隨著清軍的攻入陝西，西北地區的明朝降官降將也一個個原形畢露，乘釁而起，拜表投降清廷。原先任過明朝寧夏花馬池副將的董學禮，歸順大順政權後曾奉命沿運河南下，後來撤到河南懷慶地區降於清朝 。他降清之後急於「立功自現」，派人帶書信約大順政權寧夏節度使陳之龍起兵充當內應。陳之龍過去是明朝監軍道，他的投降大順政權本來就心懷叵測，用他自己的話來講是「借其兵權，以待天時」 。董學禮的密信被牛成虎（曾任明朝總兵，這時奉大順政權之命鎮守寧夏）截獲。牛成虎不贊成背叛大順政權，把董學禮的家屬全部處斬。陳之龍隱而不發，清軍進入陝西後，他利用職權拉攏一部分軍隊，「倡率大小文武軍民，望風投誠」 ，迫使牛成虎一道投降了清朝。白廣恩歸順李自成後被封為桃源伯，隨著形勢的逆轉，也準備投降清朝，只是由於大順軍防範較嚴，一時還難於得逞。到李自成撤出西安時，他就在藍田口拉出隊伍投奔了清朝。蘭州總兵鄭嘉棟、甘州總兵左勷、副總兵謝禎榮等人，都在一六四五年正月叛降清朝。奉李自成之命率軍入川的四川節度使黎玉田（原先是明朝遼東巡撫）、總兵馬科（投降大順後被封為懷仁伯）、副總兵馬德、高汝利、石國璽，也在清廷招降下領著士卒一萬多人叛附清朝。此外，叛投清朝的還有漢南副將胡向化所部士兵一萬餘人、黃甫營守將高鸞以及陝北從響水到寧塞的十營堡邊軍。
從目前所見到的資料來看，原來為形勢所迫投降大順政權的明朝將領，差不多全部都拜倒了在愛新覺羅皇室之下 。他們在政治上的反側，給大順軍造成了極大的危害。當他們態度曖昧、尚未公開叛變時，李自成等人為了防範而不得不留下相當數量的大順軍舊部加以監視，這就在前線急需增援時不能充分有效地集中兵力。他們叛變以後又往往急於向清廷獻媚，或是背信棄義地向大順軍發動突然襲擊，或是把自己駐防的地區作為進見禮，甚或二者兼而有之。我們已經指出，山西淪陷時，姜瓖在大同和唐通在保德的叛變，不僅把整個山西北部獻給了清廷，而且都給大順軍造成了重大損失。西北地區明朝降官降將的叛變，更使大順軍領導人苦心經營的後方頓時烽煙四起，無法固守。陝北的陷落就是一個明顯的例子，除了高一功、李過鎮守的榆林、延安以外，其他負責防守沿邊城堡的明降將，很快就被清廷拉了過去，使榆林、延安陷入孤立無援的地位。文獻中說，「惟榆林守將高一功乃闖賊舊黨，堅拒相抗」 。正是由於大批降官降將的反水，阿濟格才能只留下大同總兵姜瓖、榆林總兵王大業，寧武總兵高勛、宣化副將康鎮邦等降將圍攻榆林，自己卻領著大軍繼續南下。這是迫使李自成丟掉西安的一個重要原因。歷史又一次證明，任何政權如果沒有一個大體上穩固的後方，要在前線取得勝利是非常困難的。大順軍在山海關戰役之後節節敗退，主要原因並不是清兵天下無敵，而是由於自己內部的不穩定。