1941年4月中旬的一天，受山本之託，聯合艦隊首席參謀黑島龜人登岸來到東京，正式向海軍軍令部呈上了偷襲珍珠港的「Z計畫」。這一計畫的出台，如一石激起千層浪，立即在軍令部高層掀起了軒然大波。面對如此重大的戰略變化，富岡定俊絲毫不敢怠慢，立即組織會商，對作戰計畫進行了認真的討論。最終結論是，軍令部堅決反對這一對日本前途和命運不負責任的冒險計畫。
作為海軍作戰計畫制訂和作戰命令下達的中樞機關，軍令部的高層絕非光吃乾飯的無能之輩，他們的一系列反對理由，同樣是擲地有聲。
一、實施「Z計畫」成敗之關鍵，在於不暴露作戰意圖，而要做到這一點相當困難。
軍令部認為，實施偷襲珍珠港作戰要動用大量兵力，因此，準備期間的保密問題令人擔憂。從日本本土的海軍基地進入夏威夷附近水域，距離超過6000公里，至少要兩個星期左右的航程。在漫長的航行途中，極有可能遇到美軍艦艇、飛機或者中立國的船隻。
如果敵方採取嚴密的空中巡邏等警戒措施，空襲之前發現日軍襲擊艦隊的可能性極大，那麼進攻方式就勢必由突然襲擊變成強攻，不可能取得大的成果，突擊艦隊倒是極有可能遭受重大的損失。
二、實施偷襲作戰還面臨一系列幾乎無法克服的難題。
因為是遠距離作戰行動，除了即將服役的新式航母「翔鶴」號和「瑞鶴」號之外，其他艦隻的載油量都不足以航行至珍珠港，大部分艦艇需要在航行途中進行燃料補給，「油耗子」驅逐艦還需要多次補給。為了儘可能隱蔽作戰意圖，艦艇很可能要選擇距離最遠的北航線，也就是在一般商船因冬季海浪波濤洶湧避開的那條航道上行駛，在如此惡劣的環境下，海上加油是困難重重。
如果發起空襲時敵方艦隊不在港內，襲擊艦隊將很難在短時間內發現敵方艦隊的準確位置，更談不上進行突然襲擊。敵方艦隊處於主場有利地位，進可攻，退可守，敵方基地航空部隊也可以隨時參加攻擊。單單就補給這一點來看，襲擊艦隊在這種情況下所能做的事，只能是倉皇逃走。
即使敵方艦隊都在港內停泊，天氣原因也可能導致襲擊無法進行。
三、飛機襲擊能否取得滿意的效果尚難斷言。
攻擊主要目標是美國太平洋艦隊的戰列艦和航空母艦。攻擊戰列艦，第一選擇無疑是魚雷，而敵艦隊在珍珠港的停泊地區及其上空空間狹窄，從飛機上施放魚雷相當困難。最要命的是，珍珠港水深只有約12.3米，日本目前還沒有適合在這種水深條件下進行攻擊的淺水魚雷。
退一步說，即使日本有了可供使用的淺水魚雷，但萬一敵艦布下防魚雷網，魚雷攻擊也照樣不能取得顯著效果。
如果放棄魚雷攻擊，就必須依靠水平轟炸和俯衝轟炸。水平轟炸機因為投彈高度太高，命中率無法保證。如果氣候惡劣，天空有雲，飛機就飛不到一定的高度，高度不夠就會導致炸彈無法穿透戰列艦的防禦鋼板給予其致命打擊。倘若雲層過低，就會影響視線，導致轟炸命中率更低。俯衝轟炸機的小炸彈儘管命中率高一些，但也只是攻擊防護力脆弱的航空母艦時較為有利，攻擊皮糙肉厚的戰列艦，小炸彈無異於隔靴搔癢，難以形成致命的打擊。
四、實施南方作戰的核心是佔領南方資源地帶，搶到急需的石油才是戰爭的終極目標。由於日本基地航空兵力不足和飛機的續航能力問題，進行南方作戰僅僅依靠陸基航空兵是遠遠不夠的。也就是說，你把航空母艦都拿去襲擊珍珠港了，南方作戰怎麼辦？
五、北方的威脅始終揮之不去。儘管蘇德戰爭爆發使得北方來自蘇聯的壓力驟減，但是危險卻無時不在。為了使俄國人不至於趁機在北方作亂，必須在不利於北方作戰的嚴冬季節結束前完成南方戰事，也就意味著南方作戰勢必是一場短期的閃擊作戰。要奪取荷屬東印度的石油，就必須打開通往爪哇島的海上通道，同時對英屬馬來亞和美屬菲律賓發起進攻。南方戰役可不比在中國大陸，那裡海域廣闊，海軍必須在此投入包括航空母艦在內的大部分兵力。換句話說，就是不同意將主力航母力量用於珍珠港方向。
軍令部最終形成結論，珍珠港作戰純屬投機，成功的概率幾乎為零，弄不好還要把日本海軍最精銳的航母艦隊全部葬送，同時導致南方作戰兵力嚴重不足。
軍令部自然有自己的觀點，他們對未來戰爭的判斷是：即使不進行珍珠港作戰，美國艦隊也有可能進攻日軍南方作戰的側翼和後方，最大可能是長驅直入，首先攻佔馬紹爾群島。但是攻佔該群島之後，美軍仍需一段時間準備才能進一步西進，而我方正好利用這段時間差完成南方作戰，回過頭來調兵遣將，迎擊敵人。因此，放棄珍珠港作戰，全力集中於南方，對於整個戰局並無不利。
富岡定俊不是吃素的，黑島龜人也絕非善男信女。針對富岡代表軍令部提出的一系列疑問，早有準備的黑島馬上代表聯合艦隊進行了反擊。
一、不暴露作戰意圖當然是極為重要的，必須做到萬無一失，這一點毋庸置疑。在這方面，聯合艦隊會有各種對策，軍令部無須擔心。
二、珍珠港作戰的確存在各種各樣難以預測的不利因素，具有投機性和冒險性。但戰爭本身就是冒險，特別是對於美國這樣強大的敵人。害怕冒險，那咱們別打了，都回家抱孩子去吧。
三、聯合艦隊很清楚南方作戰需要航空母艦，可沒有航母，難道就不能用海軍陸基航空兵和陸軍航空兵去作戰嗎？恐怕不見得吧！在這種情況下，使用航空母艦對順利進行南方作戰當然是再好不過了，但是不能只考慮南方，要考慮整個太平洋的戰局。言下之意，就是目光要放長遠一些，不能頭疼醫頭，腳疼醫腳。
四、作為聯合艦隊，如果不給駐紮在夏威夷方面具有強大威脅力量的太平洋艦隊以致命打擊，就不能從容進行南方作戰。南方作戰取勝的前提，是必須癱瘓珍珠港美軍太平洋艦隊主力。如果美國艦隊在我方進行南方作戰過程中前來進攻，到那時，縱然暫時停止南方作戰而去迎擊美國艦隊，恐怕也措手不及了。再說了，你們怎麼就能肯定美軍艦隊攻克馬紹爾群島之後要停下來休整呢？萬一美軍不休整，長驅直入呢？萬一天皇陛下的安全因此受到威脅，你們負得起責任嗎？
五、假如容許美軍艦隊輕鬆佔領馬紹爾群島，美方肯定會迅速在那裡修築海空基地，部署大量陸基飛機，我方就很難再將其奪回。在我們家門口不遠處容許美軍建立穩固基地，對我軍今後的作戰極其不利。卧榻之側，豈容他人鼾睡？唯一的辦法就是，把美軍準備進擊馬紹爾群島的主力在珍珠港老巢就地殲滅，才能永絕後患。
黑島最後的結論是，在開戰之初用航空母艦主力擊潰美國主力艦隊，然後將這些航母轉入南方作戰，才是日本海軍的最佳選擇。
一個是首席參謀，一個是作戰課長，血氣方剛的黑島和富岡都覺得自己很牛×。兩人越吵嗓門越大，最後差點擼袖子動起手來，還好在分手時兩人又言歸於好。這算是雙方的第一回合交鋒。
回到聯合艦隊之後，黑島將軍令部的意見一五一十向山本司令長官做了彙報。山本為東京那些頂頭上司的能力和見識深感憂慮，沉吟良久後說：「如果天助我方，則奇襲大有希望。若中途失敗，則說明我們失去天助，那就放棄全部作戰好了。」稍微停頓了一下，他接著說，「軍令部的戰爭思維還停留在明治時代」。
在雙方各執一詞的情況下，4月底，軍令部牽頭組織了一次針對珍珠港作戰的專題研討會，充分討論計畫的可行性。參加會議的無疑都是日本海軍的精英人物。
「我堅決反對這一計畫，這種做法純粹就是冒險，況且這也違背了我們多年以來制定的『漸減邀擊作戰方略』。」富岡定俊率先開炮定調。
「我贊成富岡課長的看法，反對實施這一計畫。」第二個發言的是第五航空戰隊司令官原忠一海軍少將。身材高大的原在日本海軍界有著「金剛」之稱，他是即將組建的第五航空戰隊的司令官，按計畫，「翔鶴」號、「瑞鶴」號航母也將參加這次對珍珠港的偷襲。相對於富岡，來自聯合艦隊內部的反對更具穿透性。
連續出現的反對聲音使得整個會場鴉雀無聲。眼看會剛開始就冷了場，山本環視四周，鎮定自若地說：「我承認是有點冒險，希望大家能夠無所顧忌地暢所欲言。」
「本人堅決反對這一計畫。」發言的是第一航空艦隊兼第一航空戰隊司令官南雲忠一海軍中將。如果該計畫最終獲准，南雲無疑是計畫的具體執行者，他的反對具有更大的殺傷力，「我對該計畫的實施有諸多疑問。試問，當局勢緊迫，處於一觸即發的時刻，美國艦隊還會待在珍珠港內不動嗎？另外，太平洋各島嶼美軍基地的巡邏機也警戒森嚴，要通過敵人的警戒幕而不被發現幾乎是不可能的。我們只要被一架敵機或者一艘潛艇發現，必然就會受到阻擊，作