明末農民戰爭，在本來意義上不僅包括了起自陝西的農民大起義，也包括了這一時期各地人民反對封建統治的鬥爭。當李自成、張獻忠領導的農民軍為推翻明王朝而大顯身手的時候，許多地方性的農民起義也風起雲湧，充分體現了明末農民戰爭的廣度和深度。
從總體來看，明末農民戰爭在南方和北方的發展是不平衡的。北方的農民起義經歷了一個由星星之火到燃成熊熊之焰的全過程。在明末農民戰爭進入高潮的時候，不僅形成了以李自成、張獻忠為首的兩大主力軍，而且地方性的農民起義也多得很。在河南，幾乎到處都有所謂的「土賊」，出現了所謂「流土交訌」的局面。在山東濟南、兗州、東昌三府，到崇禎十四年已經是「無民非賊」，「勢成燎原」 ，使明朝廷同東南地區的聯繫往來不得不改道青州府。梁山山區李青山的起義具有相當的規模。這支隊伍在崇禎十四年十月間曾一舉攻克東平和張秋，繳獲漕糧數萬石，切斷了溝通南北的運河。直到次年正月，才被統治者用狡詐的手腕鎮壓下去 。此外，在山西、河北、江蘇北部，都爆發了農民反政府的起義。在大順軍佔領整個黃河流域以後，就根本改變了當地階級對抗的局勢，小股的農民起義，象江河入海一樣同大順農民革命匯合在一起。南方的情況則有所不同。這裡發生的起義一般都比較分散，規模也比較小，特別是在時間上晚於北方的農民起義。大約在崇禎十年以後，南方的農民起義才有逐漸增多的趨勢。例如，湖南有臨武、藍山的所謂「礦賊」，聲勢最盛時曾達到「殘破三湘、直至洞庭」 的規模；廣東有「閻羅總」等山寇；福建有姜世英起義，「糾眾數萬」，攻入廣東饒平、大埔地區，一度包圍了潮州 ；江西有吉安的呂疲子起義以及萬載的丘仰寰領導的棚民起義，等等。這些起義都打擊了當地的明政府和鄉紳勢力，但在規模和作用上，畢竟不能同起自陝西的農民軍相比。
其次，在南方，利用宗教組織群眾展開鬥爭還比較常見。明後期，隨著社會矛盾的激化，人民群眾利用秘密結社進行反政府的活動是非常普遍的，無論在北方還是在南方都是如此。然而，北方農民在宗教掩護下舉行起義一般是早期的現象，如著名的徐鴻儒、於弘志起義，便是在天啟年間爆發的。到崇禎年間，河南杞縣還爆發過白蓮教起義。但在大多數情況下，起義群眾已經不需要借用宗教的說教，而是鮮明地提出了自己在經濟上和政治上的主張；起義的領導者也不再需要利用秘密結社的方式來組織群眾，因為他們自己就是在群眾的自發的武裝鬥爭中湧現出來的。所以，儘管有確切的材料證明各種秘密結社在北方各地進行過長期的活動，擁有大量信徒，但在農民起義進入高潮以後，秘密結社卻成了一種過時的形式而被淘汰了。南方的階級矛盾雖說也尖銳，但相對而言不如北方，披著宗教外衣進行反抗活動，仍有其存在的客觀必要。崇禎十一年二月，江西有「鉛山妖人張普微，倡無為教聚眾起兵。」 崇禎十六年，江西龍南、定南又有「密教楊細徠以妖言惑眾」。史載：「細徠系定南何氏家奴，流浪外鄉數載。突歸，自稱遇師指引，今當彌勒下界，謬以天翻地覆、銅風鐵雨恐嚇愚民，必入其教始得免劫。因是煽惑男婦以千萬計，立教堂於定南縣樟田，密約從教者俱於本年六月初一日齊赴龍華會。一時愚民鬨動，有棄其父母妻子產業而不顧者。至晚，細徠密諭腹徒，各選精丁，授以兵具，詭雲至下歷司踏勝地舉刃疾呼，其城自崩。至司試其術不驗。營兵發炮傷數人，眾悉奔潰。」楊細徠也被俘殺 。
在指出南方的農民起義相對落後於北方的同時，也應當看到隨著明末農民戰爭的迅猛發展，明王朝統治危機的全面加深，南方同北方的差距在不斷縮小。這首先表現在，崇禎後期爆發於南方的一些農民起義，提出的口號和鬥爭目標具有鮮明的革命性；其次也反映在明王朝覆亡後，南方各地奴變、佃變的廣泛發動方面。
先說第一點。崇禎末年，南方的某些農民起義提出的口號很值得注意，它們往往體現了農民們在政治上已經達到相當高的覺悟水平。崇禎九年，湖南臨武、藍山的農民和礦徒起義，領導人郭子奴自號剷平王 。在一兩年之內，他們向北連克湘潭、湘鄉等縣；向南進逼廣東乳源、韶州；西出永州，圍困廣西全州；一時兵威大震。明朝廷被迫在崇禎十一年，詔令兩廣總督張鏡心，會同偏沅巡撫陳睿謨、虔南巡撫王之良、江右巡撫解學龍、粵西巡撫林贄，組織四省官軍圍剿。從三月到八月曆時半載，官軍才依仗優勢力量，把這次起義鎮壓下去。這次起義雖然失敗了，影響卻是深遠的。過了六、七年，江西的農民又舉起了剷平王的旗幟，要求剷除社會地位和財富佔有上的不平等現象。有的起義一開始就提出了明確的鬥爭目標，具有重大的政治意義。如崇禎十六年十二月，浙江奉化縣胡乘龍，領導當地農民在雪竇山起義，「自稱天萌國大將軍」 ，「改元宗貞，謂於崇禎去其頭、剝其皮也」 。所謂「天萌國」估計具有壓倒「大明」的意思。胡乘龍的起義雖然很快就被封建官府所扼殺，但他們鬥爭的矛頭，一開始便直接指向了明帝國和它的最高統治者，沒有經歷一個「只反貪官，不反皇帝」的幼稚階段。同年三月，湖南武崗州農民的抗暴鬥爭，更是震驚一時。武崗是明代岷王分封的地方，由於「藩祿日增，厘餉歲益」 ，農民們已經被壓榨得喘不過氣來。岷王朱企釒豊驕奢淫佚，早就「蓄怨於遠邇」。當農民起義席捲神州大地時，他惟恐失去自己的天堂，強迫附近農民修筑州城，結果是「築城築怨，遂不堪命。」崇禎十六年三月，武崗四鄉農民一萬餘人起兵黃橋鋪，一舉攻克州城。朱企釒豊被活捉處死，宮室也化作一片灰燼。這次起義經過了五個月才被官軍撲滅，先後遭到屠殺的群眾有一萬多人 。同年七月，由於岷藩祁陽王朱禋鉒「為虐地方，人心怨恨」 ，祁陽縣農民也聚眾起義，清算朱禋鉒的罪惡。朱禋鉒被嚇得星夜逃往廣西避難 。
起義中提出的鬥爭口號和鬥爭目標，不僅是檢驗參加者覺悟水平的重要標誌，也可以衡量當地階級衝突深化的程度。上面列舉的事例清楚地反映了，江南各地階級鬥爭的形勢已經達到爆炸的臨界點，農民們再也不能忍受明王朝的暴虐統治了。