對馬海戰慘敗的消息傳回俄國，舉國嘩然。宮廷值班侍衛雷澤夫斯基將軍第一時間向尼古拉二世通報了這一噩耗。身穿海軍中校軍服的尼古拉二世面帶微笑地聽完了彙報，隨後慈祥地問雷澤夫斯基：「天氣真好，明天您想不想去打獵？」半個小時後，雷澤夫斯基發現，尼古拉二世竟然拿著氣槍在後花園聚精會神地打鳥。
當天晚上，在聖彼得堡米哈伊洛夫斯基大劇院的貴賓包廂里，坐著已經被解職的遠東總督阿列克謝耶夫海軍上將。舞台上正在演出芭蕾舞劇，主演就是阿列克謝耶夫挪用海軍經費包養的情婦、法國芭蕾舞演員艾爾莎。劇院里所有人連同其他包廂里的沙俄貴族都發出了陣陣噓聲：「從俄國滾出去！你身上佩戴的不是鑽石，而是我們沉沒的巡洋艦和戰列艦！」
戰場上的失敗導致國內的危機更加嚴重。6月27日，俄國黑海艦隊兩艘戰列艦上的水兵發動了武裝起義，沙皇的統治岌岌可危。從1905年1月19日開始，尼古拉二世已經不敢在聖彼得堡露面。遠東戰爭再打下去，俄國爆發革命已勢在必然。俄國的兩個鄰國德國和奧匈帝國甚至已經聯合制訂作戰計畫，一旦俄國爆發革命，雙方聯手幫助沙皇進行鎮壓。
和甲午戰爭的後期相似，在戰場上不斷取得勝利的日本也早已精疲力竭。對於日本來說，獨佔朝鮮和將俄國勢力趕出南滿的目的已基本達到。到1905年8月底，日本在滿洲的軍隊已經達到了驚人的337000人，相當於其常備軍力的150％。為了滿足前線的需要，日本已經將徵兵的年齡由32歲延長至37歲，動員能力已經達到極限。很多工業企業因缺乏勞動力已經縮減生產甚至停工。在農村，由於年輕人很多奔赴戰場，出現了大量的農田荒蕪。其間深感無奈的明治天皇曾作詩感慨曰：「男兒意志剛，紛紛踴躍上戰場，國事應共當。留下庭院寂無聲，可憐孤老耕作忙。」
前線作戰部隊的反戰情緒也開始不斷出現。整整一個聯隊的士兵拒絕進攻，只得把他們撤下來修路。令人慶幸的是，此時日本軍國主義的毒害還不算很深，滿洲軍參謀長兒玉源太郎和海軍大臣山本權兵衛都堅決主張停戰，立即謀求締結合約。
在這樣的大環境下，和事佬恰如其分地出現了。1905年6月8日，美國駐俄大使邁耶和駐日大使格里斯科姆分別向兩國的外交部遞交了勸告媾和的照會。兩國也很識趣味，日本當天就答應了美國的請求。兩天後，6月10日，俄國也照會美國願意接受美國出面進行調停。
像十年前談判前佔領澎湖列島一樣，為了在談判中佔據有利位置，日軍於7月1日派兵在薩哈林島登陸，並於7月31日佔領全島。日本已經深刻理解並踐行了「掠奪者有權佔有已奪得之物」的道理。
對於即將開始的和談，日俄雙方都在爭取對自己相對有利的「主場」。俄國建議將談判地點選在盟國法國的巴黎，日本則建議在離自己很近的中國煙台。但是美國不願意，想談判，那就都到我這兒來，至少吃我的，住我的，還能掙倆飯錢和店錢。最後，和談的地點選在了美國的朴次茅斯。
一直置身事外的清廷也不甘於只當朴次茅斯和談的看客，曾經對日、俄及其他國家發出聲明：日俄議和條款內倘有牽扯大清國的內容，凡未經與大清商定的一概不予承認。清廷還提出參加會談的要求，立即遭到日、俄的斷然拒絕。雙方在和談期間，根本無視清廷的存在。
日本原來準備派出的談判代表是老奸巨猾的伊藤博文。伊藤深知，這次談判的難度肯定遠遠大於10年前和李鴻章的談判，於是以「因病不能做長途航海旅行」為由婉拒。無奈之下，日本只好派出了外務大臣小村壽太郎和駐美大使高平小五郎。身材矮小的小村壽太郎因狡黠機詐，有「鼠公使」之稱，以前留美期間曾經是老羅斯福的同學，老同學見面好說事。
俄國代表起初選定的是俄國駐法國和義大利的大使，聽到消息的兩個人馬上學習伊藤博文裝病。已經賦閑在家的前財政大臣維特無奈重出江湖，去收拾當年和李鴻章面臨的類似爛攤子。
運動員搞定出場，裁判長就是美國總統西奧多·羅斯福，歷史上稱為老羅斯福。就是後來第二次世界大戰中領導美國的那個小羅斯福的叔叔。
談判漫長而持久。從1905年8月9日到9月5日，日、俄雙方進行了十輪會談。和談的焦點就是割讓薩哈林島和戰爭賠款問題。雙方唇槍舌劍，羅斯福開始和稀泥。他的方案是俄國割讓南薩哈林島而日本不用賠款，這樣對美國才最有利，既可以讓俄國今後不再涉足遠東，又可以避免日本利用賠款迅速強大，反過來威脅美國。
日本在戰爭中消耗巨大，堅決要求賠款不放鬆。同樣打了敗仗的尼古拉二世卻比當年的大清有出息得多，當即聲稱「一寸土地和一個戈比也不會給日本黃猴子」。8月18日，第七次會談之後，氣急敗壞的小村壽太郎甚至已經回賓館結賬退房：老子不談了，回去咱們接著打！
俄國的談判代表維特還保持著清醒的頭腦。他知道對於俄國來說，繼續戰鬥下去的後果是災難性的，於是耐心勸說尼古拉二世一定要接受讓步。在老羅斯福和德皇威廉二世的勸說下，尼古拉二世終於在8月26日同意割讓南薩哈林島，但是錢還是免談，一個子兒都不給。
事實上，日本也實在堅持不下去了。8月28日，日本內閣電令小村，即使放棄割地、賠款，也要儘快實現媾和。8月29日，在第十次會談上，日本不再要求賠款，雙方開始草擬合約文本。
1905年9月5日14時，日、俄雙方在朴次茅斯海軍造船廠辦公大樓簽訂了著名的《朴次茅斯和約》。合約共15條，主要內容包括日本對朝鮮享有特殊權利，俄國從滿洲撤兵，轉讓關東州租借權和南滿鐵路，割讓南薩哈林島等。持續19個月的日俄戰爭至此宣告結束。
和中國甲午戰爭後的情形類似，日俄戰爭12年後，沙俄羅曼諾夫王朝亡國。1918年7月16日深夜或7月17日凌晨，尼古拉二世以及他的皇后、一個兒子和四個女兒，連同僕人，被看管他們的布爾什維克秘密警察趕到地下室，用機關槍掃射，集體處決。唯一的兒子是年齡最小的，當時只有14歲。
一切似乎塵埃落定，可日本這邊事情還遠遠沒有結束。整個日俄戰爭，日本軍費支出高達18億6000萬日元，戰爭導致日本的國債從戰前的6億一下子上漲到24億，僅每年支付的利息就達到1.1億，國民人均稅負從1903年的5日元升至10日元，翻了整整一倍。比照上次甲午戰爭日本獲得的巨大收益，日本民眾認為，日本至少要獲得俄國全部薩哈林島、海參崴、濱海省和堪察加半島等土地，賠款數額最少不能低於20億日元。
日本一個所謂的「七博士集團」，之前就提出了一個媾和方案：賠款30億日元，割讓包括薩哈林、堪察加在內的全部沙俄太平洋沿海地區。所謂「七博士集團」，是指當時東京帝國大學的七名教授：戶水寬人，福井政章，金井延，寺尾亨，高橋作衛，小野塚喜平次和中村進午。這七位全是留學西方的海歸博士，故稱為「七博士」。
談判前線傳回的消息讓日本國民大失所望。除了因為贖回戰俘讓俄國人拿出來的45967620盧布12戈比（約合3067萬日元）的住宿費、伙食費外，戰爭賠款一分錢都沒拿到，搞了半天，這仗是白打了。1905年9月5日，就在《朴次茅斯和約》簽署的當天，3萬東京市民纏著黑紗集會日比谷公園，要求廢止這一「恥辱」的和約，繼續對俄作戰。
與會群眾和試圖阻撓大會的警察，雙方發生激烈衝突。狂熱的市民搗毀了國民新聞報社。由於傳聞此前曾經勸告天皇「見好就收」，內務大臣清浦圭吾的官邸也被付之一炬。混亂持續到次日，政府發布「戒嚴令」，宣布東京戒嚴，隨後出動軍隊鎮壓。騷亂中，2個警察署、219個派出所或警察崗亭、13座教堂、53戶民宅、15輛電車被燒毀或損壞。騷亂者被捕1700餘人，後起訴308人、判刑87人。很快暴動從東京蔓延到大阪、橫濱、神戶等城市，反媾和運動波及全國各地。這場政治風暴直接導致主張簽署合約的桂太郎內閣倒台。由於這次媾和是美國斡旋的，日本民眾認為美國肯定偏向了同為白種人的俄國。在他們的心目中，美國人已成為日本不共戴天、勢不兩立的仇敵。
透過這一事件不難看出，對於日本政府的侵略政策，日本民眾所關心的只是掠奪他國的財富，根本無視可能對別國造成的傷害。這種自私、狹隘、不辨是非的極端民族主義，自然縱容了當權者更加肆無忌憚地向他國伸出掠奪之手。
「七博士集團」的出現也具有特殊意義，從中可以看到日本的知識界和思想界已經墮落。甲午戰爭開始前，以內村鑒三為代表的一部分知識界、思想界精英分子是堅決支持戰爭的，他們認為那是一場爭取朝鮮獨立的「義戰」。當得知《馬關條約》的內容以後，這些人立即改變了看法，認