了瞎掰就是胡扯，拜託，咱們以後說話講點證據，不要這樣不負責任好不好？
不好。
毛文龍被推出帳外。斬首。
毛文龍死，部下齊叛。