四月二十六日，李自成帶著敗軍回到北京。此時擺在他面前的問題是，固守北京等待援軍的到來呢？還是趁清軍圍城以前主動放棄北京？剛回京時，李自成就下令火速拆除關廂民房和羊馬牆 ，說明他曾一度考慮過固守北京，但只過了兩天，李自成卻毅然決定在北京舉行即位典禮後立即向西撤退。作出這樣的決策是痛苦的然而卻是正確的。當時大順軍在距北京不遠的地方雖然有不少駐軍，但不可能組織起一支足以擋住清軍（包括已經投降清方的吳三桂部）的武裝。其他軍隊則因分駐在西北各省和湖北、河南、山西等地，短期內無法調來。在外有跟蹤而來的強敵，內有仇視農民革命的殘餘反動勢力的情況下，李自成以新敗之餘據守孤城，後果是不待龜卜的。大順軍領導人有鑒於此，終於決定了主動放棄北京。
四月二十九日，李自成在武英殿舉行即位典禮，由牛金星代行郊天禮，六政府各頒赦書一道 。典禮草草結束後，即「分付闔城人民，俱各出城避難」 ，同時放火焚毀了明代宮殿和各門城樓，開始撤離北京。「城中扶老挈幼西奔者絡繹不絕」 ，一些投順了大順政權的明廷官員也雜在隊伍里一同逃難。在大順軍遭到嚴重挫折，而敵方以明太子為標榜的情況下，仍然出現這種場面，說明大順政權在京師人民中享有崇高的威望。在撤退之前還要正式舉行即位典禮完全是從政治上考慮。北京自元代以來就長期是全國的政治中心，在人們心目中設在北京的朝廷擁有正統地位。李自成之所以在軍情旁午之際，仍然要在這裡舉行一次即位典札，頒詔天下，其用意即在於向全國宣布大順政權在推翻朱明王朝之後，業已成為全國惟一合法的政權，北京是大順朝定鼎的地方，儘管由於軍事上的失利而暫時放棄，但遲早是要回來的。
四月三十日晚，清軍進抵薊縣，得到了大順軍已撤離北京的消息，多爾袞即命多鐸、阿濟格和吳三桂等人統率精銳急速追擊，自己則帶領一部分軍隊趕往北京。五月初二日，多爾袞到達北京。當時都中的明朝官僚和市民並不知道吳三桂已經投降清朝，紛紛傳說吳三桂打敗了李闖，奪回了明太子朱慈烺，將奉太子來京即位。於是一群官僚便聚集東郊迎接，內官們也準備了鹵簿法駕。出乎他們意料的是，傲然而來的卻是胡服辮髮的清朝攝政王，轉眼之間滿洲白旗兵已經布滿城垣。許多人不勝錯愕，惶遽而退。一部分鮮廉寡恥的官僚則將錯就錯，竟把多爾袞迎接進宮，居之於火後僅存的武英殿。
五月三日，大順軍退至保定，「雖鉦鼓喧闐，而騎無行列，弧折筈殘，人盡阻飢。」 但農民軍仍嚴守紀律，「掏珠易飪」 ，用財物向當地百姓購買食品。為了阻滯追兵，擔任殿後的部隊把「大內錦綺纏掛樹上，鑄金為瓴甋拋置道右，啖追騎以可欲，少緩須臾，一日夜行三百里。」 五月初八日，清兵在慶都（今河北省望都縣）追上大順軍。蘄侯谷英麾兵還戰，雙方戰於城東。大順軍飢疲交困，士氣不揚，被清軍擊敗，谷英不幸犧牲 。大順軍繼續南撤，又與清軍戰於真定，再次失利 ，遂經井陘退入山西，留精兵防守固關 。追擊的清軍也因「馬困人疲，不能遠逐」 ，又需要鞏固對京師和畿輔地區的佔領，不得不在五月十二日回到北京 。
清軍是在為崇禎帝復仇、「弔民伐罪」的黑旗下出兵鎮壓農民軍的。為了在漢族地區站穩腳跟，多爾袞接受范文程、洪承疇等人的建議，採取了一些籠絡漢族官紳地主的措施。進京後的第三天就下令，「官民人等為崇禎帝服喪三日，以展輿情，著禮部、太常寺備帝禮具葬。」 由於在京的明朝官僚絕大多數都投降過大順政權，他們當中的許多人耽心吳三桂和清兵入城以後，會把自己視作「從逆偽官」。清廷有鑒於此，「大張榜示，與諸朝紳蕩滌前穢」 。只要歸順清朝，就官復原職，甚至加官晉級。同時明確宣布，凡屬被起義農民奪去的田產一律歸還本主 。這些保護漢族官僚地主的政令一公布，那些曾飽受農民軍鐵拳打擊的明朝官紳地主，無不彈冠相慶，「故朝野一時懽然服從，如大旱之得時雨也」 。「是月終旬，長安市上仍復冠蓋如雲矣！」 完全是一派地主階級全面復辟的景象。