相比遠在後方的軍令部和聯合艦隊而言，作戰現場的最高指揮官南雲才是最焦急而糾結的人。在「赤城」號航母上，南雲、草鹿帶著所有參謀早就離開作戰室登上了艦橋。大家的目光一致朝向南方，完成攻擊的空襲機群將從那個方向返航。
上午10時，遠方天際陸續出現了一些小黑點，那正是結束攻擊返回母艦的第一波攻擊機群。那些黑點越來越大，開始一架接一架在甲板上降落。長時間的飛行和激烈戰鬥，使得飛行員在飛臨母艦時已筋疲力盡，有些人必須在地勤人員的幫助下才能艱難地從機艙中爬出來，個別人甚至是被抬出來的。由於天氣惡劣，加上很多飛機在攻擊中受傷，有些飛機降落時在顛簸的甲板上撞壞了。對於損壞嚴重的飛機，地勤人員不得不直接把它們推進大海。
「飛龍」號飛行員松村在當晚日記里記下降落時的愉快心情：「在飛機尾鉤抓住繩索的那一瞬間，我的心中一陣欣喜。雖然出發前已經抱定了必死的信念，也並未指望能夠生還，但現在我回來了，還好好地活著！」
儘管大部分飛機都遍體鱗傷，但粗略統計第一波攻擊受到的損失，僅僅有10架飛機沒有返航。南雲和草鹿對此深感滿意，這已經大大出乎他們的預料了。
按此估計，第二波攻擊的機群已在返航途中。此時擺在南雲面前的最大問題是，是斷然對珍珠港接連發起第三波、第四波攻擊，徹底摧毀美軍太平洋上的這一基地，還是暫時見好就收，打道回營，以圖後舉？糾結呀！
前兩輪攻擊已花去了不少時間，珍珠港在遭受兩輪致命打擊後，現在雖然不具備進行反擊的能力，但防守能力肯定已大大增強。儘管第二波攻擊機群尚未返回，南雲已經預料到，這一輪攻擊的損失將會大大高於第一波。更關鍵的是，根據戰前情報以及第一波攻擊返回飛行員的情況彙報，美軍那幾艘航空母艦截至目前都沒有露頭，到底在哪裡呢？不管在哪兒，肯定已經知道了珍珠港遭到襲擊的消息。此時很可能正躲在一個無人知曉的角落，籌劃著對機動部隊發起突然反擊。想到這裡，他忽然覺得後脖頸上陣陣發涼。文化程度不低的南雲想起了中國的一個成語：「螳螂捕蟬，黃雀在後。」
如果繼續實施第三波攻擊，對於美國人已經不能算作偷襲，可以說已經變成了強攻。此時已近中午，時間也成為一大制約因素。如果此時對攻擊機進行加油掛彈，然後進行第三波攻擊，他們在飛臨珍珠港實施進攻後再飛回來，就會是傍晚左右。黑暗中在航母甲板上降落，勢必還會造成大的損失，特別是對於「翔鶴」號和「瑞鶴」號上那些不久前才開始艦上訓練的嫩鳥來說更是如此。還有一個必須考慮的因素，那就是飛行員的體力，剛才有些飛行員被從機艙里抬出來的細節南雲當然也看到了。戰鬥機還好辦，讓原來在艦隊上空負責警戒的飛行隊參與攻擊就可以了。但是已經參加過一次攻擊的轟炸機必須再一次掛彈出擊。讓體力嚴重透支的飛行員再次出動，先不說攻擊效果，能否安全返回都成問題。
南雲想起了出征之前軍令部總長永野的諄諄教導，「相比美國而言，我們在國力上差距太大」，因此「要儘可能把每一艘艦船都安全地帶回來」。從這句話里我們可以看出，永野和山本戰爭思路上的不同。山本是欲畢其功於一役，徹底打得美軍喪失繼續戰鬥的信心和勇氣，而永野則是儘可能地保存實力，與美國人打持久戰。——財大氣粗的美國是最不怕打持久戰的。
南雲思忖，眼前所有的艦船都完好如初，整個作戰行動堪稱完美，此時如果繼續戰鬥下去，就難保不會有意外發生。實施第三波攻擊之前還必須落實一件事，那就是確認美軍航母的準確位置。為此勢必派出大量的偵察機進行搜索，這項活動還要持續幾個小時，能不能發現對方還是個未知數。如果真那樣，就意味著他的艦隊在第二天上午還要在夏威夷附近海面上游弋——在一個地點逗留時間過長，歷來為兵家大忌。這簡直太可怕了，南雲不敢再想下去了。
人在想做一件事的時候，往往會主動為自己找出很多理由，反之亦然。南雲想到長時間逗留會帶來一個新問題，就是機動部隊的燃油。此時為「蒼龍」「飛龍」護航的驅逐艦燃料已告不足，而補給部隊尚在北方很遠的地方。繼續在這裡待下去，最後只能任由那些寶貴的驅逐艦自生自滅。如果真那樣，即使打了勝仗，回去也會被罵成敗家子。
南雲認為第三波攻擊的主要目標也是個問題。有人提議首選目標應該是珍珠港石油罐群，其次還有維修廠和基地設施。南雲認為，美國人有的是錢和油，你就是破壞了，很快就會再造，再送來的。用寶貴的飛機去換取美軍那些不會進攻的基地設施是愚蠢的。南雲的觀點也正與日軍歷來重軍力輕補給的思想暗合。
老酒啰唆半天所說的話，在南雲的腦子裡可能一閃就過去了。此時第二波攻擊機群尚未返回，現在馬上撤退也為時尚早。於是南雲決定等淵田從前方回來，匯總兩撥攻擊的戰績後再做決定。
大約11時，參加第二波攻擊的飛機也陸續返航。所有回到甲板上的軍官第一個任務就是立即向增田參謀彙報情況，由增田匯總後，再將最新數據立即呈報南雲和草鹿。
臨近中午，最後一架攻擊機也就是淵田的指揮機。在「赤城」號的甲板上安全降落，這架水平轟炸機上同樣是彈痕累累。一名傳令兵迅速跑過來，提醒淵田儘快去向南雲彙報。淵田並沒有那樣做，他先是去找了增田。兩人核對之後發現，雙方的統計結果幾乎完全一致。於是淵田興奮地拍了一下增田的肩膀，興高采烈地帶著增田一起來到了南雲所在的作戰室。
看到淵田進來，作戰室里的所有人都站了起來，以此表示對凱旋英雄的歡迎。南雲大步走上前去，緊緊握住了淵田的手：「淵田君，辛苦了！」其他參謀也紛紛上前，拍著淵田的肩膀表示祝賀。
「戰果如何？」南雲迫不及待地追問。
「4艘戰列艦沉沒，4艘重創。」淵田掩飾不住心中的激動，說話都有點上氣不接下氣。他立即用桌子上的水杯和煙灰缸等物品擺放出被擊沉敵艦的方位，並詳細介紹了擊沉或者重創每一艘敵艦的詳細經過。
「你認為美國太平洋艦隊要多長時間才能恢複戰鬥力？」
「至少半年。我認為半年甚至更長時間之內，美國太平洋艦隊根本不可能發揮任何積極作用。」
「那就是說，我們的任務基本完成啦？」南雲掩飾不住心中的興奮。
「是的，將軍。」
「總算不負山本長官之託，」草鹿也在旁邊隨聲附和道，「下一步你認為我們應該如何行動，淵田君？」
「當然應該立即發動下一輪攻擊。除了殘餘的軍艦，還有敵人的船塢、造船廠、潛艇基地、油庫，需要摧毀的目標還有很多，攻擊的目標多的是。」淵田的言語中透露著一種渴望。他認為這是一生中最難得的機會，如果錯過了，那是會抱憾終生的。
大家都沒有說話，作戰室里出現了片刻的沉寂。最後還是草鹿率先打破了沉默：「美國人會展開反擊嗎？」
「絕對不會。美國人的戰列艦和飛機基本全完蛋了，現在制空權完全掌握在我們手中。但是美國的航空母艦沒有受到損失，目前最重要的還要找到美軍的航母，把他們徹底殲滅。」淵田回答。
南雲顯然還在猶豫，沉吟良久才開口說話：「淵田君，你認為美軍的航母現在在哪裡？」
「這個不清楚，或者他們現在已經接到了珍珠港遭到攻擊的消息，正在尋找我們的位置。」淵田說出了自己的判斷，這也正是南雲最擔心的問題。
一想到美軍的航母很可能就在附近，隨時可能向自己發起進攻，南雲再次感到不寒而慄。本來就對偷襲行動缺乏信心的南雲認為，目前取得的戰果已遠遠超出了戰前的預料，損失也大大低於之前的預計。他現在首先要考慮的就是，如何帶著這些海軍精華儘快安全地離開這個是非之地。
從南雲的神情中，草鹿很快理解了司令官的意圖，開始發問：「淵田君認為敵艦來襲的可能性有多大？我們該如何應對？」
「正怕他們不來呢，來多少我們打多少。」淵田依然是信心滿滿。
一邊一直沉默的源田也開始插嘴：「我同意淵田君的意見。我們幾乎沒有什麼損失，目前要儘快找到敵人的航母，發動攻擊並殲滅他們。這些航母將給我們今後的作戰帶來極大麻煩。」由於作為參謀和南雲待在一起的時間遠比淵田要多，源田對南雲了解更深。在他眼裡，南雲是「一個不易適應環境的人」。
草鹿從內心裡贊成南雲的觀點，那就是停止再次攻擊，迅速返航。草鹿信奉「獅子翻擲」的禪語，意思是說，一頭獅子在捕捉獵物時要集中全力，但一旦將其致傷在地，便不要去理睬了，而是轉奔下一個目標。他對淵田和源田的發言頗感不快：「兩位精神可嘉。但是相比美國來說，我們沒有足夠的實力和敵人硬拼。」
目前敵人的陸基飛