伴隨著第五使徒的毀滅，NERV總部的危機暫時被解除了。對於大多數人來說，他們很快就恢複了原本平靜正常的生活。
但是對於赤木律子等人來說可就不是這樣了，在那天之後，赤木律子就幾乎廢寢忘食，想要搞清楚，當時擋住了第五使徒那一擊的究竟是什麼！！
那不是AT力場，也不像是任何目前已知的科學手段能夠解釋的現象，甚至在對當時的觀測數據進行了一次又一次的解析之後，赤木律子只能夠得出一個讓她自己都不相信的結論——那就是在那個神秘的藍色光盾出現的時候，四周的一切物質彷彿都停止了變化，就好像強行被人為的凝固了一樣，形成了某種無法被解析的神秘構造。
而在這種構造下，別說是第五使徒的那次攻擊了，就是把那攻擊威力疊加十倍都不可能摧毀這面防護屏障！
這一點兒都不科學啊！那股神秘的能量來源在哪兒？它是如何進行作用的？為什麼無法被觀測到？
赤木律子百思不得其解，技術部的人更是頭髮都快掉光了也沒找出原因所在。至於綾波麗自然也被留在了總部，進行各種各樣的調查和身體檢查。不過結果也沒有太大變化，畢竟當時的綾波麗所做的事情全部都有記錄，至少從表面來看，綾波麗並沒有做什麼特別奇怪的事情，EVA的操縱記錄也很正常……
目前綾波麗還被留在總部接受調查，不過方正並不擔心她的安全。畢竟方正可是給綾波麗身上施加了安全防護的，如果那些白痴真的蠢到敢傷害綾波麗，那麼方正大不了直接撕破臉皮弄死他們罷了。
區區一個NERV罷了，就是把這個世界的所有戰鬥力加起來，都比不上方正一根手指，目前方正之所以選擇從暗中推動，只是因為這樣比較容易建立後時代的秩序。畢竟如果能夠徹底掃除SEELE和NERV的話，那麼接下來這個世界的地球依舊可以按照自己的方向慢慢發展，簡單來說就是善後比較方便。
但是如果讓方正直接出手的話，就意味著天道宮的全面干涉，就好像外星人試圖統治地球一樣……多少善後會有些麻煩就是了。
簡單來說就是，目前方正只想要解決目前這個世界的危機，但是不希望給他們搞售後。
但是如果NERV作死的話，那麼方正不介意連售後服務一起給他們搞了。
也正因為如此，在赤木律子在總部對著綾波麗和一堆無法言明的數據苦惱之時，方正已經帶著碇真嗣連同葛城美里一起來到了太平洋上空。
在這裡，他們將和太平洋艦隊匯合，然後接收被送到日本的EVA二號機。
藍天，白雲，碧波。
走下直升機，看著眼前的太平洋艦隊，方正打了個哈欠，而碇真嗣這會兒也走了下來。
「方正先生。」
「嗯？什麼事？真嗣？」
「那個……綾波她……沒事吧。」
「沒事。」
面對碇真嗣的詢問，方正笑著擺了擺手。
「赤木博士那邊好吃好喝供著她呢，而且她也不用擔心吃肉了。」
「哈哈哈……」
聽到方正的回答，碇真嗣露出了一絲苦笑，他也知道方正說的沒錯，在家裡方正為了引誘綾波麗吃肉，也是每天都會上一道葷菜，更要命的是做的還很好吃。碇真嗣倒是不在意這些問題，反正他吃的再多也會在之後的鍛煉里消化的乾乾淨淨，不吃簡直對不起自己。
而綾波麗顯然就不這麼「瀟洒」了，她是真的不喜歡吃肉，但是方正又一直勾引她吃肉，這讓綾波麗很無語……
現在方正帶著碇真嗣出差了，綾波麗也不用糾結吃肉了，可謂皆大歡喜。
那邊葛城美里去和太平洋艦隊的司令進行緊急用電源的交割，而這邊方正也帶著碇真嗣遇到了這部作品之中的第二個女主角。
「你就是第三適格者？」
穿著米黃色連衣裙的少女驕傲的抬起頭來，注視著眼前的碇真嗣，得意的抬起了下巴。
「我是第二適格者，惣流·明日香·蘭格雷，還請多指教啊。」
「你好。」
哪怕經受過方正的地獄式斯巴達訓練，碇真嗣的本質依舊是個自閉宅男，面對眼前這個意氣風發的少女，他多少還有些不太自在。
「我是碇真嗣。」
「嗯……」
看著眼前的碇真嗣，明日香皺起眉頭，仔細審視了一下。
「看起來倒還像是那麼回事吧，比照片上像樣多了。」
這也是當然的，從碇真嗣「落到」方正手裡到現在，也差不多有一個月了，十四歲的少年，正是長身體的時候，又天天被方正用斯巴達訓練打磨著，此刻的碇真嗣早已經和原著動畫里那個瘦弱的自閉少年有了區別。
原本在動畫里，雖然是同歲，但是碇真嗣的身高卻是三人中最矮的一個，明日香經常罵他是「小鬼」也是這個原因。但是現在，經過方正的「教導」之後，碇真嗣的身高已經竄到了一米六，算是三個人里最高的，而且他的身材也發生了變化，雖然並沒有八塊腹肌安天下那麼誇張，至少起碼看起來給人的感覺就是一個健壯的男人，走路也不再是彎腰駝背，而是挺直了身子……別的不說，起碼氣勢是有了。
「你好，明日香。」
方正這會兒也走了過來，對著明日香打了聲招呼。
「我是NERV的方正，或許你已經知道了，從今天開始，我將負責管理你的生活……嗯，還請多指教。」
「……」
看著方正，明日香微微愣了一下，接著她輕哼一聲，並沒有多說什麼，只是點了點頭。
「那麼，我先去處理葛城那邊的事情，真嗣，你和她好好相處吧。」
「啊，是……」
雖然碇真嗣向方正投來了求救的目光，但是方正卻是並不在意，只是呵呵一笑便轉身離開。自己已經把碇真嗣的外在硬體都給改造完了，接下來他內部能否成長，還得看他自己不是？
至於碇真嗣和明日香會怎麼相處，方正暫時並不理會，他只是徑直走到了艦長室，而方正才剛剛打開艦長室的大門，就聽見裡面傳來了葛城美里的慘叫聲。
「為什麼你會在這裡啊！！」
嗯？
聽到這個聲音，方正探出頭，向著裡面望去，只見葛城美里這會兒一副見了鬼的樣子，惡狠狠的盯視著前方。而在葛城美里的前方，則站著一個鬍子拉碴，不修邊幅的男子。此刻的他正笑嘻嘻的撿起葛城美里掉落在地上的文件，然後還給了她。
「真是的，見到我會這麼驚訝嗎？」
「比我想像的還要糟糕！早知道你在這裡，我就不來了！」
一把拿過男子遞來的文件，葛城美里無奈的嘆了口氣。而這時男子也看見了從門外走進來的方正，微笑著對他伸出了手。
「你好，我是加持良治，初次見面，你就是NERV的方正三尉吧。」
「沒錯，你好，加持先生，很高興見到你。」
看著眼前的加持良治，方正眉頭微微一挑，接著面帶微笑，握住了加持良治伸出來的手。
對於眼前的男人，方正自然是有所了解的，他是葛城美里的前男友，同時也是NERV內務部的成員，但事實上，他同時也為日本政府做事，用現在比較流行的話來說的話，加持良治算是雙面間諜。
但是加持良治並不是什麼壞人，事實上，他一直在為日本政府探查關於NERV和人類補完計畫的秘密，如果當時加持良治能夠找到有力證據來證明NERV試圖毀滅世界的話，那麼說不定就會是另外一個結局。無奈加持良治最終功敗垂成，還是死在了碇源堂的手下，多少還是有些可惜了。
其實從動畫里的好幾個方面就可以看出，聯合國內部一直都有人在關注和警惕SEELE，顯然，他們也對SEELE的計畫感到懷疑。但是卻沒有辦法行動，畢竟無論SEELE和碇源堂背地裡搞什麼鬼，都不可否認只有NERV和EVA才能夠抵擋使徒，拯救世界。
所以這些人只能夠一面觀察，一面調查，尋找線索。
不過可惜的是，這些人最終還是沒有想到SEELE出手如此果斷，直接把全人類橙汁化了。以至於他們甚至都沒有來得及出手。事實上，就連劇場版里被SEELE誤導的國聯軍也是一樣。他們的目的是正確的，只可惜他們沒有搞清楚自己的敵人究竟是誰。
在劇場版之中，國聯軍對NERV發動進攻，原因就是從SEELE那裡得知了NERV試圖毀滅人類（這個消息真的是一點兒錯都沒有），從而要強行佔領NERV。只不過他們沒有想到這背後的一切主使並不是NERV，而是SEELE。
於是SEELE轉手賣掉了NERV，吸引其他人的注意力，然後趁機開啟自己的人類補完計畫……
說白了，整個劇場版就是SEELE和碇源堂互相賣對方，最後看誰