康熙二十二年秋八月，清人既得台灣，廷議欲墟其地。靖海侯將軍施琅不可，疏曰：「台灣北連吳會，南接粵嶠，延袤數千里，山川峻峭，港道紆迴，乃江、浙、閩、粵四省之左護。隔澎湖一大洋，水道三更。明季設水帥標於金門所，出泛至澎湖而止，水道亦有七更。台灣一地，原屬化外，土番雜處，未入版圖也。然其時中國之民潛至，生聚於其間者，已不下萬人。鄭芝龍為海寇時，以為巢穴。及崇禎元年，芝龍就撫，將此地稅與紅毛，為互市之所。紅毛遂聯絡土番，招納內地人民，成一海外之國，漸作邊患。至順治十八年，為鄭成功所攻破，盤踞其地，糾集亡命，窺伺南北。及其孫克塽，六十餘年無時不仰厪宸衷。臣奉命征討，親歷其地，備見野沃土膏，物產利溥，耕桑並耦，漁鹽滋生，滿山皆屬茂樹，遍處俱植修竹。硫磺水藤，糖蔗鹿皮，以及一切日用之需，無所不有。向之所少者布帛爾，茲則木棉盛出，經織不乏。且舟帆四達，絲縷踵至，飭禁雖嚴，終難杜絕。實肥饒之區，而險阻之域也。一旦納土歸命，此誠天以未辟之方輿，資皇上東南之保障，永絕邊海之禍患，豈人力所能致哉。夫地方既入版圖，民番均屬赤子，善後之計，尤宜周祥。此地若棄為荒陬，復置度外，則今台灣人居稠密繁息，農工商賈各遂其利，一行徙棄，安土重遷，失業流離，殊費經營，實非長策。況以有限之船，渡無限之民，非閱數年，難以報竣。使載渡不盡，苟且塞責，則深山窮谷，竄伏潛匿，實繁有徒，和同土番，從而嘯聚。假以內地之逃軍流民，急則走險，糾黨為患，造船制器，剽掠海濱。此所謂藉寇兵而齎盜糧，固較著也。且此地原為紅毛所居，無時不在貪涎，亦必乘隙以圖。一為所有，彼性狡黠，善為鼓惑。重以來販船隻，製作精堅，從來無敵于海外。若得此數千里之膏腴，必倡合黨伙，竊窺邊場，迫近門庭，此乃種禍。將來沿邊諸省，斷難晏然無虞。至時動師遠征，兩涉大洋，波濤不測，恐未易建成效。
如僅守澎湖而棄台灣，則澎湖孤懸海外，土地卑薄，異於台灣，遠隔金、廈，豈不受制於人。是守台灣即所以固澎湖也。台、澎聯為臂指，沿海水師汛防嚴密，各相犄角，聲氣關通，應援易及，可以寧息。昔日鄭氏得以負抗者，以台灣為老巢，澎湖為門戶，四通八達，任其所之，我之舟師往來有阻。今地方既為我得，官兵棋布，風期順利，片帆可至，雖有奸萌，不敢複發。臣業與部臣、撫臣會議，而部臣、撫臣未履其地，棄留未決。臣閱歷周詳，則不敢遽議輕棄也。且海氛既靖，內地溢設之兵，盡可陸續裁減，以之分防颱、澎兩處。台灣設總兵一員，水師副將一員，陸師參將二員，兵八千名。澎湖設水師副將一員，兵二千名。計兵一萬，足以固守，又無添兵增餉之費。其防守總兵、副、參、游等官，定以三年或二年轉升內地，無致久任，永為成例。然當此地方初辟，正賦雜餉似宜蠲豁。現在一萬之兵食，權行全給，三年後開徵，可以在需。抑且寓兵於農，亦能濟用，可以減省，無盡資內地之轉輸也。蓋籌天下之形勢，必求萬全。台灣一地雖屬外島，實關要害，無論彼中耕種，猶能少資兵食，固當宜留。即為不毛之壤，必藉內地輓運，亦斷不可棄。棄留之際，利害攸關。臣思棄之必釀成大禍，留之誠永固邊疆。是以會議具疏之外，不避冒瀆，以其利害自行詳陳。「詔曰可。設府一縣三，隸福建。府曰台灣，附郭亦曰台灣。南曰鳳山，北曰諸羅。而澎湖置巡檢，設台廈兵備道，駐府治，兼理提督、學政、按察使、司事，分泛水陸，為海疆重鎮矣。十一月，雨雪，堅冰寸余。
二十三年春，文武皆就任。乃大戶稅畝，有田七千五百三十四甲，園一萬零九百十九甲，戶一萬二千七百二十七，口一萬六千八百二十人。琅奏請減賦，下旨再議。於是奏定上則田每甲征粟八石八斗，園四石，每丁征銀四錢七分六厘，著為例。初，延平郡王成功克台之歲，清廷詔遷沿海居民，禁接濟。至是許開海禁，設海防同知於鹿耳門，准通商，赴台者不許攜眷。琅以惠、潮之民多通海，特禁往來。是年建台灣、鳳山兩儒學。
二十四年，建台灣府儒學，就鄭氏舊址擴而大之，中為大成殿，祀孔子。
以春秋上丁，行釋菜之禮。
二十五年，總督王新命、巡撫張仲舉奏准，歲進文武童各二十名，科進文童二十名，廩膳生二十名，增廣生如之，歲貢一人。
二十六年，台人始應福建鄉試。
二十七年，始鑄康熙錢。明太僕寺卿沈光文卒於諸羅。
二十八年。
二十九年冬，大有年。
三十年秋八月，大風，壞屋碎船。
三十一年，停鑄康熙錢。
三十二年冬，大有年。
三十三年初，修《台灣府志》成。
三十四年，知府靳治揚始設熟番社學。
三十五年秋七月，新港吳球謀起事，不成，被殺。
三十六年，仁和郁永河始至北投煮磺，遍歷番社。
三十七年。
三十八年春二月，吞霄土官卓個卓霧亞生作亂。夏五月，淡水土官冰冷亦起應。秋七月，水師至淡水，執冰冷殺之。八月，署北路參將常泰以岸里番擊吞霄，禽卓個卓霧亞生以歸，斬於市。
三十九年，詔賜明延平郡王鄭成功及子經歸葬南安，置守冢，建祠。
四十年冬十二月，諸羅劉卻起事，毀下茄苳營，附近熟番亦亂。伐之，卻敗走。
四十一年。
四十二年春二月，劉卻復謀起事，不成，被殺。
四十三年，建崇文書院。
四十四年冬，飢，詔蠲三縣糧米。
四十五年，建諸羅縣學。
四十六年冬，飢，詔蠲糧米十分之二。
四十七年，泉州人陳賴章與熟番約，往墾大佳臘之野，是為開闢台北之始。
四十八年。
四十九年，始設淡水防兵，定三年一換。
五十年，建萬壽宮於府治。
五十一年，詔蠲本年租谷。
五十二年，詔以五十年丁冊為準，滋生人口，永不加賦。北路營參將阮蔡文親赴竹塹、大肚諸社，撫慰番黎。
五十三年夏，郡治太火，毀數百戶。秋大旱，詔蠲台、鳳兩縣租谷十分之三。是年命天主教神甫買剌來台，測量經度。
五十四年，總督滿保奏言：「台灣遠屬海外，民番雜處，自入版圖以來，所有鳳山縣之熟番力力等十二社，諸羅縣之熟番蕭壠等三十四社，數十餘年，仰邀聖澤，俱各民安物阜，俗易風移。今據台灣鎮道詳報，南路生番山豬毛等十社，四百四十六戶，北路生番岸里等五社，四百二十二戶，俱各傾心向化，願同熟番一體內附。每年各願納鹿皮五十張，各折銀十二兩，代輸貢賦，載入額編，就台充餉。此外不得絲毫派擾，以彰懷遠深仁。」詔可。自後生番多內附。
五十五年夏五月，福建巡撫陳璸奏言防海之法，岸里社土目阿穆請墾貓霧拺之野，諸羅知縣周鍾瑄許之。是為開闢台中之始。
五十六年冬，飢，詔蠲本年租谷十分之三。
五十七年。
五十八年初，修《鳳山縣誌》成。
五十九年，建海東書院。冬十月朔，地大震。十二月八日，地又震，凡十餘日，壞屋殺人。詔免番民銀米。
六十年夏五月，朱一貴起事岡山，破府治，總兵歐陽凱、副將許雲皆死，南北俱應。一貴稱中興王，建元永和，復明制。總督滿保聞報，馳赴廈門，檄南澳鎮總兵藍廷珍出兵，會水師提督施世驃伐台。六月，克鹿耳門，迫府治。一貴戰不利，被禽，械至京，磔之，餘黨亦漸平。八月，大風壞民居，天盡赤，軍民多溺死。詔蠲征谷，發帑振恤。時廷議移台鎮總兵於澎湖，而設陸路副將於府治，裁水陸兩中營歸內地。廷珍力爭不可，為書滿保止之，提督姚堂亦以為言，乃罷議。特命滿、漢御史各一員，歲巡台灣，察民疾苦。
六十一年夏五月，御史吳達禮、黃叔敬至自京師。滿保以沿山一帶，易藏姦宄，命附山十里以內民居，勒令遷徒。自北路起至南路止，築長城以限之，深鑿濠塹，永以為界，越界者以盜賊論。廷珍復上書止之，乃飭沿山各隘立石為界，禁民深入。是年阿里山、水沙連各社番皆就撫。夏，鳳山、赤山裂，火光丈余。
雍正元年，詔曰：「台灣自古不屬中國，我皇考神武遠屆，拓入版圖，末年朱一貴倡亂，攻陷全台，諸臣夙稟方略，士卒感戴教養之恩，七日克複。
當皇考春秋高邁，威播海外，所有立功將士，其各加等議敘。「於是增設彰化縣及淡防廳，升澎湖巡檢為海防同知，添置防兵，以守南北，而台灣之局勢漸展矣。是年傀儡番亂，討之。
二年，詔蠲康熙十八年至五十年各省舊欠銀米等項，給台灣換班兵丁家眷口糧。是年初，修《諸羅縣誌》成。
三年，詔豁番婦丁稅。
四年初，台灣之鹽，歸民曬用，但征