>分類，類群之下復有從屬的類群——自然系統——分類中的規則與困難，用兼變傳衍的理論予以解釋——變種的分類——世系傳衍總被用於分類——同功的或適應的性狀——一般的、複雜的與輻射型的親緣關係——滅絕分開並界定了生物類群——形態學：見於同綱成員之間、同一個體各部分之間——胚胎學之法則：根據變異不在早期發生，而在相應發育期才遺傳來解釋——發育不全的器官：其起源的解釋——概述。
自從生命的第一縷曙光伊始，所有的生物，均依漸次下降的方式在不同程度上彼此相似，因此，它們能夠在類群之下復又分為從屬的類群。這一分類分明不像將星體歸入不同星座那樣地隨意。倘若一個類群徹頭徹尾地適於棲居在陸上，而另一個類群則徹頭徹尾地適於棲居在水中；一群完全適於食肉，而另一群完全適於食植物，凡此等等，那麼，類群存在的意義也就太過簡單了。但是，自然界中的情形遠非如此；因為眾所周知，甚至同一亞群里的成員，通常也具有多麼不同的習性啊。在第二章與第四章討論「變異」與「自然選擇」時，我業已試圖表明，正是那些分布範圍廣、十分分散並且常見的，才是屬於較大的屬里的優勢物種，也是變異最大的。誠如我所相信，由此而產生的變種或雛形種，最終轉變成了新的、不同的物種；而且根據遺傳的原理，這些物種趨於產生其他新的以及優勢的物種。其結果，現如今那些大的、通常含有很多優勢種的類群，趨於繼續無限地增大。我還曾進一步試圖表明，由於每一物種的變化著的後代，都力圖在大自然的經濟體制中，佔據儘可能多以及儘可能不同的位置，它們也就不斷地趨於性狀分異。若要支持這一結論，只要看一眼在任何小的地區內生物類型之繁多、競爭之激烈，以及只要看一看有關歸化的某些事實便可。
我也曾試圖表明，大凡數量正在增加、性狀正在分異的類型，不斷地趨於排除以及消滅那些分異較少、改進較少，以及先前的類型。我請讀者回過頭去，參閱先前解釋過的、用以說明這幾項原理的作用的圖解；便可見下述的必然的結果，即從一個祖先傳衍下來的變異了的後代，在類群之下又分裂成從屬的類群。在圖解中，頂線上每一個字母，代表一個含有幾個物種的屬；而這條頂線上的所有的屬在一起形成一個綱；由於全都是從同一個古代的、但尚未見到的祖先那裡傳衍下來的，因而它們遺傳繼承了一些共同的東西。然而，根據這同一原理，左邊的三個屬有很多共同之點，而形成了一個亞科，不同於右邊毗鄰的兩個屬所形成的亞科，後者是從譜系第五個階段的共同祖先那裡分歧出來的。這五個屬依然有很多（儘管稍少一些）共同之點；它們組成一個科，不同於更右邊、更早時期分歧出來的那三個屬所組成的科。所有這些屬都是從（A）傳衍下來的，故組成一個目，並區別於從（I）傳衍下來的那幾個屬。所以，在此我們將從一個祖先傳下來的很多物種歸入了屬；而這些屬被包括在或從屬於亞科、科與目，所有的都歸入一個綱里。因此，在類群之下再分類群的自然歷史中的這一偉大事實（此乃司空見慣，故令我們對其熟視無睹），在我看來，便得到解釋了。
博物學家們試圖根據所謂的「自然系統」，排列每一個綱里的種、屬與科。但是，這一系統的意義何在呢？有些作者僅將其視為一種方案，以把最相似的生物排列在一起，而把最不相似的生物劃分開來；或將其視為儘可能簡要地闡明一般命題的人為手段，即譬如，用一句話來描述所有的哺乳動物所共有的性狀，用另一句話來描述所有的肉食類所共有的性狀，再用另一句話來描述犬屬所共有的性狀，然後再加上一句話，以全面地描述每一類的狗。這一系統的巧妙與實用，是毋庸置疑的。然而，很多博物學家們認為，「自然系統」的意義，尚不止於此。他們相信，它揭示了「造物主」的計畫；但是，除非能夠具體說明它在時間上或空間上的順序，或者具體說明「造物主」計畫的任何其他涵義，否則，依我之見，我們的知識並未因此而增加分毫。像林奈的那句名言的表述（我們所常見的，則是一種或多或少隱晦了的形式），即不是性狀造就了屬，而是屬產生了性狀，似乎意味著我們的分類中所包含的，不僅僅是單純的相似性。我相信，它所包含的委實不止於此；我還相信，譜系傳衍上的相近（生物相似性的唯一已知的原因）便是這種聯繫，這種聯繫儘管為各種不同程度的變異所掩蓋，但卻被我們的分類給予部分地披露了。
現在讓我們來考慮一下分類中所採用的規則，並且考慮一下根據下述觀點所遭遇到的一些困難，這一觀點亦即分類要麼揭示了某種未知的造物計畫，要麼僅僅是一種簡單的方案，用以闡明一般命題以及把彼此最為相似的類型放在一起。也許有人曾認為（古時候即是如此認為的），決定生活習性的那些構造部分，以及每一生物在大自然的經濟體制中的一般位置，在分類上極為重要。沒有什麼比這一想法更大錯特錯的了。無人會認為老鼠與鼩鼱、儒艮與鯨、鯨和魚的外表的相似有任何重要性。這些類似，儘管與生物的整個生活如此密切地關聯，但只是被列為「適應的或同功的性狀」；然而，我們得留待以後再來考慮這些類似。甚至於可以作為一般規律的是，體制結構的任何部分與特殊習性關聯愈少，則其在分類上就愈加重要。譬如，歐文在談及儒艮時說：「生殖器官作為與動物的習性和食物最不相關的器官，我卻總認為，它們非常清晰地顯示了真正的親緣關係。在這些器官的變異中，我們最不大可能將僅僅是適應的性狀誤認為是本質的性狀。」植物也是如此，它們的整個生命所系的營養器官，除了在最初主要的分類劃分外，卻很少有意義，這是多麼地奇特啊；而其生殖器官，連同它的產物——種子，卻是頭等重要的！
所以，在分類中，我們必須不要信任體制結構部分的相似性，無論這些部分對生物與外部環境的關係上的福祉可能是多麼地重要。也許部分地是由於這一原因引起的，幾乎所有的博物學家們，均極為強調高度重要或具生理重要性的器官的相似性。毫無疑問，這種把重要的器官視為在分類上也是重要的觀點，一般來說是正確的，但絕不意味著它總是正確的。我相信，它們在分類上的重要性，取決於它們在大群的物種中的較高的恆定性；而這種恆定性，則依賴於器官在物種適應其生活條件的過程中經歷了較少的變化。因此，一種器官的單純生理上的重要性，並不決定它在分類上的價值，這幾乎已為下述這一事實所表明，即在親緣關係相近的類群中，儘管我們有理由設想，同一器官具有幾近相同的生理上的價值，但其在分類上的價值卻大不相同。但凡研究過任何一個類群的博物學家，無人會對這一事實熟視無睹；而且在幾乎每一位作者的著作中，它都得到了充分地承認。在此僅引述最高權威羅伯特·布朗（Robert Brown）在講到山龍眼科（Proteaceae）的某些器官時所說的話就夠了；他說，它們在屬一級的重要性，「像它們的所有部分的重要性一樣，不僅在這一個科中，而且據我所知在每一個自然的科中，都是非常不等的，並且在某些情形下，似乎完全消失了」。他在另一著作中又說道，牛栓藤科（araceae）的各個屬「在子房為一個或多個上，在胚乳的有無上，在花蕾內的花瓣作覆瓦狀或鑷合狀上，均不相同。這些性狀中的任何一個，孤立地看時，其重要性經常在屬一級之上，然而在此將其合在一起來看時，它們似乎尚不足以區別納斯蒂思屬（estis）與牛栓藤屬（arus）」。舉昆蟲中的一個例子，誠如韋斯特伍德（Westwood）業已指出的，在膜翅目（Hymenoptera）的一個大的類群里，觸角的構造最為穩定；而在另一類群里，則其差異甚大，因而這些差異在分類上僅有十分次要的價值；然而無人會說，在這同一個目里的兩個類群里，觸角在生理上的重要性，是不相等的。在同一類群生物中，同一重要的器官在分類上的重要性卻有所不同，此等事例實乃不勝枚舉。
再者，無人會說發育不全或萎縮的器官在生理上或存亡上極為重要；可是，這種狀態的器官無疑在分類上經常有極高的價值。也無人會對此持有異議，即幼小反芻類上頜中的殘留牙齒以及腿部某些退化的骨骼，在顯示反芻類與厚皮類之間有著密切的親緣關係上，是極為有用的。布朗曾經極力堅持，禾本科草類的殘跡小花的位置，在分類上是極端重要的。
那些必被認為是在生理上不很重要、但卻被公認是在界定整個類群上極為有用的部分所顯示出的性狀，其眾多例子俯拾皆是。譬如，從鼻孔到口腔有無一個通道，歐文認為，這是絕對地區別魚類與爬行類的唯一性狀；又如，有袋類的頜骨角度的彎曲變化、昆蟲翅膀的摺合方式、某些藻類的顏色、禾本科草類的花在各部分上的細毛，以及脊椎動物中的真皮被覆物（如毛或羽毛）的性質。倘若鴨嘴獸被覆的是羽毛而不是毛的話，那麼我認為，這種不重要的外部性狀，在決定這一奇怪的動物與鳥類