接下來的日子裡，方正帶著三個小鬼過的很清閑，碇源堂就沒這麼清閑了。國聯連續幾次召集他前往聯合國總部進行報告，要求碇源堂給出解釋。同時各個國家的組織和機構也開始收集有關「天道宮」的信息和線索。
事實上，國聯已經有了封存NERV總部的計畫，但是SEELE滲透的力量足夠強大，因此到現在為止還沒有什麼變化。
不過方正知道，過不了多久，情況就會發生改變了。
因為他接到了葛城美里的電話。
「上面已經決定了第五適格者，由你負責接手。」
「哦？」
聽到手機那邊葛城美里的聲音，方正挑了下眉頭。
「他的名字是？」
「渚薰。」
「呵呵。」
聽到這個名字，方正呵呵一笑，接著他轉了轉眼睛。
「我明白了，葛城一尉……對了，你有時間的話，不如和我一起去接他怎麼樣？」
「我？」
面對方正的邀請，葛城美里顯然有些意外。不過她思考了片刻，隨後點了點頭。
「好的，正巧我這段時間也有空。」
「那麼我去接你。」
一面說著，方正一面掛掉了手機，然後走出了房間。
「喲，小傢伙們，今天沒事吧，跟我出去一趟。」
「沒事。」
聽到方正的詢問，碇真嗣搖了搖頭，而綾波麗則默默的站起身來，明日香好奇的轉過頭，望向方正。
「不過方正，我們這是要去哪兒？」
面對明日香好奇的詢問，方正則是微微一笑。
「去見個人。」
「？？？」
雖然有些疑惑，不過三人還是乖乖跟著方正乘車出門，他們先接上了葛城美里，接著方正一腳油門就朝著第三新東京市郊外駛去。
「喂。」
坐在後排的正中間，明日香看看自己左右兩邊的綾波麗和碇真嗣，最後還是伸出手去，拉了拉碇真嗣的衣服。
「你說方正帶上美里幹嘛？」
「我不知道……」
碇真嗣到現在和葛城美里多少也有些尷尬，因此面對明日香的詢問只是搖了搖頭。
「你說，該不會是方正和美里暗中交往了吧。」
看著坐在副駕駛座上的葛城美里，明日香腦洞大開。
「他會不會打算找個地方，讓我們做個見證，然後向美里求婚……好疼！第一，你掐我幹嘛？」
「抱歉。」
綾波麗默默的收回了手。
「我不是故意的……」
「……呼……好吧，我就相信你不是故意的。」
吹了下被掐紅的手背，明日香也是沒好氣的瞪了一眼綾波麗，沒有多說什麼。
而就在這個時候，正在開車的方正說話了。
「反正還有點兒時間，不如我現在來給你們上一堂課吧。」
「課？」
「不錯。」
一面說著，方正呵呵一笑。
「歷史課。」
「？？？」
聽到這裡，眾人都是不由一愣，不過他們還沒有多說什麼，只見方正就已經自顧自的說了下去。
「這要從很久很久以前說起了，當時，這個地球上並沒有人類，就如同我們在考古學界發現的那樣，那個時候是由恐龍主宰這個世界……嗯，如果不是出現了一個小小的意外，也許這個世界原本會被擁有智慧的恐龍給佔領也說不定。不過可惜的是，這些恐龍的運氣不太好，因為有兩個不速之客，來到了這個星球。」
說到這裡，方正望向眼前的天空，事實上，通過《囁告篇幟》，他已經知道了這個世界所發生的一切。
「用現在的話來說，我們可以稱它們為外星生物，其中一個是亞當，而另外一個則是莉莉絲。」
聽到這裡，葛城美里頓時面色一變，她轉過頭去，死死的盯視著方正，不過方正卻毫無所覺，繼續開口說道。
「亞當和莉莉絲分別代表著兩種生命的發展方向，亞當代表的是個體的極限，而莉莉絲則代表著群體的智慧。所謂一山不容二虎，雙方為了爭奪主導權進行了一場大戰，最終，莉莉絲擊敗了亞當，將其封印了起來。而他們之間的戰鬥，也導致了第一次衝擊——以及恐龍的滅亡。」
說到這裡，方正不由有些唏噓，事實上人類對使徒，嚴格來說算是「內戰」，因為無論是亞當還是莉莉絲，其實都是秩序女神投放的。畢竟就像做科研一樣，不可能一條路走到黑，各種方式方法都要探索不是？
在珂朵莉的世界裡，秩序女神是想要尋求把混沌生物重新轉化為秩序生物，因此讓星神封印那些獸的力量，將其轉化為了人類。當然，最後結果也知道了，星神的靈魂不足以繼續維持人類的存在，導致人類重新獸化，世界破滅。
而在這個世界，秩序女神顯然是想要看看極限個體與群體智慧之間究竟哪種秩序更加有效。結果就是亞當失敗了，莉莉絲獲得了勝利。
「在這之後，亞當的本體被封印，其他部分化為碎片分散各地陷入了沉睡。而莉莉絲也創造出了人類……作為群體智慧的代表性生物。事實上，原本這個故事就應該到此為止了。」
說到這裡，方正看了一眼身邊的葛城美里。
「直到第二次衝擊的發生。」
聽到「第二次衝擊」這個詞，葛城美里的神情微微一變，接著她強迫自己望向窗外。反倒是碇真嗣愣了一下，不由的開口詢問道。
「但是老師不是說第二次衝擊是隕石墜落造成的嗎？」
「你是笨蛋嗎？」
明日香頓時教訓起了碇真嗣。
「那隻不過是用來掩人耳目的借口而已，事實根本不是這樣……你作為EVA駕駛員，起碼也要知道一些這方面的事情吧。你說對嗎？第一？」
「……」
對於明日香的詢問，綾波麗只是微微點了點頭，沉默不語的盯視著方正。
「沒錯，第二次衝擊和隕石沒什麼關係，事實上第一次衝擊也不是因為隕石才造成恐龍滅絕的……好了，不過在這之前，我要給你們說說一個叫做SEELE的組織。」
「SEELE？！」
對於這個名字，明日香和碇真嗣也是立刻打起了精神，因為之前那個紅馬尾女孩就曾經說過「SEELE」的存在，而眼下方正又提到了這個名字，這讓兩人意識到，方正這次帶他們出門，絕對不是為了野餐或者欣賞風景的。
「沒錯，在第二次衝擊之前，世界的秩序並不是像現在這樣，當時的SEELE說白了也就是個見不得光的宗教組織，就和什麼光明會或者類似的團體一樣，捧著本幾百上千年前不知道誰腦抽風了寫出來的胡言亂語當做聖典，而且為此奮鬥終生……嗯，說白了就是隱藏在背地裡的邪教團體罷了。」
說到這裡，方正呵呵一笑，透過後視鏡望向碇真嗣。
「真嗣，別以為這件事和你沒有關係，事實上，你的母親就曾經受到過SEELE的資助，這也是你的父親接近她的原因。」
「哎？！！」
聽到這裡，真嗣頓時驚呆了。
「方正先生，你說，你說我的母親她……是那個……」
「當然，我不是說你的母親是個壞人。雖然在我看來SEELE是個神經病邪教團體，但是那個時候對方表面上也就是一個類似公益基金會的機構，它會贊助一些看起來頗有前途的研究人員，而當時你的母親就是在冬月教授手下做研究時，得到了SEELE的資助。」
「你是指冬月副司令？」
這會兒葛城美里也震驚了，她可從來沒有想過居然還會有這種事情。
「至於碇源堂……我不知道他在想什麼，但是當時他就是為了和SEELE搭上線，因此與你的母親碇唯產生了聯繫，最終兩人結婚生子……那就是你了。」
說到這裡，方正掃了一眼葛城美里。
「葛城一尉，你或許還不知道，當時的碇源堂也在你的父親……葛城教授的調查隊里，而且，就在第二次衝擊的前一天，碇源堂帶著所有的調查資料離開了調查隊。或者說……就在碇源堂離開調查隊的一天之後，第二次衝擊發生了。」
「你的意思是……」
葛城美里也不是笨蛋，當時只不過是她年紀還小罷了，但是現在，在聽方正說了這些之後，她似乎也意識到了什麼，緊握雙拳。
「沒錯，第二次衝擊並不是意外，甚至不是官方文件中所謂的意外。」
方正再次打了把方向盤。
「事實是，SEELE的議長基路·洛倫茲通過遠程操縱的方式，故意解除了亞當的封印，引發了第二次衝擊。因為對於他們所謂的『人類補完計畫』而言，第二次衝擊是必要的……」
「砰！！！」