光緒二十一年夏五月朔，台灣人民自立為民主國，奉巡撫唐景崧為大總統。
初，朝鮮事起，沿海戒嚴，清廷以台灣為海疆重地，命巡撫邵友濂籌防務。友濂文吏也，不知兵，復以在籍太僕寺正卿林維源為會辦。維源淡水人，家巨富。既又命福建水師提督楊岐珍、南澳鎮總兵劉永福為幫辦，各帶勇渡台。二十年秋七月，永福率廣勇二營至台南。八月，岐珍亦率十營入台北，皆新募未練者。友濂檄提督張兆連統十三營駐基隆。基隆為台北門戶，炮台在焉。道員林朝棟統台勇守獅球嶺，以固台北之隘。提督李本清統七營駐滬尾，嗣以廖得勝代之，而台南悉委永福調度。部署方定，友濂辭職去，以布政使唐景崧署巡撫。景崧亦文吏，無遠略。澎湖為台之附庸，群島錯立，防守維艱。總兵周鎮邦率練勇八營駐防，復命候補知府朱上泮以四營協守，分汛水陸雷隊，警備沿岸。當是時，清軍疊敗，詔命永福北上，不行。已而威海、旅順次第失守，台灣亦岌岌可危。二十一年春正月，景崧奏曰：「台灣戒嚴以來，增防設備，一切情形，業經前撫臣邵友濂奏明在案。維日人今雖鴟張北洋，而其志未嘗一日忘台灣，時時游弋，測探海道，故台灣防備無異臨敵。而台南海上，霜降以後，波浪平靜，澎湖亦形勢俱重。恆春縣轄自大港口至鳳山枋藔，百有餘里，前時日人曾盤踞半載，熟悉地理，漢奸尚有存者。而該處未設炮台，且防營單薄，深恐敵兵乘虛上陸，故加意防禦。幫辦台灣防務南澳鎮總兵官劉永福與台灣鎮總兵官萬國本俱駐台南府城，遙制恆春。誠恐鞭長莫及，故以萬國本專備安平旗後一帶沿岸，劉永福專備鳳山東港以至恆春，兩鎮臣相距僅百餘里，事機仍足互商，各勒部曲，以專責成。
唯劉永福僅帶兩營，似不足以為布置，乃急派委員至廣東，添募四營。而恆春東港現在防營，悉歸節制，以一事權，汰其疲弱，以濟新募之餉。此則南路續辦防務之情形也。夫爭台灣者必爭澎湖，蓋以澎湖可泊兵船，以為根據。
若我不能保澎湖，則台灣陷於孤立，其勢難守。而澎湖之媽宮、西嶼，互相對峙，中隔海程二十里，最為扼要，現在練勇僅有八營，斷難兼顧。因派候補知府朱上泮帶勇四營並炮隊前往協防，又設水陸雷隊，分處要地。唯該處素乏米薪，一切糧餉軍裝，必須及時儲備，妥為接濟。現已竭力運往，俾無缺用。此則澎湖續辦防務之情形也。台中為南北之樞紐，民情本易動搖，從來分扎勇營，僅以彈壓地方，故以今日形勢而觀，必有堅整之兵，方足以扼守海口。茲將現在四營，汰弱補強，大加整頓。即調福建候補道員楊汝翼為統領，壁壘一新，以壯中權聲勢。此則中路續辦防務之情形也。然兵船既少，物力又艱，措置頗難，籌維兩月，方能就緒。而基隆、滬尾尤為台北之門戶，臣與提臣楊岐珍每事會商，鼓舞士氣，固結人心，以整防務。伏思台北港口紛歧，防營雖多，分布尚弱。又以財力有限，不能遠圖。炮台未密，軍械未精，目前猝難增易，自應隨時隨力，妥為設備。唯勿惜有形之財，以糜無形之財，勿損平時之備，以勞臨時之備，此則微臣之所不敢出者也。「
二月十九日，日本聯合艦隊司令長官海軍中將伊東祐亨率兵艦七艘、運船五艘破浪而來，陸軍大佐比志島義輝亦率步兵三千自佐世保而南，至澎湖。
二十七日早，以第一游擊隊突入猴角。拱北炮台見之，發炮擊，傷兩艦。而日軍別以小艇上岸，遂占尖山，再進太武山，後隊繼至，遂踞焉。朱上泮聞警，率定海營兵五百進戰，至太武社，前隊奮登。日軍以炮御，不能進。本隊復至，鏖戰數時，乃退。越日黎明，日軍攻大城山，別以一隊擊拱北炮台，清軍退於媽宮城外。先是，高千穗艦長海軍少佐丹治寬雄率陸戰隊二百四十名，攜機關炮三門，潛入龍門港，據拱北炮台之南，以扼圓頂歸路。既敗清軍，乘勝攻城，城兵潰，及午而陷。二十九日，日軍以炮擊西嶼，都司劉忠良死焉。遂搜豬母水村，守備郭俊山等率所部降。上泮敗後，乘漁舟走台南。
景崧怒，欲斬之。當是時，北洋清軍迭次敗績，詔以北洋大臣肅毅伯李鴻章為全權大臣，東渡議和，子經芳輔之。日廷以總理大臣伊藤博文、外務大臣陸奧宗光為全權，會於馬關春帆樓，提議六款，索割遼東、台灣。鴻章爭之，談論數日，許之。告博文曰：「台灣人民如不願從，授受之際，恐生事變，當與中國無涉。」對曰：「此我國之責也。」鴻章又曰：「台民素稱難治，聚眾戕官，視為常事。今聞割台之信，經已鼓噪，誓不易主。」曰：「貴國但將治權讓出，則治台之事，我國任之。」鴻章曰：「台灣官紳交涉事件紛繁，應於換約後六個月方可授受。」博文以為遲，乃定兩月，而割台之約成。
三月二十三日，各簽草約。其第二款曰：「清國將台灣全島及附屬各島嶼，又澎湖列島即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止，及北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼，永遠讓與日本。」又第五款曰：「本約批准互換之後，限二年之內，日本准清國讓與地方人民，願遷居於外者，任便變賣所有產業，退去界外。但限滿之後，尚未遷徙者，酌宜視為日本臣民。」當是時，台灣舉人會試在北京，聞耗，上書都察院，力爭不可。而台灣紳民亦電奏曰：「割地議和，全台震駭。自聞警以來，台民慨輸餉械，固亦無負列聖深仁厚澤，二百餘年之養人心正士氣，正為我皇上今日之用，何忍一朝棄之。
全台非澎湖之比，何至不能一戰。臣桑梓之地，義與存亡，願與撫臣誓死守御。若戰而不勝，待臣等死後，再言割地。皇上亦可上對列祖，下對兆民也。「
不報，詔飭守土官撤回。景崧即電劉永福，詢去就。復曰：「與台存亡。」
而獨立之議成，鎮、道、府、縣各納印去，提督楊岐珍亦率所部歸廈門。先是，巡撫王之春聘俄，道次巴黎，南洋大臣張之洞命以台灣質諸法，則法出有辭。未成，又欲以讓諸英，請主和局，密授其意於上海稅務司轉商英領事，遂達英政府。駐英公使龔照瑗亦見外務大臣，告以故。外務大臣謝之曰：「此非本大臣之忘情於貴國也，亦非敝國之卻地以示廉也。貴國惘惘而贈之，敝國昧昧而受之，於英無利，於華有害，是以辭也。」故當俄、德、法阻割遼東之時，而英特居局外也。
初二日，紳士丘逢甲率人民等公上大總統之章，景崧受之，建無永清，旗用藍地黃虎。以兵部主事丘逢甲為義勇統領，禮部主事李秉瑞為軍務大臣，刑部主事俞明震為內務大臣，副將陳季同為外務大臣，道員姚文棟為遊說使，使詣北京，陳建國情形。設議院，集紳士為議員，眾舉林維源為議長。辭不就，余亦不出，唯拔貢陳雲林、廩生洪文光、街董白其祥數人就職，以議軍國大事。於是布告全台，照會各國領事，並為檄內外曰：「我台灣隸大清版圖二百餘年，近改行省，風會大開，儼然雄峙東南矣。乃上年日本肇釁，遂至失和，朝廷保兵恤民，遣使行成，日本要索台灣，竟有割台之款，事出意外。聞信之日，紳民憤恨，哭聲震天，雖經唐撫帥電奏迭爭，並請代台紳民兩次電奏，懇求改約，內外臣工，俱抱不平，爭者甚眾。無如勢難挽回，紳民復乞援於英國，英泥局外之例，置之不理。又求唐撫帥電奏，懇由總理各國事務衙門商請俄、法、德三大國，並阻割台，均無成議。嗚呼慘矣！查全台前後山二千餘里，生靈千萬，打牲防番，家有火器，敢戰之士，一呼百萬，又有防軍四萬人，豈甘俯首事仇。今已無天可吁，無人肯援，台民惟有自主，推擁賢者，權攝台政。事平之後，當再請命中國，作何辦理。倘日本具有天良，不忍相強，台民亦願顧全和局，與以利益。惟台灣土地政令非他人所能干預，設以干戈從事，台民惟集萬眾御之，願人人戰死而失台，決不願拱手而讓台。所望奇材異能，奮袂東渡，佐創世界，共立勛名。至於餉銀軍械，目前盡可支持，將來不能不借貸內地。不日即在上海、廣州及南洋一帶埠頭開設公司，訂立章程，廣籌集款。台民不幸至此，義憤之倫，諒必慨為佽助，泄敷天之恨，救孤島之危。並再布告海外各國，如肯認台灣自立，公同衛助，所有台灣金礦、煤礦，以及可墾田可建屋之地，一概租與開闢，均沾利益。
考公法讓地為紳士不允，其約遂廢。海邦有案可援，如各國仗義公斷，能以台灣歸還中國，台民亦願以台灣所有利益報之。台民皆籍閩、粵，凡閩、粵人在外洋者，均望垂念鄉誼。富者挾貲渡台，台能庇之，絕不欺凌。貧者歇業渡台，既可謀生，兼同泄憤。此非台民無理倔強，實因未戰而割全省，為中外千古未有之奇變。台民欲盡棄其田裡，則內渡後無家可依。欲隱忍偷生，實無顏以對天下，因此槌胸泣血，萬眾一心，誓同死守。倘中國豪傑及海外各國能哀憐之，慨然相助，此則全台百萬生靈所痛哭待命者也。特此布告中外知之。「當是時，全台之兵，土客新舊為數三百數十營，每營三百六十人。
景崧既駐台北，以逢甲率所部戍附近，備策應。提督張兆連駐基隆，總兵陳永隆駐滬尾，道員林朝棟率棟軍