歷來的封建史籍，對大西軍在四川的作為差不多都一言以蔽之曰「屠蜀」，把張獻忠描繪成以四川百姓為敵的凶神惡煞，這是不符合事實的。張獻忠佔領四川的本意是以「巴蜀為根」，徐圖向外發展。所以，他在入川初期是相當注意爭取各方面支持的，打擊的對象只限于堅決與大西政權為敵的部分官紳。大西軍進川過程中紀律嚴明，並不隨便殺人。《長壽縣誌》記載，大西軍由涪州進攻重慶途經該縣時，「立誓不妄殺一人」，「邑中得無恙」 ，就是一個典型的例子。當時，由於大順軍已經攻克了北京，明王朝土崩瓦解，四川地方的官僚士紳，除了少數甘心充當朱明王朝殉葬品的人以外，大多數都轉到大西政權方面尋求保護。如史籍所說，「初，成都官吏見獻忠將至，逃避不徨。繼見獻忠稱王，分官任事，以為暴雨之後，雲收霧散，將見太平。又聞獻忠有勇有為，能任國事。於是一班官吏均出任事。」 省會以外的府縣，「文臣武將，賣降恐後。」 接受大西政權官職的人員雖然缺乏統計材料，但據西方耶穌會士的記載，張獻忠在成都建立政權之初，「在朝之官統計千人」 ，可以肯定其中大部分是在四川吸收的。儘管這些人還存在不同程度的疑懼，有的甚至心懷叵測，但就大勢而言，大西軍佔領四川的初期，各地社會秩序比較穩定，地主豪紳既有攀龍附鳳之心，又慴於大西政權的兵威，階級衝突並不十分尖銳。因此，大西政權採用暴力鎮壓的措施相當有限，殺人並不多。
直到一六四五年上半年地主階級的叛亂逐漸嚴重時，大西政權仍然注意約束軍紀，努力做到「兵民守分相安」。這年三月，大西軍驍騎營都督劉進忠還發布了禁約，勒石立碑以示鄭重。禁約碑文主要內容如下：
……本府秉公奉法，號令森嚴，務期兵民守分相安，斷不虛假。仰各驛鋪（此處缺數字）約法數章，如有犯者，照約正法，特示。
一、不許未奉府部明文擅自招兵，擾害地方者，許彼地士民鎖解軍前正法；如容隱不舉，一體連坐。
一、不許往來差舍並閑散員役擅動鋪遞馬匹兵夫，查出捆打。
一、不許坐守地方武職擅受民詞，違者參處。
一、不許假借天兵名色擾害地方，該管地方官查實申報，以憑梟示。
一、不許無賴棍徒投入營中，擅輒具詞詐告，妄害良民，違者捆打。
一、不許守□文武官員擅娶本土婦女為妻妾，如違參究。
這個禁約的發布人劉進忠，後來降清成了農民軍的叛徒，但文告本身仍然反映了大西軍入川前期，對於維護軍紀、穩定社會秩序的重視。
四川地區的階級矛盾是怎樣激化起來的呢？原因主要有兩個：一是張獻忠等大西政權的決策人，雖然採取了安排蜀人做官、開科取士等政治措施爭取當地士紳，但這個政權的基本施政方針卻直接損害了官紳地主的利益，如下令各地「搜求仕宦及起送衛所世職，皆殺之」 ，以及拘集官僚士紳罰銀充餉。隨著這類農民革命政策的推行，官紳地主才發現張獻忠起義軍雖然「開基立國，而群盜之習毫無悛改」 ，他們的失望是可想而知的。二是四川地區的官紳地主，本來是在群龍無首的情況下投靠大西政權的。甲申五月，明福王朱由崧在南京建號，頒詔各地，自封正統。當時北方的局面是清兵同大順軍相對峙，弘光朝廷自知力量單薄不敢問鼎中原，注意力就更多地放在南方。東南各省是弘光朝廷立國的根基，西南除四川外，其他省份仍奉明朝正朔。在這種形勢下，弘光朝廷很自然地要加緊部署顛覆大西政權，致力於建立自己的半壁江山。然而，南京小朝廷自建立之始就患有先天的軟骨病，它既不可能派遣軍隊入川同大西軍正面交鋒，就只好採取任命四川官員，指使他們聯絡策反，把本地的地主階級勢力組織起來同大西農民軍為敵。明末封建文人黎遂球向弘光朝廷上書言事時，就曾提出過以下的建議：
「又聞獻賊逋竄蜀中，設偽官分為四道，以圖延喘旦夕。……誠得親信之士布置其間，或散為流言以惑其眾，或伺其隙以間之，使之互相殺戮，而潛結蜀中諸士官與夫忠義之士，陰為部署，伏聚高山長林之間，多設旗幟以寒其膽。又潛與之約，能復一城一邑者即以與之。而其中有能斬獻賊之頭來歸者，即舉蜀地爵之。如此，將不煩大兵而蜀可以得，獻賊可滅，其眾且可收之以為用。故縱間之策不可不行……」 。
一六四四年八月，弘光朝廷任命樊一蘅為川陝總督；舊輔王應熊以大學士兼兵部尚書總督川、湖、雲、貴地方，賜尚方劍便宜行事 。王應熊是四川巴縣人，樊一蘅是四川宜賓縣人。南明政權利用他們在本省士紳中的影響，「皆委以恢複之任，號召諸路官兵義旅，響應雲合。」 王應熊受任之後，坐鎮遵義、綦江地區，統籌全局。按照他提出的規劃是，依靠貴州的兵力和軍餉，加上敗軍潰卒，地方武裝，由綦江、納溪北上；同時責成雲南巡撫命將出師，沿建昌、畢節一線推進；川陝總督樊一蘅則提兵轉入川北，奪取保寧（今閬中縣）、順慶（今南充）一帶，從北面牽制大西軍。他還要求朝廷急令湖廣巡撫重占荊州，防止大西軍順江東下；鄖陽撫治則沿大昌、大寧、達州、東鄉一線蠶食川東北地區；偏沅總督和巡撫由東南面扼控四川。這就是王應熊提出的圍剿大西軍的全盤計畫 。在他的組織和策動下，四川各地的反革命勢力頓時活躍起來。
一六四五年春，明總兵曾英擊敗大西軍守將劉廷舉部，佔領了重慶。張獻忠派大將劉文秀率領幾萬名戰士反攻重慶，又被曾英部擊退。這個山城重鎮的失守，是張獻忠入川以後，在政治上和軍事上遭受的第一個重大挫折。此外，明將王祥據有綦江，參將楊展盤據黎雅，游擊馬應試竊據敘州（宜賓），四川南部成了官紳地主顛覆大西政權的主要基地。在順慶地區（今南充一帶），明舉人鄒簡臣「潛與順慶豪傑倡義，建『中興』赤幟於江滸，數日眾至十餘萬，軍聲大振。賊卷甲遁，恢複順慶十餘城。」 川西的松潘副將朱化龍也「斂兵自守」，割據一方。大西政權控制區內的官紳地主則紛紛叛亂，「起義兵斬偽令者所在皆是」 ；「乃西川人性戇愚，特明順逆，不量勢力，不肯被不義之名，故其所置郡縣賊吏特以兵威迫脅，民勉聽從；兵才他適則群起而殺之」 。後來竟弄到這樣的地步：「成都百里外，耰鋤白梃，皆與賊為難」 。
事實說明，南京弘光小朝廷成了四川官紳地主心目中的旗幟，為他們提供了從事反對農民革命的復辟活動所必需的組織系統和精神支柱。這正是四川地區政治局勢發生劇烈變化的重要原因。
官紳地主的瘋狂反撲，迫使張獻忠加緊了軍事掃蕩。這本來是必要的，然而張獻忠在鎮壓和防範叛亂的過程中卻走得太遠了，往往弄到順逆不分的程度。他看到官紳地主是反對大西政權的主要勢力，而生員們一般多是出身於這個階層，就在大順二年十一月借口舉行「特科」，命令將各府縣生員一律起送成都，到齊後找了個借口全部殺光 。這就是所謂大慈寺屠戮士子事件，大約殺了五千多人 。當他不斷得報大西政權的地方官員被反革命勢力捕殺時，又常常遷怒於當地居民，派出軍隊不分良莠濫加屠殺。張獻忠的過激行動，使本來就非常尖銳的階級對抗更加複雜化了，導致大西政權逐漸喪失民心。
在歷史上身居權力頂點的人物，一旦走上了錯誤的道路是很難迷途知返的，他們往往在謬誤的斜坡上越滑越遠，張獻忠的悲劇正在於此。他甚至發出了「除城盡剿」的命令，分遣軍隊到所屬州縣搜殺百姓 。連西京成都也發兵「剿洗」。《聖教入川記》中，載錄了外國傳教士目睹的情況：一六四五年十一月二十二日，張獻忠下令除大西政權官員家屬以外，成都「城內居民一律殺絕。」第二天，「各軍人皆奉命認真嚴剿，毫不容情。……各軍分隊把守城門，余軍驅百姓到南門就刑。」「被拘百姓無數集於南門外沙壩橋邊。一見獻忠到來，眾皆跪伏地下，齊聲悲哭求赦云：大王萬歲！大王是我等之王，我等是你百姓，我等未犯國法，何故殺無辜百姓？何故畏懼百姓？我等無軍器，亦不是兵，亦不是敵，乃是守法良民。乞大王救命，赦我眾無辜小民，云云」。張獻忠聽了，「不獨無哀憐之意，反而厲聲痛罵百姓私通敵人。隨即縱馬躍入人中，任馬亂跳亂蹄，並高聲狂吼：該殺該死之反叛！隨令軍士急速動刑。冤乎痛哉，無罪百姓齊遭慘殺。……錦繡蓉城頓成曠野，無人居住，一片荒涼慘象，非筆舌所能形容。」「獻忠剿洗成都後，旋即傳令曉諭各鄉場鎮村莊之民，均可移居成都城內為京都居民。」張獻忠的過火行為，最後弄得自己越來越孤立，乾脆一把火燒掉成都，打算丟掉四川，另謀出路。
《紀事略》等書中記載，深受張獻忠信任的左丞相汪兆齡，是促使大西政權推行屠戮政策的主要策劃者。從其它著作敘述張獻忠犧牲以後孫可望、劉文秀、李定國、艾能奇四將軍處死汪兆齡時宣布的罪狀 來看，可以互相印證。汪兆齡出身於安徽桐城縣的官紳地主，混跡於大西軍後巧