在1859年至1872年間，《物種起源》一書總共出了六版。此外，在《物種起源》一書問世百年紀念的1959年，美國費城的賓夕法尼亞大學出版社出版了由維多利亞文學研究者派克漢姆先生編纂的《達爾文〈物種起源〉集注本》（Morse Peckham：The in of Species by Charles Darwin：A Variorum Text）；《集注本》對各個版本的增刪情況進行了逐字逐句的對照。在眾多的英文版本中，以第一版的重印本最多，而在20世紀的前八十年間，最常見的卻是1872年第6版的重印本。
按照達爾文本人的說法，第一版是1859年11月24日出版，第二版是1860年1月7日出版；派克漢姆先生查閱了該書出版社的出版記錄，則認為第一版是1859年11月26日出版，第二版是1859年12月26日出版。也就是說，第二版與第一版相隔只有一個半月或一個整月的時間。第二版在字體、紙張和裝訂上，跟第一版不無二致，最重要的是沒有經過重新排版（兩版的頁數相同），故可說是第二次印刷。但根據派克漢姆先生的研究，達爾文在第二版中刪除了第一版中的9個句子，新增了30個句子，修改了483個句子（大多為標點符號的修改）。但主要的還是改正了一些印刷、標點符號、拼寫、語法、措辭等方面的錯誤。在其後的十二年間的第三（1861）、四（1866）、五（1869）及六（1872）版中，尤其是自第四版開始，達爾文為了應對別人的批評，做了大量的修改，以至於第六版的篇幅比第一、二兩版多出了三分之一。值得指出的是，從第三版開始，達爾文增添了《人們對物種起源認識進程的簡史》；從第五版開始，他採納了斯潘塞（Herbert Spencer）的「適者生存」（「the survival of the fittest」）一說；從第六版開始，他把原標題「On the in of species」開頭的「On」字刪除了；並將《人們對物種起源認識進程的簡史》的題目改成《本書第一版問世前，人們對物種起源認識進程的簡史》。
達爾文在第三、四、五及六版修訂的過程中，為了回應同時代人的批評（尤其是有關地球的年齡以及缺乏遺傳機制等方面的批評），做了連篇累牘的答覆，甚至「違心」的妥協，以至於越來越偏離其原先的立場（譬如越來越求助於拉馬克的「獲得性性狀的遺傳」的觀點）。現在看來，限於當時的認識水平，那些對他的批評很多是錯誤的，而他的答覆往往也是錯誤的。不特此也，孰知這樣一來，新增的很多零亂的線索與內容，完全破壞了他第一、第二版的構思之精巧、立論之縝密、申辯之有力、行文之順暢、文字之凝練。鑒於此，當今的生物學家以及達爾文研究者們，大都垂青與推重第一版；而近二十年來，西方各出版社重新印行的，也多為第一版。然而，牛津大學出版社的「牛津世界經典叢書」（Oxford World''s Classics）的1996版以及2008修訂版，卻都採用了第二版，理由很簡單：與第一版相比，它糾正了一些明顯的錯誤，但總體上基本沒有什麼大的變動。
譯者經過對第一、二版的反覆比較，最後決定採用牛津大學出版社「牛津世界經典叢書」2008修訂版的正文為這個譯本的藍本，並在翻譯過程中，始終參照「牛津世界經典叢書」1996版、哈佛大學出版社1964年《論物種起源（第一版影印本）》以及派克漢姆先生編纂的《達爾文〈物種起源〉集注本》。因而，在翻譯過程中所發現的「牛津世界經典叢書」2008修訂版中的幾處印刷上的錯誤（漏印、誤印），均已根據多個版本的檢校，在譯文中改正了過來，並以「譯註」的形式在譯文中做了相應的說明。鑒於第三版中才開始出現的《人們對物種起源認識進程的簡史》，有助於讀者了解那一進程，故譯者將其收入本書中（以「企鵝經典叢書」1985年重印本中的該節原文為藍本，並參檢了派克漢姆先生編纂的《達爾文〈物種起源〉集注本》）。
據譯者所知，時下通行的《物種起源》中譯本，均為第六版的譯本，由於上述的原著第一、二兩版與第六版之間在內容上的顯著差別，故本書其實是一本與其他中譯本十分不同的書。
苗德歲