到崇禎十六年十一月，張獻忠領導的大西軍已經比較穩固地佔領了湖南和江西的袁州、吉安兩府。在這些地方派設了官員，建立了政權，形勢相當可觀。可是，就在這時，張獻忠卻毅然決定率領大西軍主力西進四川，在湖廣、江西只留下微不足道的一點地方武裝，實際上等於自行放棄兩省地方。張獻忠為什麼要這樣做？封建史籍上說他是害怕左良玉部官軍，才避而入川的。近年來，某些論著又認為這是流寇主義在大西軍中的表現。我以為，張獻忠之所以率部入川，在很大程度上是由於同李自成部義軍的關係不好。他決策向四川轉移正是李自成殲滅了孫傳庭部官軍席捲西北地區之時。這時明王朝覆滅的前景已經洞若觀火，大順軍眼看就要著手實現統一全國的大業了。張獻忠非常清楚，他既然不打算併入李自成的大順軍，自己又不甘心向李自成俯首稱臣，那就只有另尋出路。他過去曾經一再進軍四川，對這一帶的地理條件有較深刻的了解。就全國而言，四川偏處一隅，北有秦嶺，東有三峽，都是易守難攻的天險。蜀中又有豐富的人力、物力資源，足可立國圖存。縱觀歷史，大凡天下大亂之際，在四川建立的割據政權一般都能夠維持得比較長久。所謂「天下未亂蜀先亂，天下已定蜀後定」，正是這種歷史狀況的簡單概括。在大順政權行將統一全國的時候，既然不願意放棄自己的獨立地位，張獻忠毅然放棄長江中游地方，遠離他人的卧榻，就是不難理解的事了。
再看四川的情況，明朝末年這裡的社會階級矛盾十分尖銳，統治階級的驕奢淫佚同農民的極度貧困形成了鮮明的對照。當時人士就曾對四川的社會狀況作了這樣的描述：
「……即如一服飾也，厭薄縞素，兢侈羅綺，僭製造奇，月異歲變；一宴集也，淡泊是鄙，豐厚相尚，邱糟林肉，海錯山珍；一居處也，華堂繡戶，卷雨飛雲，園榭必花木盛植，池亭必魚鳥備觀；一烹宰也，祗顧適口，不惜物命，刳臠極殄極虐，炮灸極怪極慘；一田土也，富連阡陌，貧無立錐，侵謀膏腴，占人世業，欺奪孤弱，全我方圓。甚之交易則利己損人，營求則重息撒債，結處則口是心非，刁唆則舌劍唇槍，縱慾則貪刻姦淫，逞奸則陰謀下石，見人得志則嫉忌橫生，聞人不幸則幸災樂禍。又甚至貪官污吏、學霸勢紳、市棍土豪、衙蠹宦仆，貓鼠固結，魚肉善良，傾人之家，破人之產，鬻人之子，騙人之財，壞人之功名，害人之性命，淫占人之妻女，拆散人之婚姻。紳衿棍蠹，莫不萬畝千楹，更錦衣而玉食；鄉農佣販，惟有佃田租屋，且啼飢以號寒。」
崇禎後期，明王朝在四川的統治業已搖搖欲墜，地方性的農民起義和民變風起雲湧。其主要的表現便是：活動於川北和川東地區的搖黃十三家越來越活躍，川西等地以「打衙蠹」為號召的民變又方興未艾。「搖黃十三家」起源於搖天動、黃龍為首的農民軍。崇禎七年農民軍大舉入川後，有一小部分留在四川同當地群眾結合，逐漸形成了十三支起義隊伍。這十三家的首領是：爭天王袁韜、震天王白蛟龍、整齊王張顯、黑虎混天星王高、逼反王劉維明、奪天王某、闖食王某、爭食王黃鷂子景可勤、二哨楊秉胤、六隊馬超、行十萬呼九思、順虎過天星梁時政、九條龍某等。他們活動於蜀中，很少同外面大規模的農民軍直接配合作戰，類似於河南、山東等地的地方性農民起義。搖黃十三家在前期是得到貧苦民眾支持的，史料記載：「無聊窮人，背主黠仆，賊與此輩氣味相投」 ，因此發展很快。後來由於缺乏正確的綱領口號，有的甚至蛻化變質，直接侵犯到一般群眾的利益。但是，對明王朝來說，他們一直是造反的隊伍，牽制了官軍的力量，破壞了明政府統治的基礎。明四川按察使司僉事張一甲在敘述大西軍和大順軍分別進川「勢如破竹」的原因時，曾經指出，「川非無兵，為搖黃折盡」 。崇禎十六年，搖黃十三家的力量發展壯大，控制了川北巴州、通江、儀隴等州縣，「官兵不能攻」 。
「打衙蠹」的興起表明四川人民同官府的矛盾已經達到白熱化的程度。在明末農民戰爭的感召下，四川人民在崇禎十四年便到處揭竿而起，自發地對吏胥衙役、紳衿子弟、王府爪牙痛加懲處，即所謂「打衙蠹」。此類運動最初是在彭縣爆發的，其他州縣也聞風而動，如雅州「百姓各執槍捧進城，拆毀衙役房屋，打死蠢役數十人。上南州縣，處處皆然，州縣官惟閉署坐」 。隨著群眾鬥爭的深入，內容也由「打衙蠹」而擴展為「除五蠹」：「一曰衙蠹，謂州縣吏胥快皂也；二曰府蠹，謂投獻王府、武斷鄉曲者也；三曰豪蠹，謂民間強悍者也；四曰宦蠹，謂縉紳家義男作威者也；五曰學蠢，謂生員之喜事害人者也」 。到崇禎十六年，「打衙毒（蠹）之風漸熾，因歲飢，轉掠富戶。凡土官之積厚者皆被其害，如邛州之楊天官，毀其廳堂，掠其財物。如山之富，不待賊（指大西農民軍）而烏有矣」 。
很明顯，人民群眾已經自己起來斬除封建統治階級的爪牙了，他們把矛頭指向了整個官紳地主。四川地方當局開初還加以撫慰勸阻，指望大事化小，小事化無。不料百姓們根本不聽，亂子越鬧越大，以致不可收拾。官僚們改而動用武力，調軍隊和土司兵對人民群眾的這種自發鬥爭進行血腥鎮壓。山雨欲來風滿樓，這就是大西軍入川時的蜀中形勢。
張獻忠決策入川後，大西軍就由湖南常德、澧州北上湖北荊州、夷陵。原活動於這一地區的老回回馬守應，由於同李自成有隔閡正處於徬徨無適的境地。張獻忠部義軍到來之時，馬守應已經病重，不久死去。部眾遂加入了大西軍，隨同進川 。張獻忠還注意招集荊州、宜都等地的群眾入伍，所以兵勢非常強盛。一六四四年春，大西軍逆江而上，水陸並進。四川官軍的防禦力量相當薄弱，大西軍「越下牢，渡三峽，古稱天險，如蹈無人之境」。 於二月間佔領萬縣，明總兵曾英率部退守涪州（今涪陵）望州關。
由於江流湍急，兩岸高山難行，大西軍在行進中隊伍拉得很長，後續部隊一時跟不上來；加之兵員和隨軍家屬人數相當龐大，沿途又都是生產不發達的地區，籌集糧草極不容易。因此前鋒到達萬縣後，滯留了三個月才繼續西進 。六月初八日，大西軍攻克涪州，明守道劉齡長逃往綦江。十一日，張獻忠下令分兵兩路進取重慶，水路溯江而上，陸路取道南川縣，約定十八日會合於重慶城下 。張獻忠乘坐大船，船上懸掛著「澄清川岳」字樣的黃旗，在重慶附近登岸，同麾下將領觀察了地形。攻城之前，他派人勸說重慶守城官員投降。明守土官員問張獻忠大軍此次入川的意圖何在？使者回答說：「暫取巴蜀為根，然後興師平定天下。歸誠則草木不動，抗拒即老幼不留」 。明官僚拒絕投降，獻忠即部署攻城。重慶位於長江和嘉陵江匯合處，三面臨江，是一座易守難攻的山城。大西軍從西面陸路先攻佔浮圖關 ，進抵城下。六月二十日，張獻忠命軍士用火藥炸開通遠門附近的城牆，一舉攻克了重慶 。明瑞王朱常浩 、四川巡撫陳士奇、重慶知府王行儉、巴縣知縣王錫等都被處死。張獻忠下令把據城抗拒的官軍士卒砍去一隻手，然後釋放。這些人逃竄所過地方，軍民震駭，紛紛瓦解。大西軍稍事休整後，除留下劉廷舉帶著為數不多的軍隊鎮守重慶外，大軍即分水陸兩路向成都進發。
成都是明蜀王的封地。從洪武年間起，朱椿的後代即憑藉政治勢力，霸佔了跨府連縣的腴田沃土，積攢起驚人的財貨，過著驕奢淫佚的糜爛生活。史載第一代蜀王朱椿就霸佔大量土地，共建了三百多個王莊，「王膳」一天由一個王莊供應，一年之間才輪換一遍，「故富無與比」 。到萬曆年時，王府莊田已經佔了利用都江堰水灌溉的十個州縣土地的十分之七，還不包括蜀府親王、郡王，將軍、中尉的祿米、雜項收入和差徭。末代蜀王朱至澍聽說京師失守、崇禎自盡，竟然異想天開地希望得到四川地方文武官員的支持，先就監國之位，然後黃袍加身。四川巡按御史劉之勃以朱至澍的世系太遠為理由堅決反對，其他一些官員也表示冷淡。朱至澍的皇帝夢做不成，大為惱怒。當大西軍和大順軍分別由湖廣、陝西進川時，地方官感到形勢嚴重，曾請求蜀王出錢募兵。朱致澍懷恨在心，又捨不得出錢，皺起眉頭說：「孤本無蓄，止有承遠殿一座，如可變，請先生賣以充餉」 。等到大西軍攻破重慶，瑞王被殺的消息傳來，朱至澍才慌了手腳，打算帶著宮眷財寶逃往雲南。地方官耽心會引起人心渙散，不讓他走。朱至澍無法，只好拿出銀子募人守城，宣布應募者「人給白金五十兩」。但為時已經晚了，「應募率皆游手無賴，方授兵登陴，各懷鏹超堞而去」 。
六，七月間，正當大西軍由重慶向成都推進的時候，李自成任命的大順政權四川節度使黎玉田 、懷仁伯馬科 統兵一萬從漢中入川。當時，李自成已經敗回西安，明知張獻忠部已由湖廣進川。儘管李自成的遣軍入川和任命四川地方官員，是在北京期間決定的，這時對付清軍已感到力量不足本應立即撤回入川軍隊，加意同張獻忠修好，共同抗清。可惜他沒