一六四四年五至六月，大順政權領導集團經由山西太原、平陽（今臨汾）返回西安。由於兵力不足，對畿輔和山東地區已經無力顧及，所以把防禦重點放在山西、河南一線。五月中旬，李自成對山西一帶的防務作了具體部署：晉北大同地區由制將軍張天琳統領一萬多名士兵鎮守；晉中太原地區由文水伯陳永福帶領兵馬一萬鎮守 ；晉東南長治地區由平南伯劉忠鎮守，兵員數字不詳。李自成離開太原時親自召見了陳永福，「授以堅壁清野之計」 。為了加強山西的防務，又留下右營大將、綿侯袁宗第以兵萬人屯於臨汾掛甲庄 。在河南衛輝府一帶也留下劉汝魁等部大順軍鎮守。
為了鞏固對山西、河南等地的控制，大順政權還採取了措施打擊和防範各地官僚豪紳的叛亂活動。大順軍主力西撤以後已無法有效地鎮壓河北、山東的叛亂，而在山西、河南則仍然採取了有力的對策。對於已經發生的叛亂，堅決用武力平定。五月上旬，大順軍從河北撤入山西時，山西平定州（今平定縣）、榆次縣和太谷縣的官僚劣紳背叛大順政權，關起城門，不讓義軍進城，甚至填塞冰井，給軍隊飲水造飯製造困難。李自成等人當即下令攻城平叛，把參與叛亂的分子處以死刑 。五月中旬，山西定襄發生了大順政權的餉銀被明朝官僚組織的「游兵」劫去、典史被害的事件，該縣縣令密報省城太原，當即派來大順軍三千多名平定了叛亂，並由鎮守忻州的大順軍將領「兼轄定襄」 。大順軍在力所能及的範圍里堅決打擊叛亂活動，在一段時間裡遏制了河北、山東官紳地主叛亂活動的蔓延，使山西、河南等地的大順政權得以暫時穩定。
為了同樣目的，大順政權還採取了一項重要的防範措施，即在六月間下令把山西、河南等地的明朝官紳，強制遷往陝西各地重新安置。如五月間，河南滑縣舉人王良翰、程見周等紳衿，定盟「起兵，將斬偽令以待王師」。相鄰的濬縣（今浚縣）明典史李化桂也勾結當地士紳，秘密策劃逮捕大順政權縣令馬世聰。這兩起陰謀敗露後，首惡者都被處死。滑縣令劉三晉還具疏奏請「李自成，欲一網打盡」。六月，大順軍將領劉汝魁帶著兵馬來到，把濬縣、滑縣、長垣三縣的明朝官紳押往陝西，「各安置邊遠州縣」 。大順政權山西巡按也奉命把全晉之縉紳，「其未死與潛匿者，票催盡解西安。」 河南輝縣一帶的「大小鄉紳、舉貢，則盡並其家屬押解陝西。」 順治二年清都察院的揭帖中說，「河南、山西官紳為賊逼勒西行，甚有合家顛連，求生不能，求死不得者。」 這種大批遷徙明朝官紳的目的，在於使這些地頭蛇脫離故土，無從發揮他們的反革命能量。
關於李自成等大順政權的領導人為什麼沒有在山西就地組織固守，伺機反攻，而是徑直返回西安的問題，由於其失敗後檔案被毀棄一空，我們無從知道李自成等人當時是怎樣商議和決策的。看來主要是因為西安是大順政權立國的地方，稱為西京。一些史籍曾經記載大順軍渡河東征時，中央機構仍然留在西安，李自成統兵所到的地方稱為行在，六政府各選一侍郎從征 。此外，李自成的妻子高氏從來沒有在北京露過面，可以肯定這位皇后一直留在西安。這就意味著，大順軍佔領北京期間，實際上存在著兩京制度。北京失守以後，西安就成了大順政權的政治中心。另一個原因可能是當時西北地區的大順軍隊比較多，李自成需要親自去組織反攻力量。然而，李自成在西撤過程中，沒有儘可能地把較多的主力部隊留在山西，也沒有任命一位高級將領統籌山西防務，回到西安後又沒有及時地從陝西調集兵力加強山西的駐軍，這在戰略上似乎是一個比較嚴重的錯誤。
李自成回到西安以後，確實很快就開始了反攻的準備工作。順治元年七月，清大同總兵姜瓖在一件塘報里，提到了大順永昌元年七月初七日發出的行牌，其中有「長安二府田（指田見秀），綏德、漢中高、趙（指高一功，趙光遠）從西河驛過河，統領夷漢番回馬步兵丁三十萬，權將軍劉（指劉宗敏）統兵十萬過河從平陽北上。又報皇上（指李自成）統領大兵三百五十萬，七月初二日從長安起馬。三路行兵，指日前來。先恢剿寧武、代州、大同、宣府等處，後赴北京、山海，剿除遼左。至叛逆官兵盡行嚴洗，順我百姓無得驚遁」等語 。這個行牌為了先聲奪人，在兵力數字上不免有所誇張，但表達了大順政權領導人有整兵渡河、同清軍再決雌雄的意向。行牌中宣布以田見秀、高一功、趙光遠（原為明朝漢中總兵）統兵三十萬為先鋒，也值得注意。他們在大順軍進軍北京時分別留守西安、綏德和漢中，養精蓄銳，兵馬齊整，計畫中讓他們打頭陣，安排也是合理的。大順政權還加緊了反攻的其他準備工作，如籌集軍用物資，在平陽府屬各縣「派征鋼、布、翎毛」等物 ；在山西澤州、潞安（今晉城、長治地區）「打造盔甲」 ；在河南懷慶地區也積極徵集製造箭翎的羽毛 。在軍事方面也採取了一些措施，如清兵部右侍郎金之俊在順治元年六月上的奏疏中說：「臣接易州道塘報，流賊尚在太原，日事招練。又詢之真定副將王燝雲，偽將馬總兵（當即大順軍大將馬重禧）徑倚固關以蔽我。且連日據守門官軍盤獲流賊姦細，供稱來京探信，實繁有徒。可見逆闖包藏禍心，固未嘗一刻忘東向者。」 七月間，大順軍還曾派出部隊東出固關，一度佔領了河北井陘縣城 。八月，奉南明弘光政權之命前往北京同清政府和談的左懋第也在奏疏中說：「然道路傳聞，闖賊盤據晉中，以多寇守紫荊、倒馬、井陘等關，似賊不甘心於（虜）而與為難者。」 九月間，高一功部也曾經一度由陝北攻入山西。然而，這些措施畢竟屬於準備工作和局部行動，大規模的反攻始終沒有成為事實。我們不大清楚李自成在部署反攻時遇到了哪些困難。從一些跡象來看，內部的不穩定是個重要的原因。不穩定的因素包括：一、當時在西北地區的明朝投降將領還掌握著部分兵權，清王朝則利用各種社會聯繫對他們廣為招徠，而他們的態度也或是暖昧難明，或是躍躍欲試；李自成為了防範可能發生的武裝叛變，不得不在戰略要地分駐大順軍舊部，這就必然要牽扯相當一部分力量。這年六月，大順軍綏德守將高一功和延安守將亳侯李過，突然把鎮守榆林的確山伯王良智（即李自成進攻西安時開門投降的明朝守將王根子）處死，由高一功接管了榆林的防務 。王良智為什麼被殺，沒有見到能夠說明當時情況的材料。上面曾經提到，清廷寫給「西據明地諸帥」的書信曾送到了他手裡。此後他同清方是否有來往不得而知，但不能排除這種可能性。更明顯的一個例子是：上文說到七月間大順軍組織了一次反擊，由山西出固關佔領了河北井陘縣。正待擴大戰果時，投降大順政權的明都司崔有福，突然在晉西永寧州（今離石）叛變。他聚集鄉兵逮捕了大順政權的州牧，佔領州城，並且騷掠接境的臨縣、寧鄉（今中陽）二縣。大順軍被迫「移兵圍州城」，直至八月二十五日才攻克 。這次叛亂雖然平定了，反攻的部署卻被全盤打亂。二、在文職官員當中，原明朝投降官僚以至一部分沒有出仕明朝的封建文人，在大順軍遭到重大挫折時也陰萌異志。《豫變紀略》記載了牛金星在西安時對其親戚說的一席話：
「一日，出為貢生置酒，飲間忽嘆曰：『人生亂世，貴賤何足道，孽報耳！』因指其首曰：『保此物大難。我在禍網中，或庶幾可以倖免，即不免而砍之懸於市曹也亦宜。君死網中胡為乎？幸即出居他所，卒有變，利有逃匿，保此頭顱。』遂嗚咽流涕而罷飲。」
李自成還懲辦了一些朝廷和地方官員，如刑政府尚書耿始然、戶政府侍郎李天篤以及平陽防禦使張爌等。有的固然是因為貪贓枉法，有的則是同政治態度有關。上述跡象表明，大順軍敗回西安之後，內部矛盾有逐漸激化之勢。在這種情況下，要想全力對敵就不大可能了。
最後，我們還要著重指出一點，即從一六四四年六月李自成返回陝西到下一年正月放棄西安，經過了半年的時間，大順政權當時管轄的地方還相當廣闊，處理著好幾個省的政治、經濟、軍事日常事務。從現存的非常有限的一些材料可以說明，大順政權在西安期間不僅做了大量的工作，政策上也作了相應的調整。如在財政政策上就作了重大的改變，停止了追贓助餉，改而實行按土地數字徵收賦稅的政策。上文說過，李自成在北京時就感到大規模地追贓助餉對大順政權的穩定不利，四月初八日曾親自出面干預，把拘留在營中追贓的明朝官僚全部釋放。然而，當時只是停止了在北京對明廷官員的追贓助餉，其他地方則仍在繼續進行。回到西安以後，便「通行免追比」 。全面停止追贓助餉的原因固然比較多，但主要原因還是避免對官紳地主打擊過分而不利於後方的穩定。
追贓助餉一經停止，各地政權便失去了財源，勢必要用其他方式來代替。我們至今還不清楚大順朝廷是否規定了統一的徵稅制度，但從各地的零星材料來看，從一六四四年六、七月起，許多地方確實開始了徵收賦稅。如順治元年七月，清國子監司業薛所蘊啟